Dans une étude récente publiée dans le Eurosurveillance Journal, les chercheurs ont détecté une lignée cryptique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans des élevages de visons en Pologne.
Étude: Lignée cryptique du SRAS-CoV-2 identifiée dans deux élevages de visons comme résultat possible d’une circulation non détectée à long terme dans un réservoir animal inconnu, Pologne, novembre 2022 à janvier 2023. Crédit d’image : Aninspiration/Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
Au cours de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), la production de visons a été durement touchée dans le monde, en particulier après des rapports de transmission du SRAS-CoV-2 d’homme à animal et de retombées inverses.
Cependant, contrairement au Danemark et aux Pays-Bas, où ils ont abattu des visons, la Pologne ne l’a pas fait. En conséquence, la Pologne est devenue le plus grand producteur de vison en Europe.
Cependant, le nombre d’élevages de visons en Pologne a considérablement diminué, passant de 350 à 166, entre 2019 et 2023. Les problèmes d’importation de peaux et la baisse de la demande de fourrure dans le monde ont entraîné cette baisse.
À propos de l’étude
En Pologne, ils ont commencé à tester tous les élevages de visons en utilisant un nouveau schéma à partir de décembre 2021 pour détecter le SRAS-CoV-2 chez les animaux lorsque les animaux d’élevage ont commencé à montrer des symptômes de la maladie, ont commencé à mourir ou que les travailleurs ont été testés positifs au COVID-19.
Ils ont collecté des écouvillons oropharyngés pour des tests de transcription inverse en chaîne par polymérase (RT-PCR) en temps réel dans trois fermes (fermes 14, 16 et 17) situées dans une zone agricole de basse altitude mais dans un rayon de 8 km.
Les chercheurs ont identifié la première ferme positive en janvier 2021 et 13 autres fermes d’ici juillet 2022. Entre septembre 2022 et janvier 2023, ils ont identifié trois autres fermes de visons positives, les fermes 14, 16 et 17.
L’équipe a collecté des échantillons pour effectuer le séquençage du génome entier (WGS), dont la taille de l’échantillon a détecté entre 50 % et 5 % de prévalence, respectivement, avec une confiance de 95 %. WGS a aidé les chercheurs à recueillir des données sur les changements dans les génomes du SRAS-CoV-2 détectés chez les visons.
De plus, les chercheurs ont tenté de localiser les sources potentielles d’entrée du SRAS-CoV-2 chez les visons. Ainsi, ils ont effectué des entretiens et des visites de sites selon la procédure décrite dans Sikkema et al. étude. L’équipe n’a pas pu faire d’investigations sérologiques ; ainsi, ils n’avaient aucune idée si les visons testés positifs (dans cette étude) avaient déjà été infectés dans le passé.
Résultats
Les chercheurs ont identifié 14 élevages de visons positifs pour le SRAS-CoV-2, où quatre types de variants du SRAS-CoV-2 appartenant à huit lignées d’affectation phylogénétique de l’épidémie mondiale nommée (PANGO) ont provoqué des infections. En outre, les chercheurs ont détecté une nouvelle lignée cryptique du SRAS-CoV-2 en une courte durée de trois mois dans deux élevages de visons à proximité géographique.
Les analyses phylogénétiques ont révélé que les virus des deux élevages de visons formaient un groupe étroitement lié aux séquences du génome du virus B.1.1.307 récupérées dans cette région polonaise et dans différentes parties de l’Europe il y a près de deux ans à partir de cas humains de COVID-19 ; cependant, avec> 40 polymorphismes nucléotidiques simples (SNP).
Les virus détectés dans les élevages de visons étaient presque identiques, mais avec plusieurs mutations non trouvées dans la souche Wuhan-Hu1 et le SRAS-CoV-2 humain B.1.1.307, dont F486L et N501T dans le pic (S), ce qui suggérait une évolution virale chez les visons.
Les autres mutations étaient des substitutions et des délétions d’acides aminés aux positions F486L, N501T, W64L, T572I et S929I et aux positions 140–143, respectivement.
Les résultats négatifs des tests RT-PCR pour les travailleurs agricoles et les familles des propriétaires ont exclu la possibilité qu’un excréteur viral chronique ait introduit le SRAS-CoV-2 chez le vison. Une source animale indéterminée a probablement introduit le virus chez les visons.
Dans les trois fermes où les visons ont été testés positifs au SRAS-CoV-2, les visons pourraient avoir été en contact avec des chats ou d’autres carnivores sauvages, qui ont probablement servi d’hôtes intermédiaires pour le SRAS-CoV-2.
Les chercheurs ont observé que les trois fermes positives au SRAS-CoV-2 avaient une clôture en béton de 1,8 m de haut sans trous pour les animaux sauvages. Cependant, les arbres des deux côtés qui traversaient offraient une voie potentielle d’entrée dans les fermes.
De plus, il y avait d’autres barrières pour protéger les visons d’élevage, par exemple, des cages en treillis métallique sur des poteaux sans murs. À l’entrée de la ferme, il y avait des portes en tôle ondulée.
Des entretiens avec le personnel et les propriétaires de fermes ont confirmé la présence sporadique de carnivores sauvages, par exemple des renards, dans les fermes de visons. De plus, ils ont mentionné que des espèces d’oiseaux sauvages visitaient aussi occasionnellement ces fermes. Bien que les employés de la ferme n’aient pas eu connaissance de visons échappés, certains se sont probablement échappés.
Une autre possibilité est qu’un vison vivant en liberté ait introduit le SARS-CoV-2 dans des visons d’élevage ; cependant, cette hypothèse doit être testée. D’autre part, les chercheurs étaient sûrs que la rencontre avec le virus était récente.
La souche de SRAS-CoV-2 détectée chez les visons d’élevage ne différait du SRAS-CoV-2 infectant l’homme que par 40 nucléotides, ce qui indique qu’elle a été acquise récemment et a évolué rapidement.
Les visons des fermes SARS-CoV-2-positives ne présentaient pas de symptômes typiques de la maladie, ce qui augmentait la probabilité d’une évolution virale indépendante et une source potentielle de nouvelles souches susceptibles de provoquer de nouvelles épidémies.
À ce jour, ils n’ont pas pu détecter le retour de la lignée cryptique identifiée du SRAS-CoV-2 dans la population humaine. Il n’y avait pas de chauves-souris dans les élevages de visons. Cependant, l’équipe a trouvé des chats sauvages dans tous les élevages de visons examinés au cours de l’étude. Les tests de déjections sauvages pour le SRAS-CoV-2 ont donné des résultats négatifs.
conclusion
Malgré une réduction marquée des élevages de visons, ils existent toujours en Pologne, servant de lieu de reproduction pour la propagation de l’homme à l’animal et inverse du SRAS-CoV-2. L’étude a souligné la nécessité d’augmenter la fréquence de la surveillance de routine du SRAS-CoV-2 dans les élevages de visons, d’autant plus que les animaux étaient asymptomatiques.
Il est important que les autorités polonaises renforcent les tests pour les travailleurs agricoles, les propriétaires et leurs familles. De plus, il devrait y avoir des tests moléculaires et sérologiques sporadiques sur les animaux sauvages, tels que les visons sauvages, les chats, les martres, les renards, etc.
En l’absence de surveillance obligatoire, la localisation de la source d’entrée virale devient impossible et elle reste non détectée. Comme l’étude l’a démontré, se fier uniquement à la surveillance passive après l’éclosion symptomatique était inadéquat.
