La gravité de l’issue de l’infection par le coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère est très variée, la plupart des individus restant asymptomatiques tandis que d’autres souffrent d’une pneumonie grave potentiellement mortelle et d’une défaillance multi-organique. La génétique de l’hôte joue un rôle dans la progression et le pronostic de la maladie. Un article récemment téléchargé sur le serveur de pré-impression medRxiv* par Dubé et al. (1st Mars 2021) identifie plusieurs allèles associés au gène natriuretic peptide receptor C (NPR3) qui peuvent avoir un impact sur la gravité de la maladie.
Comment l’étude a-t-elle été réalisée?
Le groupe a travaillé avec 4488 patients ambulatoires COVID-19 à haut risque âgés de plus de 40 ans et ayant au moins une autre comorbidité telle que le diabète ou l’obésité. Le groupe a été divisé en deux tailles égales, dont l’une a reçu un placebo, tandis que l’autre a reçu 0,5 mg de colchicine, un anti-inflammatoire, par jour pendant un mois. Les patients ont été évalués pour les symptômes de la maladie 15 et 30 jours après le début de l’essai.
Les mêmes patients ont été invités à participer à une étude supplémentaire pour aider à identifier les déterminants génétiques dans le résultat du COVID-19. Les données génétiques ont été collectées auprès de ceux qui ont consenti et le résultat du COVID-19 a été suivi par individu. L’ensemble de données a été encore affiné par la suppression d’échantillons génétiquement liés ou de ceux sans tests de PCR COVID-19 positifs, laissant 1 855 pour analyse.
78% du total des participants ont déclaré ne pas avoir de symptômes du COVID-19 pendant la période de 30 jours, les auteurs notant qu’en général, les femmes présentaient des symptômes plus durables que les hommes. Il est intéressant de noter que 0,3% et 5,1% des participants à l’essai sur la colchicine sont décédés ou ont été hospitalisés, respectivement, tandis que seulement 3,1% de ceux qui ont continué à être inclus dans l’étude génétique ont été hospitalisés, aucun n’est décédé. Malheureusement, comme l’affirment les auteurs, le biais des participants sains signifie que les patients moins sains sont moins susceptibles de participer à l’étude génétique supplémentaire.
Le temps de rémission des symptômes après l’apparition a été enregistré dans le groupe d’analyse génétique, et in-silico des méthodes ont été utilisées pour identifier deux variations génétiques courantes corrélées à une période de maladie plus courte.
Manhattan trace le GWAS du temps de rémission des symptômes du COVID-19. une. En utilisant une régression à risques proportionnels de Cox avec 1723 sujets des bras colchicine et placebo de l’étude COLCORONA, en contrôlant le bras de l’étude, le sexe, l’âge et 10 composants principaux pour l’ascendance génétique, avec 6392715 variantes génétiques de fréquence des allèles mineurs ≥ 5%.
Quels allèles ont été identifiés?
Deux loci d’intérêt ont été identifiés par le groupe, situés en 5p13.3 et 9q33.1. Le variant du locus du chromosome 5 couvre le gène NPR3, qui est impliqué dans le système rénine-angiotensine étendu. La variation du NPR3 a également été associée à la taille, à la pression artérielle et au volume expiratoire forcé des poumons d’un individu. Ceux avec des copies de l’allèle mineur avaient une période de rémission plus courte que ceux avec l’allèle majeur, avec 44%, 54% et 59% des patients devenant en bonne santé 15 jours après l’infection s’ils avaient 0, 1 ou 2 copies de l’allèle, respectivement.
L’allèle du chromosome 9 a également été associé à la taille d’une personne et constitue un facteur de risque d’anomalies veineuses. Dans ce cas, la variante locus n’a eu un effet observable sur la rémission des symptômes que dans le groupe non placebo, ce que les auteurs suggèrent peut être dû à l’administration de colchicine. De multiples voies inflammatoires similaires sont activées à la fois par les effets en aval du variant du chromosome 9 et de la colchicine, occultant potentiellement l’effet génétique dans le groupe recevant le médicament. Dans le groupe placebo, 46%, 62% et 64% des patients ont eu une rémission des symptômes dans les 15 jours lorsque l’individu avait 0, 1 ou 2 copies de l’allèle, respectivement.
Puisque la durée des symptômes est un prédicteur fort de la gravité de la maladie, ce facteur de risque génétique nouvellement découvert pourrait aider à prédire l’issue. Une catégorisation plus approfondie des facteurs de risque d’un individu par analyse génétique permettra de concevoir des traitements personnalisés à l’avenir, bien que dans ce cas particulier, davantage d’études de suivi avec plus de participants seront nécessaires pour confirmer les résultats.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
Référence du journal:
- Génétique de la rémission des symptômes en ambulatoire avec COVID-19, Marie-Pierre Dube, Audrey Lemacon, Amina Barhdadi, Louis-Philippe Lemieux Perreault, Essaid Oussaid, Geraldine Asselin, Sylvie Provost, Maxine Sun, Johanna Sandoval, Marc-André Legault, Ian Mongrain , Anick Dubois, Diane Valois, Emma Dedelis, Jennifer Lousky, Julie Choi, Elisabeth Goulet, Christiane Savard, Lea-Mei Chicoine, Marieve Cossette, Malorie Chabot-Blanchet, Marie-Claude Guertin, Simon de Denus, Nadia Bouabdallaoui, Richard Marchand, Zohar Bassevitch, Anna Nozza, Daniel Gaudet, Philippe L L’Allier, Julie Hussin, Guy Boivin, David Busseuil, Jean-Claude Tardif, medRxiv, 2021.02.24.21252396; doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.24.21252396, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.24.21252396v1