Dans un récent rapport publié sur le medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont enquêté sur une épidémie de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) chez des personnes qui ont participé à un camp d’été d’une nuit au Texas en juin 2021.
Sommaire
Arrière plan
La dynamique de dispersion du SRAS-CoV-2 est très variable, la majorité des patients COVID-19 ne transmettant pas le SRAS-CoV-2 et seuls quelques patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) étant responsables d’infections secondaires au SRAS-COV-2. La transmission hétérogène du SARS-CoV-2 indique que les super-diffuseurs jouent un rôle essentiel dans la transmission du SARS-CoV-2.
Les événements de super-propagation se produisent lorsqu’un individu infecté est responsable d’une augmentation des infections secondaires. Des études ont constamment signalé que les milieux éducatifs ne contribuent pas à la transmission communautaire du SRAS-CoV-2. Au contraire, l’épidémie de SRAS-CoV-2 au Texas s’est produite récemment parmi 186 enfants et adultes qui ont participé à un camp d’été d’une nuit au Texas en juin 2021.
L’épidémie du Texas
L’épidémie de SRAS-CoV-2 s’est produite parmi les participants au camp de nuit en juin 2021 au début de la vague de variantes Delta aux États-Unis (États-Unis), alors que les cas étaient encore faibles dans la communauté mais augmentaient rapidement.
Au total, 451 personnes ont participé au camp, dont 364 enfants (âgés de moins de 18 ans) et 87 adultes (âgés de plus de 18 ans). Après la fin du camp, 186 participants ont développé des infections par SARS-CoV-2 confirmées par transcription inverse-réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR).
Parmi les participants, 6 % et 19 % et 6 % étaient respectivement partiellement vaccinés et entièrement vaccinés. Les rapports de test RT-PCR avant l’arrivée n’étaient pas obligatoires pour participer au camp, et aucun test RT-PCR après l’arrivée n’a été effectué. Un taux d’attaque primaire de 41 % a été observé parmi les participants au camp, dont 20 % et 48 % étaient respectivement vaccinés et non vaccinés.
L’acide ribonucléique (ARN) a été isolé à partir de 55 écouvillons nasopharyngés obtenus auprès de participants au camp infectés par le SRAS-CoV-2 (n = 36) et de membres de la communauté (n = 19) et soumis au séquençage du génome Oxford Nanopore à l’aide de l’approche ARTIC. Par la suite, des bibliothèques ont été préparées et une analyse bioinformatique a été effectuée. De plus, 4085 génomes complets publiés dans la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données d’influence (GISAID) ont été collectés dans le comté de Harris et le comté de Galveston, au Texas, et comparés phylogénétiquement aux génomes collectés auprès des participants au camp à l’aide de la plateforme Nextstrain.
Des amplicons du SRAS-CoV-2 ont été produits à partir de l’ARN de tous les patients, et 70 % du génome du SRAS-CoV-2 a été reconstruit avec succès avec une couverture > 10X à partir de 44 échantillons (13 résidents du comté de Galveston et 31 participants au camp). Les résultats correspondent à trois génomes isolés de membres de la famille Arlington qui ont été testés positifs au SRAS-CoV-2 au contact de campeurs asymptomatiques après la fin du camp.
L’évolution du génome du SRAS-CoV-2 a été déterminée à l’aide de l’analyse phylogénétique IQ-Tree, qui a montré que tous les génomes du SRAS-CoV-2 obtenus des participants au camp et de la famille Arlington partageaient un ancêtre commun. Cela indiquait le début de l’épidémie de SRAS-CoV-2 à partir d’un participant au camp positif au SRAS-CoV-2.
En outre, les génomes du SRAS-CoV-2 obtenus auprès des participants au camp qui partageaient des facteurs de risque tels que des cabines ou des bus communs n’ont pas démontré de regroupement. De même, les génomes du SRAS-CoV-2 obtenus des frères et sœurs de la famille ne se sont pas regroupés, ce qui indique que la transmission du SRAS-CoV-2 s’est produite pendant le camp d’été. Fait intéressant, plusieurs génomes du SRAS-CoV-2 obtenus auprès d’individus qui n’étaient pas des participants au camp se sont regroupés avec les participants au camp, indiquant que le SRAS-CoV-2 a été transmis des participants au camp à la communauté.
L’analyse phylogénétique de la plateforme Nextstrain a détecté 29 génomes qui ont démontré un regroupement avec les génomes des participants au camp obtenus après la fin du camp d’été, c’est-à-dire entre le 28 juin 2021 et le 30 juillet 2021. Cela a indiqué que la transmission communautaire du SRAS-CoV-2 provenait du camp et jusqu’au 30 juillet 2021.
conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que la super-propagation du SRAS-CoV-2 peut se produire lors de grands rassemblements éducatifs. L’épidémie du Texas a très probablement résulté d’un seul participant au camp positif au SRAS-CoV-2 qui a transmis le SRAS-CoV-2 aux autres campeurs et par la suite aux résidents de la communauté. Cela a conduit à une chaîne de transmission du SRAS-CoV-2 qui a persisté au moins jusqu’à fin juillet 2021.
L’étude met en évidence les risques de contracter des infections par le SRAS-CoV-2 dans les camps d’été de nuit qui n’intègrent pas de stratégies de prévention du COVID-19 telles que la vaccination et les tests de dépistage du SRAS-CoV-2 avant et après l’arrivée des participants au camp. En outre, les auteurs estiment que le présent travail est le premier du genre à intégrer des approches épidémiologiques, phylogénétiques et génomiques pour enquêter sur une épidémie de SRAS-CoV-2 survenant dans un camp d’été pendant la nuit.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
