Une étude récente publiée dans Maladies infectieuses The Lancet journal montre que des souches mutées de coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère avec une substitution en position 501 auraient pu circuler inaperçues même avant la fin septembre 2020, lorsque l’émergence rapide de la lignée B.1.1.7 (portant le Mutation N501Y) a été initialement rapportée.
Le 14 décembre 2020, les autorités du Royaume-Uni ont signalé à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) qu’une nouvelle variante du SRAS-CoV-2, un agent causal d’une pandémie de coronavirus en cours de 2019 (COVID-19), a été identifiée grâce à séquençage génomique viral.
Cette variante, souvent appelée SARS-CoV-2 VUI 202012/01 (Variante sous enquête, année 2020, mois 12, variante 01), s’est avéré se propager plus facilement entre les personnes, bien qu’il n’y ait pas d’association significative avec la gravité des symptômes ou l’efficacité du vaccin.
Dans tous les cas, de multiples mutations dans la glycoprotéine de pointe virale sont caractéristiques de cette variante, le N501Y étant une préoccupation majeure car il implique l’un des six résidus d’acides aminés clés responsables du contact étroit entre le domaine de liaison au récepteur SARS-CoV-2 (RBD ) et le récepteur cellulaire de l’enzyme de conversion 2 de l’angiotensine (ACE2).
Par conséquent, un groupe de chercheurs, dirigé par le Dr Simona Fiorentini du Département de médecine moléculaire et translationnelle de l’Université de Brescia en Italie, a effectué un séquençage métagénomique détaillé et des analyses bioinformatiques pour approfondir les isolats italiens.
Caractérisation génétique détaillée
En novembre 2020, un homme de 59 ans ayant des antécédents d’infection persistante par le SRAS-CoV-2 a subi des tests moléculaires. Lors de la confirmation en laboratoire de l’infection, la caractérisation génétique des virus dans l’échantillon de novembre ou MB61-Nov (mais aussi l’échantillon précédent d’août 2020, connu sous le nom de MB61-Aug) a été poursuivie par séquençage métagénomique.
Deux génomes complets obtenus ont ensuite été comparés à des génomes viraux de pleine longueur disponibles gratuitement sur la plate-forme GISAID, qui est une source en libre accès aux données génomiques des virus de la grippe et du SRAS-CoV-2.
Des souches avec la mutation N501Y dans le spike RBD, qui ont été récemment caractérisées en Italie et au Royaume-Uni comme incorporées à la lignée B.1.1.7 émergeant rapidement, ont été incluses dans l’analyse. Enfin, l’alignement des séquences et l’édition détaillée ont également été effectués pour obtenir une image complète.
Variantes N501T présentes début août
En bref, les analyses bioinformatiques de cette étude ont révélé que l’isolat MB61-Aug SARS-CoV-2 avait amassé dix changements d’acides aminés par rapport aux premiers isolats italiens; de plus, trois autres étaient apparus au cours de son évolution jusqu’à fin novembre 2020.
Il convient de noter que la substitution N501T a été trouvée dans les isolats MB61-Aug et MB61-Nov SARS-CoV-2, ce qui indique qu’une mutation au niveau du résidu d’acide aminé clé 501 s’est déjà propagée en Italie depuis août 2020. .
Notre arbre du maximum de vraisemblance chronologique suggère que ces variantes de pointe N501T sont apparues début août dans le nord de l’Italie, et donc que les souches de SRAS-CoV-2 hébergeant une substitution à la position 501 auraient pu circuler inaperçues même avant la fin de septembre 2020, lorsque le La lignée B.1.1.7 émergeant rapidement (portant la mutation N501Y) a été signalée pour la première fois », disent les auteurs de l’étude.
La nécessité d’un effort de recherche massif
Des découvertes récentes concernant l’évolution du SRAS-CoV-2, en particulier au sein de la RBD, justifient un effort scientifique massif afin d’identifier de nouvelles variantes avec le potentiel d’une propagation virale accrue, mais aussi avec la propension à montrer un comportement évasif à l’infection ou au vaccin -immunité neutralisante induite.
Cette étude est un pas dans cette direction et a également comparé la souche de référence de Wuhan aux deux variantes de MB61. Les variants portaient en fait quatre mutations et une délétion dans la glycoprotéine de pointe – dont deux étaient situées dans la RBD.
Néanmoins, des enquêtes plus complexes et plus longues qui nécessitent une collaboration entre différents groupes de recherche seront nécessaires à l’avenir. À cet égard, le groupe de travail OMS sur l’évolution du virus SRAS-CoV-2, récemment créé, est un moyen d’améliorer la compréhension de cette question d’actualité.
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