Une étude récente menée en Espagne a montré que l’infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) peut modifier la structure globale et la diversité du microbiote nasopharyngé chez les femmes enceintes – qui persiste même des semaines après l’infection clinique. Le document est actuellement disponible sur Place de la recherche serveur de préimpression*.
Étude : profilage du microbiote nasopharyngé des femmes enceintes infectées par le Sars-Cov-2. Crédit d’image : NIAID
Le système respiratoire supérieur est une porte d’entrée principale pour de nombreux agents pathogènes, et la littérature suggère que les perturbations et les changements dans le microbiote des voies respiratoires supérieures (qui comprend le nez et le nasopharynx) modulent la propension de l’hôte à diverses conditions pathologiques, telles que les affections respiratoires aiguës. infections des voies.
C’est également le cas du SRAS-CoV-2, l’agent causal de la pandémie actuelle de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), qui pénètre facilement dans l’hôte par les voies respiratoires supérieures. Par conséquent, les micro-organismes résidents qui s’y trouvent (également appelés microbiote du système respiratoire) peuvent jouer un rôle important de l’initiation à la progression de la maladie.
Pourtant, jusqu’à présent, les preuves sur la relation exacte entre l’infection par le SRAS-CoV-2 et le microbiote des voies respiratoires supérieures sont encore relativement rares et discordantes. Et c’est cette rareté de données fiables qui rend la situation de certains groupes de personnes (comme les femmes enceintes et les personnes immunodéprimées) encore plus floue.
Dans cette nouvelle étude, dirigée par le Dr Francesca Crovetto du Centre de médecine maternelle-fœtale et néonatale de Barcelone, de l’hôpital Sant Joan de Déu et de l’hôpital Clínic en Espagne, le microbiote nasopharyngé chez les femmes enceintes infectées par le SRAS-CoV-2 a été évalué pour la première fois, et les sous-populations ont été comparées.
Sommaire
Comparaison du microbiote chez la femme enceinte
Pour les besoins de cette étude, des femmes enceintes ont été recrutées à partir d’une cohorte multicentrique basée sur la population entre mars et juin 2020 à Barcelone (Espagne), dans laquelle le statut d’infection par le SRAS-CoV-2 a été déterminé par chaîne de transcription inverse-polymérase nasopharyngée (RT-PCR) et taux d’anticorps dans le sang périphérique.
En outre, l’acide désoxyribonucléique (ADN) a été extrait d’échantillons d’écouvillons nasopharyngés, et des régions spécifiques des bactéries nécessaires à leur identification ont été amplifiées à l’aide d’amorces spécifiques à la région. L’abondance différentielle des taxons bactériens a été testée pour évaluer la diversité alpha/bêta.
Les chercheurs se sont intéressés non seulement à la composition du microbiote nasopharyngé chez les femmes enceintes infectées par le SRAS-CoV-2, mais également aux différences potentielles entre les femmes ayant une infection active et antérieure, ainsi qu’entre les infections symptomatiques et asymptomatiques.
Le microbiote nasopharyngé des femmes enceintes est altéré par l’infection par le SARS-CoV-2. A) Diagramme d’ordination de l’analyse des coordonnées principales (PCoA) basé sur les distances UniFrac non pondérées selon l’infection par le SRAS-CoV-2. Chaque point correspond à un échantillon. B) Barplots montrant la composition du microbiote nasopharyngé de la population chez les femmes enceintes en bonne santé (NEG) et infectées par le SARS-CoV-2 (POS). Les embranchements avec une abondance relative inférieure à 0,5 % et les cyanobactéries ont été regroupés dans la catégorie « Autres » pour le traçage. C) Analyse de la taille de l’effet LDA (LEfSe) montrant les genres qui discriminent le plus les deux conditions de santé (infectés vs non infectés). Un score LDA> 3 était considéré comme un seuil significatif. D) Boxplots montrant les différences dans la diversité alpha mesurée comme ASV observé (variant de séquence d’amplicon) et les indices de Shannon selon l’infection par le SRAS-CoV-2. L’analyse statistique des différences entre les groupes a été calculée à l’aide du test de Kruskal-Wallis avec correction FDR pour les comparaisons multiples. POS : résultat positif pour le SARS-CoV-2 (rouge), NEG : résultat négatif pour le SARS-CoV-2 (bleu). *p<0,05, **p<0,01, ***p<0,001
Différences dans la composition du microbiote
L’étude a montré des différences de richesse et d’uniformité du microbiote entre les femmes enceintes SARS-CoV-2-positives et celles négatives pour les vires. Plus précisément, il y avait une abondance relative plus élevée de Ténéricutes et Bacteroidetes phyla (ce dernier principalement en raison de la plus grande abondance de la Prévotellacées famille).
De plus, ce groupe de recherche a montré que les changements microbiens détectés étaient quelque peu similaires chez les femmes ayant une infection passée et présente par le SRAS-CoV-2, alors qu’aucune différence significative n’a été signalée dans les cas les plus graves de COVID-19.
Une découverte supplémentaire de cet article intrigant était le lien entre les taxons bactériens qui ont été surreprésentés chez les femmes infectées par le SRAS-CoV-2 et les niveaux d’anticorps (principalement IgA et IgM). Cela implique une relation potentielle entre le microbiote et la réponse immunitaire ultérieure à l’infection par le SRAS-CoV-2.
Le document explique en outre qu’une association négative entre les niveaux d’anticorps IgA et IgM et la Corynébactérie genre a été détecté. Comme le genre susmentionné représente l’un des principaux constituants du microbiote nasopharyngé lié à un état sain, il s’agit en effet d’une découverte importante.
Confirmation des effets durables
En un mot, cette étude a rapporté des changements dans la communauté microbienne nasopharyngée des femmes enceintes infectées par le SRAS-CoV-2, qui ont persisté même après l’évolution infectieuse. Fondamentalement, les résultats soutiennent la notion d’effets durables de ces changements, avec des implications importantes pour les personnes concernées.
« Comme nous n’avions pas d’évaluation de base, nous ne pouvons pas déterminer si des changements dans le microbiote étaient présents avant l’infection », déclarent les auteurs de l’étude dans cet article. « Cependant, nous pensons que cela est peu probable, étant donné que d’autres infections respiratoires ont également été signalées pour induire des changements dans le microbiote nasopharyngé », ajoutent-ils.
Dans tous les cas, des études supplémentaires seront nécessaires pour confirmer ces résultats et évaluer les implications cliniques potentielles des modifications du microbiote nasopharyngé dans les grossesses compliquées d’une infection par le SARS-CoV-2-CoV-2.
*Avis important
Rapports scientifiques et place de la recherche publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
