Certaines infections fongiques graves surviennent dans des régions des États-Unis présentant des environnements spécifiques et sont souvent liées à l'exposition du sol. Ces infections peuvent toucher aussi bien les personnes saines que les personnes immunodéprimées, mais le diagnostic correct reste lent, ce qui retarde le traitement.
L’étalon-or actuel pour établir un diagnostic repose sur la culture fongique, qui peut prendre des semaines, et sur des tests qui recherchent des antigènes, qui manquent de spécificité, ou des anticorps dans le sang, qui sont souvent peu fiables au début de la maladie. Mais maintenant, des chercheurs de l'Indiana University Health et de l'IU School of Medicine ont développé un nouveau test moléculaire capable de détecter simultanément trois champignons pathogènes majeurs – et avec un délai d'exécution beaucoup plus rapide que les méthodes traditionnelles.
Les travaux seront présentés lors de la réunion et exposition annuelles 2025 de l’Association for Molecular Pathology (AMP), qui se dérouleront du 11 au 15 novembre à Boston.
Le Dr Kenneth Gavina, Ph.D., est directeur de la microbiologie clinique à Eskanazi Health à Indianapolis. Il a supervisé le projet par l’intermédiaire de la faculté de médecine de l’Université d’Indiana. Son équipe a cherché à identifier trois infections fongiques qui touchent des milliers de personnes chaque année, sont souvent confondues avec d'autres maladies respiratoires et peuvent mettre la vie en danger, en particulier chez les personnes immunodéprimées :
- Histoplasmose se présente généralement sous la forme d'une infection pulmonaire chez les patients qui ont inhalé de la terre contenant des excréments d'oiseaux ou de chauves-souris. Il est plus courant dans les vallées des rivières Ohio et Mississippi.
- Blastomycose se présente également comme une infection pulmonaire, mais peut également évoluer pour affecter la peau, les os et d’autres organes. On le trouve principalement dans le centre et le sud-est des États-Unis.
- Coccidioïdomycose est communément connue sous le nom de fièvre de la vallée. Bien que la plupart de ces infections pulmonaires soient bénignes, certains patients développent une pneumonie grave ou souffrent d'une infection ailleurs dans le corps. On le trouve principalement dans les États du sud-ouest, notamment en Arizona, en Californie et au Nouveau-Mexique.
Les chercheurs ont conçu un test PCR multiplex en temps réel, ce qui signifie qu’il peut détecter simultanément plusieurs agents pathogènes à partir du même échantillon.
Leur test a ciblé trois régions génétiques uniques à chaque champignon : ITS1 pour HistoplasmaMAUVAIS1 pour Blastomyceset le gène A2/PRA pour Coccidioides. En détectant directement le matériel génétique des champignons, le test PCR contourne le lent processus de culture compliqué par la capacité des champignons à basculer entre les formes environnementales et humaines.
Lorsqu’ils ont comparé leurs résultats PCR aux méthodes de laboratoire standard, le test PCR a identifié tous les échantillons testés avec une précision de 100 %. De plus, il était spécifique à 100 %, ce qui signifie qu’il ne détectait pas par erreur d’autres champignons ou contaminants.
Le flux de travail élimine également le besoin d’étapes fastidieuses d’extraction de l’ADN, ce qui réduit potentiellement les délais d’exécution et les risques en laboratoire associés à la manipulation de champignons pathogènes vivants.
Notre test a le potentiel d’améliorer considérablement le délai d’exécution et la confiance diagnostique pour les infections qui ont toujours été difficiles à détecter rapidement. »
Dr Kenneth Gavina, Ph.D., directeur de la microbiologie clinique, Eskanazi Health, Indianapolis
Il est important de noter que le système de l'équipe fonctionne sur une plateforme déjà utilisée dans de nombreux laboratoires cliniques, ce qui le rend potentiellement très accessible.
« Bien qu'une validation clinique supplémentaire soit en cours, ce test montre un fort potentiel pour combler une lacune majeure dans le diagnostic fongique », a déclaré Gavina. Le test a la capacité de détecter les trois principales causes de mycoses endémiques aux États-Unis directement à partir d'échantillons cliniques ou d'être utilisé comme forme d'identification définitive à partir d'une culture fongique. « Les cliniciens ne disposent actuellement d'aucun test moléculaire approuvé par la FDA pour ces trois agents pathogènes, ce qui rend une détection rapide et fiable un besoin urgent. »
Ce travail a été supervisé par le Dr Kenneth Gavina, Ph.D., professeur adjoint de pathologie clinique et de médecine de laboratoire à la faculté de médecine d'IU, et sera présenté à l'un des scientifiques de laboratoire médical d'IU Health, Kylee Alexander, lors d'une séance d'affiches à 9 h 15 le vendredi 14 novembre au Thomas M. Menino Convention and Exhibition Center de Boston. Le numéro d’affiche d’Alexandre est ID008. Gavina sera disponible pour discuter du travail avec les journalistes.
