Dans une récente présentation de cas publiée sur le Place de la recherche* serveur de préimpression, les chercheurs ont signalé la mauvaise classification de la sous-variante Omicron BA.1 du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) en tant que sous-variante Omicron BA.2 dans une analyse automatisée de réaction en chaîne par polymérase spécifique à une variante (vsPCR).
Le suivi des variantes est essentiel pour la surveillance génomique du SRAS-CoV-2. Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une technique fréquemment utilisée pour l’identification des variants, elle prend du temps et n’est pas économiquement viable. Le test vsPCR est une méthode plus rapide et plus économique pour détecter les mutations définissant les variantes et dépend de l’amplification (dans le cas des mutations) ou de pics particuliers dans les températures de fusion qui se produisent après l’amplification.
À propos du rapport de cas
Dans la présente présentation de cas, les chercheurs ont signalé une mauvaise interprétation d’Omicron BA.1 trouvé comme Omicron BA.2 dans une analyse vsPCR en raison d’une mutation ponctuelle.
L’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 a été extrait de patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) pour les tests NGS et vsPCR. Des analyses bioinformatiques ont été effectuées à l’aide d’un pipeline personnalisé et du génome UShER (Ultrafast Sample Placement on Existing tRees) pour déterminer les variantes du SRAS-CoV-2.
Une divergence a été trouvée dans les résultats des analyses NGS et vsPCR en mars 2022 pour 17 échantillons COVID-19 de Vigo, en Espagne. Un cluster Omicron BA.1.1.14 a démontré un schéma de température de fusion similaire à celui d’Omicron BA.2 en raison de la présence de la mutation ponctuelle C21772T deux bases en aval de la suppression des acides aminés de la protéine SARS-CoV-2 spike (S) 69/70 (appelé 69/70del).
Le 69/70del a été largement utilisé pour différencier Omicron BA.1 (délétion positive 69/70) et Omicron BA.2 (délétion négative 69/70) par vsPCR et par conséquent, la mutation C21772T pourrait entraîner des interprétations erronées de l’Omicron BA. 1 sous-variante comme la sous-variante Omicron BA.2. Plus d’un millier de séquences d’Omicron BA.1 répertoriées dans la base de données de l’initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID) portent la mutation C21772T. De la manière dont la suppression 69/70 provoque l’échec de la cible du gène S (SGTF), de nouvelles mutations pourraient entraîner un échec dans l’analyse basée sur la PCR.
L’équipe a effectué plusieurs alignements et analyses d’arbres phylogénétiques pour confirmer que les échantillons infectés par le SRAS-CoV-2 étaient monophylétiques, et lors de l’alignement contre la souche SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 (utilisée comme référence), quelques alignements ont égaré le délétion du codon 69/70. Par conséquent, la mutation a été notée A21766T (et non C21772T) dans les bases de données Nextclade et CoVSpectrum.
Les 17 échantillons de COVID-19 ont été soumis à des tests de Hain et à une deuxième analyse vsPCR pour un nouveau test, après quoi les mêmes résultats avec l’interprétation de la sous-variante Omicron BA.2 ont été obtenus. Après la recherche des contacts, 10 séquences se sont avérées appartenir à des lycéens et quatre échantillons étaient épidémiologiquement liés.
La mutation A67V (C21762T) en amont de la délétion 69/70 est généralement présente dans les variants Omicron BA.1. Les auteurs ont suggéré que la mutation ponctuelle C21772T empêchait l’identification de la délétion du codon 69/70 et que la délétion du codon 69/70 entraînait la perte des acides aminés valine (V) et histidine (H). Étant donné que les codons adénine (A)-thymine (T)-cytosine (C), ATT et ATA se transforment tous en isoleucine (I), la mutation C21772T n’a pas provoqué de substitutions dans la séquence d’acides aminés.
Conclusion
Dans l’ensemble, les découvertes de cas ont montré une mauvaise classification de la sous-variante Omicron BA.1 en tant que sous-variante Omicron BA.2 en raison d’une mutation ponctuelle qui était deux bases azotées en aval de la suppression 69/70 dans l’analyse PCR spécifique à la variante. Les auteurs pensent que le rapport de cas est le premier du genre à signaler la mutation C21772T provoquant des résultats négatifs dans une analyse vsPCR ciblée par suppression 69/70. Le rapport indique que les mutations dans les cibles des tests vsPCR basés sur la courbe de fusion peuvent entraîner une mauvaise classification des variantes du SRAS-CoV-2 et, par conséquent, la confirmation des résultats du test vsPCR par NGS pourrait améliorer la précision de la surveillance génomique du SRAS-CoV-2.
Quelques tests basés sur la courbe de fusion développés avant l’émergence d’Omicron qui ciblent la mutation N501Y de la protéine S du SRAS-CoV-2 donnent des résultats négatifs pour les échantillons de variantes d’Omicron, probablement en raison de mutations qui entourent l’acide aminé 501. De plus, le Les sous-variantes Omicron BA.4 et Omicron BA.5 récemment apparues portent un schéma particulier de mutations inattendues par le logiciel de test, ce qui justifie la nécessité de mettre à jour en permanence les logiciels de suivi des variantes.
Ajoutant encore aux défis de la surveillance génomique du SRAS-CoV-2, la mutation A67V permet la discrimination entre la sous-variante Omicron BA.1 et les sous-variantes Omicron BA.4/5 ; cependant, la sous-variante Omicron BA.4 et la sous-variante Omicron BA.5 ont des constitutions génétiques similaires sur le site 69/70del, et par conséquent, plus de cibles sont nécessaires pour les tests vsPCR pour distinguer les sous-variantes Omicron.
*Avis important
Research Square publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
