Un nouvel article de recherche a été publié dans Oncocible le 19 juillet 2022, intitulé « Prédire la réponse d’immunothérapie contre le cancer à partir des microbiomes intestinaux à l’aide de modèles d’apprentissage automatique ».
« Au cours de la dernière décennie, l’utilisation de l’immunothérapie anticancéreuse ciblant les inhibiteurs de point de contrôle immunitaire (ICI) pour stimuler la clairance des cellules cancéreuses médiée par les lymphocytes T a considérablement amélioré la survie des patients atteints de cancer. »
L’immunothérapie anticancéreuse a considérablement amélioré la survie des patients. Pourtant, la moitié des patients ne répondent pas à l’immunothérapie. Les microbiomes intestinaux ont été liés à la réactivité clinique des patients atteints de mélanome sous immunothérapies ; cependant, différents taxons ont été associés au statut de réponse avec des taxons impliqués incohérents entre les études.
Dans cette nouvelle étude, par Hai Liang, Jay-Hyun Jo, Zhiwei Zhang, Margaret A. MacGibeny, Jungmin Han, Diana M. Proctor, Monica E. Taylor, You Che, Paul Juneau, Andrea B. Apolo, John A. McCulloch , Diwakar Davar, Hassane M. Zarour, Amiran K. Dzutsev, Isaac Brownell, Giorgio Trinchieri, James L. Gulley et Heidi H. Kong de la National Institutes of Health Library, National Cancer Institute, National Human Genome Research Institute, Virginie-Occidentale University, Zimmerman Associates Inc. et l’Université de Pittsburgh, les chercheurs ont utilisé une approche indépendante des tumeurs pour trouver des caractéristiques communes de réponse du microbiome intestinal chez les patients en immunothérapie atteints de différents cancers à un stade avancé.
« En utilisant l’ensemble de données combiné, nous avons formé et validé des modèles avec des algorithmes d’apprentissage automatique pour prédire les réponses cliniques des patients, suivis d’une validation inter-plateforme de séquençage à l’aide de données de séquençage métagénomique shotgun. »
Une méta-analyse combinée des données de séquençage du gène de l’ARNr 16S provenant d’une cohorte mixte de tumeurs et de trois ensembles de données publiées sur le microbiome intestinal d’immunothérapie provenant de différentes cohortes de patients atteints de mélanome a révélé que certains taxons bactériens intestinaux étaient corrélés à l’état de la réponse d’immunothérapie, quel que soit le type de tumeur.
À l’aide d’une analyse selbal multivariée, les chercheurs ont identifié deux groupes distincts de genres bactériens associés aux répondeurs par rapport aux non-répondeurs. Les modèles statistiques des caractéristiques de la communauté du microbiome intestinal ont montré une précision de prédiction robuste de la réponse immunothérapeutique dans les ensembles de données de séquençage des amplicons et dans la validation de la plate-forme de séquençage croisé avec des ensembles de données métagénomiques shotgun.
Les résultats suggèrent que les caractéristiques de base du microbiome intestinal peuvent être prédictives des résultats cliniques chez les patients en oncologie sous immunothérapies, et certaines de ces caractéristiques peuvent être généralisables à différents types de tumeurs, cohortes de patients et plateformes de séquençage. Les résultats démontrent comment les modèles d’apprentissage automatique peuvent révéler des interactions microbiome-immunothérapie qui peuvent finalement améliorer les résultats des patients atteints de cancer.
« En conclusion, les analyses de notre cohorte et de l’ensemble de données combiné sur le microbiome ont fourni une évaluation solide des microbiomes intestinaux des patients en immunothérapie. Le développement de modèles fiables offre une possibilité supplémentaire de distinguer et de prédire les répondeurs à l’immunothérapie des non-répondeurs. Cependant, les interactions entre les principaux taxons microbiens et l’immunité de l’hôte doivent encore être élucidées. En fin de compte, cette recherche aidera à identifier des biomarqueurs microbiens ou de nouvelles cibles thérapeutiques pour améliorer les résultats de l’immunothérapie et la survie globale des patients atteints de cancer.. »
