Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), le virus qui cause la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), continue de se propager dans le monde entier. Alors que le monde commence à s’adapter à la nouvelle normalité, une nouvelle variante à propagation plus rapide du SRAS-CoV-2 provoque une flambée des cas.
Une nouvelle étude menée par des chercheurs du Département d’écologie et de biologie évolutive de l’Université de l’Arizona a montré que la nouvelle variante circule aux États-Unis depuis novembre. Le 14 décembre, le Royaume-Uni a signalé la nouvelle variante à l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
La nouvelle variante
La variante, appelée VUI-202012/01, comprend une mutation dans le génome viral codant pour la protéine de pointe, entraînant une transmissibilité plus élevée entre les personnes. Le SRAS-CoV-2 se diversifie en une myriade de lignées, dont l’une est la B.1.1.7, qui est apparue pour la première fois au Royaume-Uni de septembre à octobre.
Au cours des derniers mois, la lignée a continué d’évoluer tout en augmentant rapidement en fréquence dans le sud-est de l’Angleterre. De là, il s’est déjà répandu dans de nombreux pays, dont les États-Unis, l’Espagne, la France, le Portugal, l’Italie, l’Allemagne, Singapour, le Japon et les Philippines, entre autres.
En Afrique du Sud, une autre variante du SRAS-CoV-2, appelée 20H / 501Y.V2 ou B.1.351, a vu le jour. La variante partage certaines mutations avec B.1.1.7. Pendant ce temps, le Brésil a signalé l’émergence d’une nouvelle variante, connue sous le nom de P.1. Cette variante a 17 mutations uniques, dont trois dans le domaine de liaison au récepteur de la protéine de pointe (RBD).
L’étude
Dans un article publié sur Virologique, un forum de discussion pour l’analyse et l’interprétation de l’évolution moléculaire des virus et de l’épidémiologie, les chercheurs visaient à déterminer le nombre et le moment des introductions du SRAS-CoV-2.
Ils expliquent que la lignée B.1.1.7 circule aux États-Unis depuis novembre, environ cinq à six semaines avant que la variante ne soit identifiée pour la première fois au Royaume-Uni à la mi-décembre 2020.
L’équipe a également révélé que la variante aurait pu circuler aux États-Unis pendant près de deux mois avant d’être détectée pour la première fois le 29 décembre 2020. La majorité des cas B.1.1.7 semblent être générés par des épidémies nationales plutôt que par transmission liée au voyage.
Pour arriver aux résultats de l’étude, l’équipe s’est concentrée sur un ensemble unique de nouveaux génomes variants aux États-Unis, qui ont été séquencés par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis, la société de génomique grand public Helix et la société de séquençage Illumina.
Nous souhaitons reconnaître l’importance du partenariat CDC / Helix / Illumina pour ces efforts de santé publique et de surveillance du génome à travers les États-Unis et reconnaissons avec gratitude leur volonté de partager les données qui ont rendu cette étude possible », ont écrit les chercheurs dans l’article.
L’équipe a téléchargé toutes les séquences européennes B.1.1.7 avec une date d’échantillonnage non ambiguë du GISAID au 15 janvier et a choisi un sous-ensemble de séquences contextuelles. Ces séquences contextuelles ont été sélectionnées pour couvrir toute la période d’échantillonnage B.1.1.7 entre septembre 2020 et fin décembre 2020.
Pourquoi la nouvelle variante se propage-t-elle rapidement?
La lignée B.1.1.7 ou VUI-202012/01, a une mutation dans la RBD de la protéine de pointe en position 501, où l’acide aminé asparagine (N) a été remplacé par la tyrosine (Y), rapporte le CDC. Cette mutation est également appelée N501Y.
Le variant contient 14 mutations qui entraînent des changements d’acides aminés et trois délétions. La mutation N501Y permet au virus de se lier plus étroitement au récepteur cellulaire, appelé enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2). Comme c’est le processus qui facilite l’entrée virale, cette liaison plus étroite signifie essentiellement que la nouvelle variante peut infecter plus facilement les personnes.
Des preuves récentes ont même suggéré que B.1.1.7 pourrait être plus mortel que les souches précédentes. En collaboration avec le CDC, le comité d’experts du gouvernement britannique, le Scientific Advisory Group for Emergencies (SAGE), a publié un article contenant «quelques analyses préliminaires… qui montrent qu’il peut y avoir une augmentation de la gravité de la maladie associée à cette nouvelle variante , B.1.1.7. »
Cette découverte alarmante fait suite à un rapport initial de Public Health England (PHE), qui n’a trouvé aucune preuve d’une virulence accrue dans la nouvelle variante.
Lorsqu’une nouvelle variante d’un virus devient dominante, les scientifiques doivent déterminer pourquoi. Le suivi de l’émergence et de la prévalence de nouvelles variantes est essentiel pour gérer la pandémie et garantir que les thérapies et les vaccins restent efficaces.
À ce jour, il y a plus de 98,92 millions de cas dans le monde, avec plus de 2,12 millions de décès. Les États-Unis restent le pays avec le plus grand nombre de cas, atteignant 25 millions.
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