Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont évalué les schémas de dispersion des variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) et leur expansion mondiale.
Sommaire
Arrière plan
Après l’introduction mondiale de la vaccination, les restrictions de voyage ainsi que d’autres mesures de santé publique et sociales (PHSM) ont été progressivement levées dans la majorité du monde, rétablissant les tendances de voyage et de mobilité aux niveaux pré-pandémiques. Malgré la sévérité et l’étendue des restrictions de voyage, diverses souches de SRAS-CoV-2 se sont propagées et ont gagné en popularité dans le monde entier.
Comprendre les schémas de diffusion mondiaux des variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 (COV) en ce qui concerne les mouvements humains mondiaux et locaux est essentiel pour évaluer objectivement l’importance relative des restrictions de voyage ciblées pour la prévention de la pandémie.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé des techniques phylogéographiques et phylogénétiques pour reconstruire les tendances de distribution mondiale des COV du SRAS-CoV-2.
Pour quantifier les schémas de distribution mondiaux de chaque COV du SRAS-CoV-2, l’équipe a reconstruit l’état ancestral des emplacements spatiaux discrets en utilisant des arbres phylogénétiques datés dérivés d’un échantillon de génomes échantillonnés représentatifs. Un échantillonnage de génomes a été effectué proportionnellement au nombre d’infections spécifiques à la nation et à la variante, et les tests ont été répétés sur dix répétitions d’environ 20 000 échantillons de génomes par COV. L’évaluation de la différence nette entre les événements d’importation et l’exportation virale pour chaque nation et continent a indiqué la dynamique continentale source-puits.
Pour étudier comment le transport aérien a affecté la vitesse de dispersion des COV dans le monde, l’équipe a analysé les volumes de passagers aériens mondiaux de février 2020 à mars 2022 avant de les comparer à la vitesse de dispersion des COV dans les pays qui ont signalé les COV en utilisant des informations génétiques. Ce délai a été mesuré comme le nombre de jours observés entre le moment des ancêtres communs les plus récents (TMRCA) correspondant à chaque COV de la recherche publiée et la date à laquelle le premier échantillon séquencé de COV a été collecté dans chaque nation.
Pour examiner la corrélation entre les voyages aériens dans le monde et la latence de la dispersion mondiale des COV, l’équipe a estimé les corrélations par paires entre les reports d’échantillonnage pour chaque pays pour chaque COV et les volumes totaux de voyages entrants pour ce pays pendant la dispersion des COV, ainsi que les volumes de voyages entrants. provenant des pays d’origine présumés correspondant à chaque COV.
Résultats
Les résultats de l’étude ont démontré que chaque COV a des schémas d’expansion mondiaux distincts. De novembre 2020 à décembre 2020, de juin 2021 à juillet 2021, les variantes SARS-CoV-2 Alpha, Beta et Gamma ont montré une co-circulation mondiale. Le Royaume-Uni (RU) a contribué au nombre calculé le plus élevé d’exportations à l’échelle mondiale. L’équipe a noté que l’expansion mondiale pouvait être considérée comme un processus en plusieurs étapes. Vers la fin de 2020 et le début de 2021, l’équipe s’attendait à ce qu’Alpha se soit propagé principalement en Europe, puis de l’Europe vers l’Asie et les Amériques.
La plupart des introductions d’Alpha en Afrique provenaient d’Amérique du Nord ou d’Europe, d’abord en Afrique de l’Ouest et ensuite en Afrique de l’Est. De plus, de février 2021 à mai 2021, la variante Alpha s’est répandue dans toute l’Asie et les Amériques, et des échanges de lignées virales de l’Afrique de l’Est vers l’Asie ont été observés.
Environ 50% des exportations bêta de l’Afrique australe étaient destinées à des zones de la même région. De plus, les chercheurs ont déduit une diffusion importante de bêta vers l’Europe occidentale à partir de l’Afrique australe, puis au sein même de l’Europe occidentale. Il a été déduit que l’Afrique et l’Asie étaient une source nette de bêta, les exportations culminant après avril 2021.
En raison de leurs différences génétiques, les tendances de distribution des lignées Omicron BA.1 et BA.2 ont été identifiées séparément jusqu’en mars 2022. Conformément à la première vague significative d’Omicron BA.1 en Afrique australe, les premiers événements d’exportation de BA.1 ont été déduits de se sont produits en Afrique australe entre novembre et décembre 2021, générant une vague d’infection massive de décembre 2020 à mars 2021. Par la suite, la plupart des variantes Gamma ont été transportées vers d’autres pays d’Amérique du Sud.
Après leur émergence, les variantes Alpha, Beta et Gamma ont été initialement échantillonnées pour le séquençage dans les pays avec un délai d’environ 64 à 425, 95 à 300 et 48 à 251 jours, respectivement. En moyenne, les pays ont eu besoin de près de 45 à 336 jours de plus pour séquencer la variante Delta après son émergence prévue en octobre 2020.
À l’exception de Beta, l’équipe a trouvé des associations négatives et considérables entre le nombre total de voyages et les retards du premier échantillonnage de COV dans les pays du monde entier, confirmant la relation attendue entre des volumes de voyages plus importants et des retards d’arrivée de COV réduits. En outre, une forte association négative a été notée entre les volumes de voyages et les retards en provenance des pays qui ont initialement noté les COV respectifs, suggérant que les COV apparaissent dans un pays ayant moins de retard si ce pays reçoit un grand nombre de voyageurs du pays d’origine présumé de ce pays. COV.
Conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont démontré que les COV du SRAS-CoV-2 se diffusaient dans le monde selon une dynamique source-puits distincte. L’étude a également noté qu’en général, les centres de voyage mondiaux contribuaient de manière significative aux exportations virales.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
