Des chercheurs indiens affirment que les données d’une étude génomique détaillée du virus de la dengue les ont aidés à développer un vaccin candidat à ARNm (ARN messager) capable de neutraliser les quatre souches de l’agent pathogène.
Plus de 100 000 cas de dengue sont diagnostiqués chaque année en Inde, selon les chercheurs qui ont analysé les séquences génétiques recueillies sur six décennies, de 1956 à 2018.
Les infections par la dengue sont causées par quatre sérotypes apparentés, ou souches virales, à savoir DENV-1, DENV-2, DENV-3 et DENV-4. Ces sérotypes interagissent différemment avec les anticorps – des substances produites par le système immunitaire du corps humain pour lutter contre les substances étrangères nocives appelées antigènes – ce qui complique le contrôle de la dengue.
L’étude indique qu’une première infection par l’un des sérotypes amène le corps à produire des antigènes qui peuvent ensuite interagir négativement avec un autre sérotype pour produire le syndrome de choc de la dengue ou la dengue hémorragique, une forme grave de la maladie qui est souvent mortelle.
Swetha Raghavan, une participante à l’étude, dit qu’elle et Pratik Lakhani, un collègue du Centre national des sciences biologiques, préparent un candidat vaccin à ARNm pour des essais cliniques comme alternative aux vaccins existants contre la dengue.
Les vaccins existants contre la dengue utilisent des versions vivantes atténuées du virus de la dengue dans les quatre sérotypes, tandis que les vaccins à ARNm agissent en « apprenant » aux cellules comment faire des copies de la protéine virale afin que le corps puisse reconnaître et combattre de futures infections par des virus similaires.
De plus, selon l’étude, « les vaccins existants sont basés sur d’anciens isolats de dengue provenant de l’extérieur de l’Asie du Sud et il n’est pas clair s’ils fonctionneront contre les virus de la dengue circulant en Inde ».
Raghavan explique: « Notre tentative de fabrication d’un vaccin pour l’Inde considère les approches basées sur les acides nucléiques (ARNm) comme une alternative viable, et les données de séquençage du génome de l’étude jouent un rôle important. »
Depuis 2000, un certain nombre de génotypes sont répandus en Inde, selon l’étude publiée en avril dans Pathogènes PLOS. Un génotype est la composition génétique d’un organisme et fait référence aux informations spécifiques codées à une position donnée dans sa séquence génomique.
Les plus dominants étaient le génotype III de DENV-1, le génotype cosmopolite de DENV-2, le génotype III de DENV-3 et le génotype I de DENV-4.
Notre analyse met en évidence la co-circulation de tous les sérotypes de DENV en Inde avec des épidémies cycliques tous les trois à quatre ans.
Le DENV3 dominait en Inde du Nord, notamment dans la région de Delhi au début des années 2000, suivi du DENV1 (2008-2011) et du DENV2 après 2012.
Dans le sud de l’Inde, tous les sérotypes ont été détectés, mais le DENV4 est devenu assez répandu ces dernières années. »
Rahul Roy, auteur de l’étude et professeur agrégé de génie chimique, Indian Institute of Science, Bangalore
Selon Roy, il existe des variations temporelles et régionales des quatre sérotypes en Inde, certaines variantes comme DENV4-Id étant uniques au pays.
Alors que la primo-infection par n’importe quel sérotype de DENV entraîne généralement de légers symptômes pseudo-grippaux et confère une immunité à vie contre ce sérotype particulier, de nombreuses études épidémiologiques montrent que l’infection par différents sérotypes peut provoquer le syndrome de choc de la dengue ou la dengue hémorragique par le biais de ce qu’on appelle le renforcement dépendant des anticorps. (ADE).
Lakhani explique que lors d’une infection secondaire, les anticorps produits par l’organisme contre le sérotype primaire ne neutralisent pas le sérotype secondaire.
« Comme les anticorps sont présents à des concentrations sous-optimales mais manquent de capacité neutralisante, ils contribuent à une absorption accrue du DENV non neutralisé et cela s’appelle ADE », explique Lakhani.
Selon l’étude, en plus de ne pas fournir une protection suffisante contre l’infection par la dengue, certains vaccins candidats peuvent même conduire à une maladie accrue par ADE lors d’une infection ultérieure.
Lakhani dit que la première ou l’infection primaire fournit une protection croisée contre d’autres sérotypes, l’immunité ne dure que deux ou trois ans, après quoi l’ADE peut se développer.
« DENV4 Id est maintenant devenu le sérotype prédominant dans le sud de l’Inde », déclare Lakhani. « Il a évolué de telle manière qu’il est de plus en plus étroitement lié à DENV1 et DENV3.
« Si DENV4 Id, la souche nouvellement développée en Inde, est la cause d’une infection secondaire, elle peut provoquer une transmission grave de la maladie. »
L’étude a révélé qu’au moins 50% des infections dans le sud de l’Inde appartiennent désormais à la lignée DENV4 Id.
Gautam Menon, doyen des départements de physique et de biologie de l’université d’Ashoka, explique que l’étude illustre « comment la surveillance génomique, couplée à une meilleure compréhension immunologique de la façon dont l’infection par un sérotype peut influencer le cours d’une infection ultérieure par un autre, peut être un puissant outil de prévision de santé publique ».
