Les bactériémies constituent une menace persistante pour les patients hospitalisés, et celles causées par des champignons sont particulièrement dangereuses. Candidose Ces espèces sont responsables de la plupart des infections fongiques invasives dans le monde et comptent parmi les principales causes d’infections sanguines nosocomiales. Étant donné que différentes espèces fongiques peuvent réagir différemment aux médicaments antifongiques, les médecins s’efforcent d’identifier correctement le champignon responsable d’une infection donnée avant de commencer le traitement.
Cependant, le diagnostic conventionnel repose sur des hémocultures, dans lesquelles le sang d’un patient est incubé jusqu’à ce que les micro-organismes atteignent des niveaux détectables. Ce processus, ainsi que les tests d’identification ultérieurs, peuvent prendre plusieurs jours. Pendant cette période d’attente, les cliniciens traitent souvent les patients avec des médicaments antifongiques à grande échelle ou attendent plus longtemps que l’idéal pour commencer des thérapies plus ciblées.
Pour relever ce défi, une équipe de recherche dirigée par le professeur Hiroki Takahashi du Centre de recherche en mycologie médicale de l’Université de Chiba, au Japon, a développé un flux de travail permettant d’identifier plus rapidement les agents pathogènes fongiques. Leur étude, publiée en ligne dans la revue Spectre de microbiologie le 21 août 2026, a été co-écrit par le Dr Isato Yoshioka, le Dr Momotaka Uchida, le professeur Akira Watanabe et le Dr Takashi Yaguchi, tous de l’Université de Chiba.
Le flux de travail proposé comprend trois étapes principales, effectuées sur un échantillon d’hémoculture prélevé alors qu’il est encore en incubation et avant que le système automatisé ne le signale comme positif. Premièrement, les chercheurs décomposent sélectivement les cellules humaines, puis dégradent l’ADN humain à l’aide d’une enzyme appelée benzonase, sans affecter l’ADN fongique et bactérien. Cela augmente considérablement la proportion d’ADN microbien par rapport à l’ADN humain dans l’échantillon. Ensuite, les chercheurs utilisent l’amplification du génome entier basée sur la PCR pour réaliser de nombreuses copies de fragments d’ADN provenant des génomes présents dans l’échantillon, générant ainsi suffisamment de matériel génétique pour le séquençage.
L’ADN amplifié est ensuite chargé sur un appareil portable pour le séquençage des nanopores, une technique qui détermine la séquence des molécules d’ADN lorsqu’elles traversent des pores à l’échelle nanométrique. Contrairement aux approches de séquençage qui nécessitent une analyse complète avant que les résultats puissent être évalués, le séquençage des nanopores génère des données de séquence d’ADN en temps réel au fur et à mesure de la progression de l’analyse. Les séquences résultantes sont ensuite étudiées par rapport à une base de données de référence personnalisée contenant des informations génétiques provenant d’un large éventail de micro-organismes, notamment des agents pathogènes fongiques et bactériens associés aux infections du sang. « J’ai une formation en analyse de séquences et en génomique, et j’ai vu une opportunité d’appliquer mon expertise à l’important défi clinique des infections fongiques.« , explique le professeur Takahashi. « J’étais particulièrement motivé par la possibilité d’utiliser les technologies génomiques modernes pour améliorer notre compréhension, le diagnostic et, à terme, le traitement de ces infections.« .
Lors de tests utilisant 48 échantillons d’hémocultures cliniques représentant huit espèces fongiques, le flux de travail proposé a permis une identification au niveau de l’espèce en sept heures environ avec une précision remarquablement élevée. Notamment, les chercheurs ont également découvert que la méthode pouvait identifier une gamme d’agents pathogènes fongiques, tels que Candida albicans, Nakaseomyces glabratus, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, et Cryptococcus néoformans. Il a même détecté des infections mixtes dans certains échantillons, impliquant celles contenant deux espèces fongiques ou à la fois des champignons et des bactéries.
Une caractéristique clé de cette nouvelle approche est sa rapidité, car elle permet d’identifier les agents pathogènes fongiques directement à partir d’échantillons d’hémoculture avant que les cultures ne deviennent positives dans les systèmes de culture conventionnels. « Notre méthode peut permettre aux cliniciens d’initier un traitement antifongique approprié plus tôt, améliorant potentiellement les résultats pour les patients atteints d’infections sanguines fongiques potentiellement mortelles, » remarque le professeur Takahashi. De plus, comme le flux de travail capture le génome complet de l’agent pathogène, il peut également détecter des variantes génétiques dans les gènes associés à la résistance aux médicaments.
Les chercheurs notent que des travaux supplémentaires seront nécessaires pour déterminer le meilleur moment pour collecter des échantillons pendant l’incubation et pour améliorer la détection lorsqu’une forte croissance bactérienne masque les signaux fongiques dans les infections mixtes. Avec une validation plus poussée, leur stratégie pourrait contribuer au développement de procédures de diagnostic rapides pour les infections fongiques potentiellement mortelles, réduisant ainsi les délais de traitement efficace et, à terme, améliorant les soins prodigués aux patients concernés.
