Des chercheurs aux États-Unis ont mené une étude suggérant que les personnes entièrement vaccinées contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) qui développent une infection révolutionnaire avec le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) sont moins susceptibles de transmettre le virus à d’autres que les individus infectés non vaccinés.
L’équipe – de la Johns Hopkins School of Medicine et de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health à Baltimore, Maryland – a découvert que l’infection percée chez les individus entièrement vaccinés était associée à une récupération réduite du virus infectieux.
Heba Mostafa et ses collègues ont également découvert qu’une infection révolutionnaire était associée à la présence de la lignée B.1.526 du SRAS-CoV-2 et à la mutation E484K dans la protéine de pointe virale.
Une version pré-imprimée du document de recherche est disponible sur le site medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à une évaluation par les pairs.
Sommaire
En savoir plus sur l’infection percée
Bien que les vaccins COVID-19 actuels se soient avérés très efficaces pour prévenir l’infection par le SRAS-CoV-2 et les maladies graves, des infections révolutionnaires ont toujours été signalées chez des individus entièrement vaccinés.
Au 1er juin 2021, les Centers for Disease Control and Prevention ont signalé que parmi plus de 135 millions de personnes entièrement vaccinées aux États-Unis, 3 016 cas d’infections majeures se sont produits qui ont entraîné une hospitalisation ou le décès.
Cependant, on sait peu de choses sur les facteurs immunitaires en jeu et l’infectiosité des charges virales chez les vaccinés atteints d’une infection percée.
Préoccupations concernant la variante émergente
Actuellement, les données confirment que les vaccins approuvés pour une utilisation d’urgence aux États-Unis sont efficaces contre la plupart des variantes du SRAS-CoV-2 actuellement en circulation.
Cependant, « avec l’augmentation générale de la circulation des variantes préoccupantes, on s’attend à voir un pourcentage élevé d’infections révolutionnaires causées par ces variantes », écrivent Mostafa et l’équipe.
Qu’ont fait les chercheurs ?
Maintenant, l’équipe a fourni une analyse complète des échantillons prélevés sur 133 personnes testées positives pour le SRAS-CoV-2, malgré avoir reçu deux doses du vaccin Pfizer-BioNTech BNT162b2 ou du vaccin Moderna mRNA-1273.
La deuxième dose de vaccin avait été reçue entre janvier et avril 2021. Les échantillons ont été prélevés entre janvier et mai 2021, avec des délais de collecte allant de deux à 100 jours après la deuxième dose.
L’équipe a effectué un séquençage du génome entier pour caractériser les modifications de la protéine de pointe virale et un test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) a été utilisé pour déterminer les seuils de cycle (Ct ; nombre de cycles PCR requis pour détecter le virus).
Les niveaux d’anticorps locaux d’immunoglobuline G (IgG) anti-SRAS-CoV-2 ont été examinés à l’aide d’un dosage immuno-enzymatique (ELISA) et des échantillons nasopharyngés ont été cultivés sur culture cellulaire pour évaluer la récupération du virus infectieux.
Les mêmes tests ont été effectués sur des échantillons d’une cohorte de 124 personnes non vaccinées positives au SRAS-CoV-2 d’une période de temps appariée qui ont servi de groupe témoin.
Qu’est-ce que l’étude a trouvé?
Sur 133 échantillons, 24 ont échoué au séquençage et ont donné une charge virale négative ou très faible. Sur les 109 échantillons qui ont fait l’objet d’une analyse génomique plus poussée, 68 (62,4 %) provenaient de personnes présentant des infections symptomatiques, 11 (10,1 %) provenaient de personnes hospitalisées et deux (1,8 %) provenaient de personnes nécessitant une admission en soins intensifs.
« Nos données montrent que 37,6 % de ces infections percées étaient asymptomatiques et chez les patients symptomatiques, la majorité étaient des cas bénins qui n’ont pas nécessité d’hospitalisation », écrit l’équipe.
La majorité (61%) des infections identifiées appartenaient à la lignée B.1.1.7 (alpha) qui a émergé en Angleterre.
Cependant, des augmentations significatives de la représentation de la lignée New York B.1.526 et du changement d’acide aminé de pointe (S) E484K ont été observées parmi les vaccinés avec une infection percée.
La mutation S: E484K est apparue dans diverses lignées SARS-CoV-2 qui ont déjà montré une sensibilité réduite à la neutralisation par les sérums collectés auprès d’individus vaccinés.
Génomes SARS-CoV-2 de positifs après vaccination complète. A) Lignées et B) Clades de génomes avec une couverture supérieure à 50 % et une profondeur moyenne de 50 (n = 88). C) Une corrélation de la couverture du génome du SRAS-CoV-2 avec les jours de prélèvement des échantillons après la deuxième dose de vaccination. D) Une corrélation entre la couverture du génome du SRAS-CoV-2 et les seuils de cycle du gène N à l’aide du test PerkinElmer SARS-CoV-2. E) Une comparaison entre les lignées de génomes complètement vaccinés (n = 67) et de contrôle (n = 335) avec une couverture ≥ 90 %. F) Spike changements d’acides aminés dans les groupes vaccinés et témoins. * p < 0,05, *** p < 0,005
Récupération négative du virus infectieux corrélée à des niveaux élevés d’IgG chez les vaccinés
Parmi les échantillons des sujets vaccinés, seuls 18,5 % présentaient un effet cytopathique sur la culture cellulaire, contre 64,5 % des échantillons témoins.
De plus, la récupération du virus infectieux à partir des échantillons était plus rapide pour le groupe témoin par rapport au groupe vacciné.
Fait intéressant, une augmentation significative des titres d’IgG anti-SRAS-CoV-2 a été observée dans les échantillons nasaux et nasopharyngés du groupe vacciné, par rapport à ceux du groupe témoin.
« La récupération négative du virus infectieux sur culture cellulaire est corrélée à des niveaux élevés d’IgG dans les échantillons respiratoires », explique l’équipe.
Pour mieux comprendre la contribution des valeurs Ct à la récupération virale sur culture cellulaire, les chercheurs ont concentré l’analyse sur des échantillons avec des valeurs Ct inférieures à 25.
Cela a révélé que malgré une distribution similaire des valeurs de Ct entre les échantillons vaccinés et témoins, la récupération du virus infectieux était significativement atténuée pour les échantillons vaccinés.
« La réduction du virus infectieux dans les échantillons avec des valeurs Ct inférieures à 25 pourrait s’expliquer si les IgG nasales du SRAS-CoV-2 se neutralisent », écrivent Mostafa et ses collègues.
Quelles sont les implications des découvertes ?
Les chercheurs affirment que les résultats indiquent que l’infection chez les individus vaccinés entraîne une charge virale infectieuse réduite par rapport aux individus non vaccinés et que la valeur Ct des individus vaccinés infectés est associée à des charges virales infectieux plus faibles.
Cela peut réduire la probabilité que des personnes vaccinées infectées puissent transmettre le SRAS-CoV-2 à d’autres, ajoutent-ils.
« Cette étude est également la première à montrer l’association significative de S:E484K avec des positifs après une vaccination complète en utilisant une analyse bien contrôlée et une taille d’échantillon relativement importante », explique Mostafa et ses collègues.
« Ces données soulignent l’importance d’une surveillance génomique continue associée à des métadonnées et des collectes de données de laboratoire pour fournir des informations importantes susceptibles d’avoir un impact sur les décisions liées aux doses de rappel ou à la modification des souches vaccinales », concluent-ils.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
