Dans une étude récente publiée sur le medRxiv serveur de préimpression*, les chercheurs isolent BA.2.86, une nouvelle sous-variante Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), et évaluent ses propriétés d’évasion immunitaire et de réplication.
Étude: Évolution et évasion de neutralisation de la sous-variante SARS-CoV-2 BA.2.86. Crédit d’image : Starshaker/Shutterstock.com
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
Sommaire
Arrière-plan
BA.2.86 est un dérivé de la sous-variante Omicron BA.2. Cette nouvelle variante du SRAS-CoV-2 partage la substitution de la protéine Spike (S) S939F et la mutation synonyme C26681T avec les génomes BA.2 collectés en Afrique du Sud début 2022. Cependant, la mutation C9866T, généralement présente dans la plupart des séquences BA.2 échantillonnées à partir de en dehors de l’Afrique du Sud, est absent dans BA.2.86.
BA.2.86 contient 30 mutations supplémentaires dans sa protéine S par rapport à BA.2 et à la variante SARS-CoV-2 XBB.1.5 en circulation la plus récente. L’émergence d’Omicron BA.2.86 est préoccupante, car bon nombre de ces nouvelles mutations permettent la fuite des anticorps neutralisants (nAbs) induits par une infection et une vaccination antérieures.
Les systèmes mondiaux de surveillance génomique ont initialement détecté Omicron BA.2.86 en juillet 2023. Cependant, on ne sait toujours pas exactement quand BA.2.86 est apparu et a commencé à se propager, car les efforts de surveillance ont considérablement réduit depuis le début de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
À propos de l’étude
Les chercheurs ont extrait l’acide ribonucléique (ARN) viral de l’échantillon sur écouvillon BA.2.86 pour préparer des bibliothèques de séquençage du génome entier (WGS), qui ont été quantifiées à l’aide du test à haute sensibilité d’ADN double brin (ADNdb) Qubit. Après analyse de la taille des fragments, les bibliothèques ont été regroupées, normalisées et chargées sur l’instrument Illumina NextSeq 1000/2000 afin de générer des séquences génomiques pour l’analyse WGS.
Les versions 2.14.1 et 4.3 de Nextclade et Pangolin, respectivement, ont été utilisées pour les affectations de clade et de lignée. Nextclade a également été utilisé pour visualiser les séquences et détecter les mutations de décalage de cadre. Un séquençage Oxford Nanopore a également été réalisé.
La neutralisation de BA.2.86 a été comparée à celle de XBB.1.5 en utilisant des sérums provenant d’individus vaccinés, de ceux présentant une infection par un sous-variant d’Omicron et de ceux infectés uniquement par des sous-variants d’Omicron. Les chercheurs ont ensuite déterminé si BA.2.86 avait évolué pour échapper à l’immunité neutralisante par rapport aux souches antérieures du SRAS-CoV-2.
Pour mesurer la propagation cellulaire d’Omicron BA.2.86, le nombre de cellules infectées par une seule cellule pour former un groupe de cellules infectées a été déterminé à l’aide d’un test de formation de foyers de virus vivants dans des cellules Vero-TMPRSS. L’effet cytopathique (CPE) et la réplication virale ont également été déterminés.
L’analyse phylogénétique des séquences BA.2 collectées entre novembre 2021 et juin 2022 a également été réalisée à l’aide de données déposées dans la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID), alignées par paires sur Wuhan-Hu-1. L’IQ-tree 2 a été utilisé pour construire un arbre phylogénétique.
Résultats de l’étude
Par rapport à XBB.1.5, BA.2.86 ne présentait pas de capacités d’évasion immunitaire significatives. Cependant, l’évasion immunitaire de BA.2.86 par rapport à la souche ancestrale du SRAS-CoV-2 était cinq fois supérieure à celle de BA.1. De plus, BA.2.86 a montré des capacités d’évasion 14 fois supérieures lorsqu’il a été testé contre les sérums de personnes infectées par BA.1 ; cependant, XBB.1.5 a présenté une évasion comparable de 12 fois.
Vingt heures après l’infection, XBB.1.5 et BA.2.86 ont généré des foyers d’infection 4,5 et cinq fois plus petits que ceux de la souche ancestrale du SRAS-CoV-2. Au bout de 72 heures, une réduction du CPE a été observée dans les cellules infectées par BA.2.86 et XBB.1.5 par rapport aux cellules infectées par le SRAS-CoV-2 ancestral.
BA.2.86 semble descendre des sous-lignées BA.1/BA.2 du SRAS-CoV-2 Omicron, qui étaient les souches dominantes en circulation au début de 2021. Malgré cette vaste trajectoire évolutive, BA.2.86 ne s’est pas largement répandu au niveau de la population. , ce qui peut indiquer que BA.2.86 a évolué à l’origine chez un individu immunodéprimé.
L’analyse de l’horloge moléculaire avec TreeTime a indiqué que BA.2.86 a probablement commencé à se propager à partir de mai 2023. Depuis la publication de cette étude, les chercheurs ont déposé des séquences d’Omicron BA.2.86 isolé et ses métadonnées associées dans le GISAID.
Conclusions
Bien qu’Omicron BA.2.86 ait évolué pour échapper à l’immunité médiée par le nAb, le plasma de convalescent l’a reconnu dans une mesure similaire à celle de XBB.1.5. Ces observations fournissent des informations importantes sur la propagation relativement lente de BA.2.86 par rapport à Omicron BA.1/BA.2.
Ainsi, bien que BA.2.86 puisse désormais provoquer de nouvelles infections au niveau de la population, il ne diffère pas significativement des autres variantes du SRAS-CoV-2 qui circulent actuellement dans le monde.
BA.2.86 est plus étroitement lié aux séquences d’Afrique australe que d’autres régions et peut donc y avoir évolué, et cette évolution a conduit à échapper aux anticorps neutralisants d’une ampleur similaire à celle des souches récemment circulantes du SRAS-CoV-2.
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.
