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La pandémie de maladie à coronavirus (COVID-19) est loin d'être terminée. Il s'est répandu dans le monde entier, infectant plus de 46,5 millions de personnes.
En octobre 2020, une épidémie d'au moins 50 cas de COVID-19 a été signalée autour de personnes employées ou visitant la Maison Blanche.
Il y a eu plus de 9,2 millions de cas confirmés aux États-Unis seulement, et plus de 230 000 décès sont signalés. Le COVID-19 a été associé à plusieurs reprises à des épidémies localisées entourant des contextes sociaux tels que les mariages et les bars ainsi que les lieux de travail, y compris les événements dits «de grande diffusion».
Le président Donald J.Trump annonce la nomination de la juge Amy Coney Barrett à la magistrature associée de la Cour suprême des États-Unis, samedi 26 septembre 2020, dans la roseraie de la Maison Blanche. (Adapté de la photo officielle de la Maison Blanche par Amy Rossetti)
De nombreuses personnes de haut niveau ont été infectées par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), y compris le président Donald Trump, qui a été hospitalisé pendant trois jours. L'événement a été qualifié de crise sanitaire la plus importante pour un président en près de quatre décennies. Trump s'est depuis rétabli; Cependant, certaines questions subsistent, d'où vient le virus, quand est-il arrivé à la Maison Blanche et comment s'est-il propagé?
Maintenant, une nouvelle étude a révélé la signature génétique du SRAS-CoV-2 qui s'est propagé à la Maison Blanche et a très probablement infecté le président Trump. L'équipe a appliqué l'épidémiologie génomique pour faire la lumière sur les origines de l'épidémie.
Phylogénie de 38 virus SRAS-CoV-2 qui sont soit des lignées soeurs de WH1 et WH2, soit directement ancestraux dans la phylogénie globale du maximum de vraisemblance. Sont représentés à la fois (A) la phylogénie avec des longueurs de branche échelonnées par le nombre de mutations du génome de référence de Wuhan et (B) la phylogénie résolue temporellement avec des longueurs de branche estimées selon une analyse de l'horloge moléculaire. Les deux panneaux sont colorés en fonction de l'état d'échantillonnage pour les échantillons américains ou gris si les échantillons provenaient de l'extérieur des États-Unis. Une version interactive de cette figure est disponible sur nextstrain.org/community/blab/ncov-wh/lineage
L'épidémie de la Maison Blanche
À 12 h 54 HAE le 2 octobre 2020, le président Trump a été testé positif à l'infection par le SRAS-CoV-2 et a été hospitalisé au centre médical militaire national Walter Reed à Bethesda, Maryland. Cependant, quelques jours après, il a été libéré et autorisé à retourner à la Maison Blanche. L'endroit où Trump a contracté le virus reste un mystère. Pourtant, une grande partie de l'accent a été mis sur un événement du 26 septembre dans la Rose Garden, où le président a annoncé sa nomination de la juge Amy Coney Barrett pour la vacance à la Cour suprême.
L'événement, qui comptait au moins une douzaine d'invités, a été surnommé un événement super épandeur. En outre, des débats ont commencé sur la question de savoir si la Maison Blanche a fait suffisamment d'efforts pour retracer les invités et leurs contacts.
Le 7 octobre, la note de service de l'Agence fédérale de gestion des urgences a révélé que 34 membres du personnel, femmes de ménage et autres contacts de la Maison Blanche avaient contracté le virus. Parmi les contacts du président, la Première Dame, Melania Trump, un amiral de la marine et certains assistants de campagne ont tous été testés positifs.
Au moins 50 cas de COVID-19 ont été signalés autour de personnes employées ou visitant la Maison Blanche avant le 30 octobre.
L'étude
Les chercheurs du Fred Hutchinson Cancer Research Center et de l'Université de Washington voulaient déterminer le génome viral et la signature génétique du virus propagé à la Maison Blanche.
En raison des longues périodes d'incubation et d'un large éventail de gravité de la maladie, certaines personnes ne développant aucun symptôme, la recherche des contacts pour la propagation du COVID-19 est difficile. Cependant, le séquençage génétique du virus SARS-CoV-2 offre une méthode alternative pour étudier sa transmission et sa propagation.
La technologie aide à déterminer les relations génétiques entre les échantillons séquencés. Ces séquences aident à faire des hypothèses sur la façon dont les infections sont liées. Étant donné que le coronavirus mute environ toutes les deux semaines dans une chaîne de transmission, il est possible d'utiliser des modèles de mutations partagées pour fournir une meilleure compréhension des origines de l'épidémie à la Maison Blanche.
Pour arriver aux résultats de l'étude, qui ont été publiés dans le journal pré-imprimé medRxiv *, les chercheurs ont appliqué l'épidémiologie génétique pour explorer les origines de l'épidémie.
L'équipe a recruté deux personnes exposées à l'épidémie de COVID-19 de la Maison Blanche et a séquencé leurs infections en collectant des écouvillons nasaux. Les deux participants à l'étude, appelés WH1 et WH2, n'étaient pas en contact direct l'un avec l'autre avant leur diagnostic de COVID-19.
Les chercheurs ont révélé les relations génétiques du SRAS-CoV-2 entre WH1 et WH2. Ils ont utilisé une métagénomique de capture hybride ou de fusil de chasse, ce qui a entraîné une profondeur de couverture moyenne de 550X de WH1, obtenant un génome consensus de 29 857 bases résolues. Il contient également 14 mutations relatives à la souche d'origine de la ville de Wuhan en Chine, la Wuhan / Hu-1/2019 (241T, 1059T, 1977G, 3037T, 7936T, 14250T, 14408T, 16260T, 18417C, 19524T, 20402T, 23403G, 25563T , 28821A).
Pendant ce temps, le WH2 a donné un génome partiel avec une couverture moyenne de 50X et 2 643 bases résolues. Puisque WH2 est un génome partiel, l'équipe a voulu caractériser la correspondance génétique entre WH1 et WH2.
Sur les 14 sites qui différencient WH2 de la référence, cinq de ces sites avaient été lus dans WH2. Par conséquent, les mutations placent WH1 et WH2 au sein de la diversité génétique en circulation aux États-Unis.
En comparant WH1 et WH2 à toutes les séquences à travers le pays, ils ont constaté que les virus descendaient d'échantillons de virus aux États-Unis, en particulier en Floride, à New York, au Texas, dans le Connecticut et à Washington, ainsi que dans d'autres pays tels que le Canada et le Nouveau-Brunswick. Zélande. En outre, ils partagent des caractéristiques avec certaines mutations, telles que les A1977G, G7936T, G14250T, T18417C, C19524T et C20402T.
«Ces observations suggèrent une chaîne de transmission conduisant à WH1 et WH2 à partir de virus circulant aux États-Unis en mars et avril qui recueille 5 mutations supplémentaires au cours de ces 6 mois de circulation, ce qui correspond au taux global d'évolution moléculaire observé du SRAS-CoV-2 », a expliqué l'équipe.
L'équipe a conclu qu'en raison de leur similitude génétique, WH1 et WH2 sont étroitement liés. Étant donné que ces patients ont déclaré qu'ils n'avaient aucun contact direct les uns avec les autres, ils ont été exposés à des événements liés à l'épidémie à la Maison Blanche.
« Nous pensons qu'une connexion épidémiologique partagée à travers l'épidémie de COVID-19 de la Maison Blanche est l'explication la plus parcimonieuse de la similitude génétique de leurs infections », a ajouté l'équipe.
Le W.H. la lignée déterminée dans l'étude était responsable des autres infections à la Maison Blanche. L'équipe a déclaré que bien qu'elle sache que ces cas sont liés, elle ne sait pas si la souche du virus a circulé plus largement dans la région de Washington. Par conséquent, l'équipe suggère un séquençage génétique plus large, y compris d'autres cas à la Maison Blanche.
La source:
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
