Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont utilisé la surveillance moléculaire pour identifier les cas de co-infection par les variantes préoccupantes du coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère (COV) Delta et Omicron signalés en Argentine en décembre 2021 et janvier 2022.
Sommaire
Contexte
Auparavant, le séquençage du génome entier (WGS) était largement utilisé pour surveiller les variantes du SRAS-CoV-2 ; cependant, cela prenait du temps et coûtait cher, de sorte que son utilisation dans des environnements à ressources limitées restait limitée.
La surveillance moléculaire a permis l’identification de cas de co-infection signalés sporadiquement chez un même individu par deux lignées différentes du SRAS-CoV-2. Ces cas ont offert l’occasion d’examiner la recombinaison génétique virale et l’émergence de nouvelles lignées de SRAS-CoV-2 susceptibles de provoquer des symptômes cliniques plus graves de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).
Les co-infections avec les lignées SARS-CoV-2, à la fois locales et mondiales, sont tout à fait pertinentes car la circulation des variantes ne cesse de changer et de nouvelles variantes continuent d’émerger. L’émergence de nouveaux virus recombinants, uniquement possible en raison d’une co-infection, entraîne une transmissibilité accrue ou une évasion immunitaire car cela combine des mutations avantageuses à partir de variants distants. Par conséquent, la diminution de la prévalence et de la circulation des variants du SRAS-CoV-2 pourrait minimiser la formation de lignées recombinantes avec une meilleure forme physique compétitive.
Cependant, les études explorant la fréquence des patients co-infectés et leur rôle possible dans la promotion de l’évolution du SRAS-CoV-2 induite par la recombinaison sont rares.
À propos de l’étude
Dans l’étude actuelle, les chercheurs ont analysé 2067 échantillons positifs au SRAS-CoV-2 collectés entre décembre 2021 et janvier 2022 dans la province de Córdoba, en Argentine, pour la détection des COV.
Ils ont mené cette étude dans le cadre du programme de surveillance moléculaire du gouvernement local de la province de Córdoba. Ils ont utilisé un panel de mutations TaqMan™ SARS-CoV-2 pour détecter les mutations L452R et P681R et, sur la base des résultats du premier cycle d’identification des mutations, ont détecté les mutations P681H, K417N, L452Q.
Ils ont utilisé une réaction en chaîne de polymérase-transcriptase inverse en temps réel multiplex (RT-PCR) pour détecter simultanément le type sauvage (wt) et les séquences nucléotidiques mutantes.
Ensuite, ils ont effectué une WSG sur les échantillons qui présentaient un profil de co-infection dans la RT-PCR en temps réel spécifique à la mutation à l’aide de la plate-forme Illumina et ont soumis des échantillons séquencés à la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID).
Résultats de l’étude
Sur les 2067 échantillons analysés, trois, soit seulement 0,1% des cas de SARS-CoV-2, ont montré des profils compatibles avec des co-infections. Parmi ces trois patients, un seul patient présentait des symptômes graves, notamment une pneumonie et une dyspnée. Cependant, cela s’est probablement produit parce que ce patient n’était pas vacciné, avait plus de 60 ans et souffrait d’hypertension artérielle. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour confirmer les observations faites sur les patients co-infectés.
Bien que pendant toute la durée de l’étude, la distribution des variants n’ait cessé d’évoluer, Omicron a été détecté fin janvier 2022.
La mutation L452R présentait une amplification pour la mutation et les séquences wt, tandis que la mutation P681H était positive pour la séquence de mutation et négative pour la séquence wt. L’amplification de la mutation P681R était positive pour la séquence de mutation mais négative pour la séquence wt. Ainsi, soulevant la possibilité d’une autre mutation dans cette position. Enfin, la mutation K417N, ainsi que sa séquence wt, était faiblement amplifiée en cas de co-infections.
La répétition de l’extraction des acides nucléiques et des RT-PCR spécifiques sur des échantillons de test originaux pour la détection des COV a produit les mêmes résultats.
Il y avait suffisamment d’acide ribonucléique (ARN) et une charge virale élevée dans l’échantillon N°1 pour une enquête plus approfondie via WGS. La séquence contenait 29867 nucléotides, dont 0,34 % étaient des mutations, par rapport à la séquence de référence WIV04. La proportion de lectures correspondant à Omicron était supérieure à celle des lectures correspondant au Delta VOC.
conclusion
Selon les auteurs, il s’agit de la première étude décrivant des cas co-infectés porteurs de deux lignées distinctes de SARS-CoV-2 en Argentine. Omicron a été identifié pour la première fois dans la province de Córdoba au cours des premiers jours de décembre 2021. Il s’est rapidement disséminé, accompagné d’une augmentation du nombre de cas, donnant lieu à la troisième vague pandémique de COVID-19 dans la province et dans toute l’Argentine.
Bien que rarement signalés en raison de difficultés à les identifier, les événements de co-infection sont peut-être assez fréquents pendant les périodes de forte circulation virale ; cependant, dans de tels cas, la présence d’une des lignées en plus grande proportion entraîne la détection d’une seule lignée.
L’étude a souligné l’importance d’une surveillance moléculaire continue pour détecter les co-infections et les recombinaisons virales, en particulier lors d’une circulation virale élevée. Cela pourrait également aider à évaluer les cas cliniques liés aux co-infections pour expliquer la survenue de cas graves.
Néanmoins, comme dans les rapports précédents, les auteurs de la présente étude ont détecté des co-infections lors de la troisième vague de COVID-19 en Argentine, avec des niveaux très élevés de circulation virale.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
