Depuis son émergence à Wuhan, en Chine, en décembre 2019, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent causal du COVID-19 (maladie à coronavirus 2019), se propage rapidement, de nombreuses variantes étant observées autour du monde. Un taux de transmission élevé indiquerait un processus en cours de sélection positive de variants, ce qui pourrait permettre au virus d’acquérir des traits génétiques avantageux. Les variantes émergentes sont susceptibles d’être plus transmissibles, plus pathogènes et plus susceptibles d’échapper à l’immunité naturelle ou à l’immunité vaccinale.
Par conséquent, la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 et de ses variants est essentielle. Il donne un aperçu des mécanismes de diffusion virale dans le monde. Les variants comprennent les mutations N501Y, E484K ou L452R sur le gène codant pour la protéine de pointe virale. Les deux nouvelles variantes indiennes récemment identifiées sont les mutations N440K et E484Q et L452R associées à une altération de la réponse anticorps et des réactions immunitaires.
Les chercheurs ont découvert la première variante N440K et les nouvelles variantes indiennes E484Q et L452R isolées en France dans une étude récente. Ils ont présenté les mutations génétiques dans les génomes isolés et l’arbre phylogénétique, y compris ces souches parmi les différents clades de SRAS-CoV-2. Ce travail est posté sur le bioRxiv * serveur de pré-impression.
« Des variantes de surveillance rapprochée en temps réel pourraient aider la communauté scientifique à empêcher une propagation rapide et à déclencher des alarmes sur des variantes potentiellement dangereuses. »
Les deux nouvelles variantes avec les mutations N440K et E484Q et L452R sont associées à une altération de la réponse anticorps et des réactions immunitaires. Ceux-ci ont été identifiés pour la première fois en Inde. Le laboratoire médical d’Alphabio à Marseille (France), en collaboration avec l’Agence Régionale de Santé PACA, Marseille, a lancé une étude génomique en temps réel des variants circulants du SRAS-CoV-2 basée sur un séquençage du génome entier à haut débit dès le premier Mars 2021.
Le projet vise à caractériser des grappes spécifiques et à identifier de nouvelles variantes émergentes responsables d’une infectivité accrue et / ou d’une fuite immunitaire. Dans cette étude, les chercheurs ont décrit pour la première fois la caractérisation des deux variantes de fuite immunitaire.
Ils ont isolé la première variante d’évasion N440K d’une femme française de 36 ans et de son mari de 37 ans le 16 mars 2021. Tous deux présentaient des symptômes bénins, notamment asthénie et toux, sans facteurs de comorbidité ni de gravité et se rétablissaient. . Ils n’étaient pas vaccinés contre le virus COVID-19 et n’avaient pas d’antécédents de voyage à l’étranger.
Les chercheurs ont isolé la deuxième variante E484Q – L452R d’un Indien de 37 ans de Mumbai, arrivé à Marseille pour embarquer sur un navire en tant que membre d’équipage. Le 19 mars 2021, après avoir développé des symptômes légers, notamment asthénie (faiblesse physique et manque d’énergie) et toux sans comorbidité ni facteurs de gravité, il a été testé positif pour la première fois pour le SRAS-CoV-2. Il a été immédiatement isolé en quarantaine dans un hôtel de la ville.
L’analyse de l’ensemble du séquençage du génome a révélé que celles-ci appartenaient aux lignées B.1.1.420 et B.1.617.1 – ces souches appartiennent respectivement aux Clade 20B et 20A et sont éloignées des autres variantes préoccupantes.
Les chercheurs soulignent qu’une détection précise et opportune de nouvelles variantes susceptibles de présenter une plus grande infectivité ou des symptômes cliniques pires, y compris une fuite immunitaire, sera extrêmement importante pour éviter une aggravation de la pandémie.
« Dans cette étude, la découverte de la première variation N440K isolée en France chez des sujets infectés ne présentant aucun antécédent de voyage récent met en évidence l’importance de surveiller l’impact des nouvelles variantes virales », ont souligné les chercheurs.
Il est notoire que la mutation N440K a été rapportée en Inde comme résistante aux anticorps monoclonaux (mAbs) de classe 3 C135 et REGN10987, en plus d’avoir une affinité de liaison améliorée avec le récepteur ACE2 (enzyme de conversion de l’angiotensine) chez l’homme. Il peut également avoir le potentiel d’un débit de transmission plus élevé.
Bien que l’on ne sache pas encore si la mutation affecte la capacité réplicative du virus, les chercheurs préviennent qu’en tant que nouvelle variante émergente, sa faible prévalence pourrait également s’expliquer par le manque de séquençage dans la population infectée porteuse de cette mutation. Menant ainsi à une sous-estimation de la diffusion de cette variante, ils ont émis l’hypothèse que l’émergence de la variante N440K est le résultat de une évolution intrahôte.
Ce dernier cas de l’identification du génome B.1.617.1 avec la combinaison des deux mutations RBD 135 E484Q ou L452R relevé dans cette étude pose la question du manque de contrôle réel de la mobilité des personnes issues de zones où des variantes préoccupantes circulent.
« Compte tenu de la fuite immunitaire conférée par les mutations N440K, E484Q et L452R, ces nouvelles variantes doivent être étudiées plus avant. »
Malgré les vaccins et les mesures d’atténuation, la pandémie de COVID-19 se poursuit, avec plus de variantes et plus d’infections chaque jour. S’il s’agit d’une variante accélérant la propagation du virus dans les populations humaines, les mesures nécessaires doivent être prises rapidement pour atténuer l’épidémie. Davantage de génomes de coronavirus doivent être séquencés à travers le monde pour identifier avec précision l’émergence de ces mutations et d’autres variantes.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
