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Antibiotiques et 6 autres médicaments liés à un microbiome intestinal perturbé

par Dr Stéphane Cohen
1 novembre 2025
dans Actualités médicales
Temps de lecture : 6 min
Antibiotiques et 6 autres médicaments liés à un microbiome intestinal perturbé

Une nouvelle étude a révélé que plusieurs types de médicaments courants peuvent avoir un impact durable sur la santé intestinale. PersonnesImages/Getty Images
  • Le microbiome intestinal, composé de bactéries, de champignons et de levures, joue un rôle crucial dans la santé humaine.
  • La perturbation du microbiome est associée à de nombreux problèmes de santé chroniques.
  • On sait depuis longtemps que les antibiotiques affectent le microbiome intestinal, tuant les bactéries bénéfiques et pathogènes.
  • Aujourd’hui, une étude a révélé que d’autres médicaments sur ordonnance ont également un impact négatif sur le microbiome et que leurs effets peuvent durer plusieurs années après l’arrêt du traitement.

Une étude récente a révélé que de nombreux médicaments sur ordonnance ont un impact durable sur le microbiome intestinal, qui peut persister plusieurs années.

L'étude, publié dans le journal mSystems de l'American Society for Microbiology, a révélé qu'en plus des antibiotiques, des antidépresseurs, des bêtabloquants, des réducteurs d'acide gastrique et médicaments anti-anxiété, ces substances pourraient continuer à perturber le microbiome longtemps après leur utilisation.

Babak Firoozi, MD, gastro-entérologue certifié au MemorialCare Orange Coast Medical Center à Fountain Valley, en Californie, a salué l'étude, mais a appelé à la prudence lors de l'interprétation des résultats :

« La méthodologie était robuste et liait de manière convaincante les modifications du microbiome intestinal à l'utilisation de médicaments, mais il ne s'agissait pas d'un essai contrôlé. Il y a beaucoup trop de variables qui ne peuvent pas être prises en compte, telles que les facteurs environnementaux, le régime alimentaire, la situation géographique. La découverte la plus surprenante est le nombre de classes de médicaments qui semblent avoir une influence sur le biome intestinal. « 

Sommaire

  • Évaluer les effets de nombreux médicaments
  • Modifications mesurables du microbiome provenant de 7 médicaments
  • Quels médicaments ont eu le plus grand effet ?
  • Comment les médicaments affectent-ils le microbiome intestinal ?
  • Comment minimiser les effets négatifs des médicaments sur ordonnance ?

Évaluer les effets de nombreux médicaments

Les chercheurs a utilisé les données de 2 509 adultes de la cohorte estonienne du microbiome, une composante de la biobanque estonienne — une banque de données de volontaires basée sur la population en Estonie.

Les volontaires, âgés de 23 à 89 ans, ont fourni des échantillons de sang, de joues et de selles. Les chercheurs ont ensuite utilisé séquençage métagénomique par fusil de chasse sur les échantillons de selles pour analyser la composition de leurs microbiomes intestinaux. Un sous-échantillon de la cohorte – 328 personnes – a fourni un deuxième échantillon de selles après une période de suivi médiane de 4,4 ans, que les chercheurs ont également analysé.

Ils ont accédé aux détails de la consommation actuelle et historique de médicaments sur ordonnance des participants à partir de leurs dossiers de santé électroniques.

Au moment du premier échantillon, les participants utilisaient un total de 433 médicaments d'ordonnance différents et, au cours des cinq années précédentes, ils avaient utilisé 507 médicaments différents. Un peu plus du tiers des participants (857 personnes) ne prenaient aucun médicament au moment du premier échantillon, et ceux qui prenaient des médicaments utilisaient en moyenne trois types de médicaments différents.

Les chercheurs n’ont pas évalué les effets des antibiotiques au premier moment, ils ont donc exclu toute personne ayant pris des antibiotiques dans les 90 jours suivant le premier échantillon, mais le deuxième échantillon a été évalué pour les effets des antibiotiques.

Modifications mesurables du microbiome provenant de 7 médicaments

Au total, les chercheurs ont analysé les effets de 186 médicaments. Parmi ceux-ci, 167 ont affecté le microbiome d’une manière ou d’une autre et 78 ont montré des effets à long terme sur la composition du microbiome.

Des changements mesurables dans le microbiome ont été observés chez les personnes ayant pris les médicaments suivants :

  • Antibiotiques – médicaments qui traitent les infections bactériennes en tuant les bactéries ou en les empêchant de se multiplier
  • Antidépresseurs – ils augmentent les neurotransmetteurs dans le cerveau pour soulager les symptômes de la dépression
  • Antipsychotiques – médicaments qui traitent la psychose associée à certains problèmes de santé mentale, comme la schizophrénie et le trouble bipolaire
  • Bêta-bloquants : médicaments utilisés pour traiter les symptômes cardiovasculaires, tels que l'angine de poitrine et l'hypertension artérielle.
  • Biguanides — metformine, utilisée pour traiter le diabète de type 2
  • Inhibiteurs de la pompe à protons (IPP), qui réduisent l'acide gastrique pour traiter le reflux acide, les brûlures d'estomac et les ulcères d'estomac
  • Les benzodiazépines, prescrites pour traiter l'anxiété et les troubles du sommeil.

Quels médicaments ont eu le plus grand effet ?

Outre les antibiotiques, les bêtabloquants, les dérivés des benzodiazépines, les glucocorticoïdes, les IPP, les biguanides et les antidépresseurs ont tous eu des effets sur le microbiome observés plusieurs années après la prise précédente de médicaments.

Les chercheurs ont découvert que plus les gens prenaient leurs médicaments longtemps et plus ils en prenaient, plus l’effet sur le microbiome était important. Plusieurs médicaments semblaient interagir et avoir un impact plus important sur le microbiome, mais pour les médicaments individuels, ce sont les benzodiazépines qui semblaient avoir le plus grand impact négatif.

Dans leur article, les auteurs prévenaient :

« Étant donné que les médicaments destinés aux humains sont souvent pris de manière continue tout au long de la vie, et non sur de courtes périodes, comme c'est le cas des antibiotiques, les effets physiologiques peuvent être encore plus profonds. »

« Nos résultats soulignent que même la consommation antérieure de médicaments peut laisser une empreinte durable. Dans le même temps, nous avons constaté que même au sein d'une même classe de médicaments, des médicaments individuels peuvent affecter le microbiome de manières très différentes. Si deux médicaments fonctionnent aussi bien, les médecins peuvent opter pour celui qui a le plus petit impact sur le microbiome intestinal. « 
— Elin Οrg, PhD, co-auteur de l'étude, responsable du groupe de recherche sur le microbiome de l'Université de Tartu

Même au sein des classes de médicaments, les médicaments ont des effets différents. Pour les benzodiazépines, qui sont des anxiolytiques couramment prescrits, l'alprazolam, vendu sous le nom de Xanax, s'est avéré avoir un impact beaucoup plus large sur le microbiome que le diazépam (Valium).

« La différence constatée dans les effets sur le microbiome de l'alprazolam par rapport au diazépam pourrait être un élément précieux pour les décisions thérapeutiques futures et mériterait une enquête plus approfondie », ont noté les auteurs.

Comment les médicaments affectent-ils le microbiome intestinal ?

Depuis le microbiote intestinal (ou microbiote) a été découvert au début des années 1900, il est devenu de plus en plus évident que les quelque 100 000 milliards de bactéries, champignons et levures qui vivent dans l’intestin humain jouent un rôle clé dans la santé et la maladie.

Un microbiome sain est une communauté stable avec une grande diversité de micro-organismes et une grande richesse génétique microbienne qui vit en équilibre avec son hôte humain. Cependant, des facteurs tels que l’alimentation, les antibiotiques et l’âge peuvent modifier le microbiome intestinal, ce qui a souvent des effets néfastes sur la santé.

La perturbation du microbiome, ou dysbiose, est liée à des maladies telles que les maladies inflammatoires de l'intestin (MII), l'obésité, les troubles allergiques et l'asthme, le diabète de type 2, les maladies cardiovasculaires et les maladies auto-immunes.

Les antibiotiques, en particulier les antibiotiques à large spectre, tuent les bactéries bénéfiques présentes dans l'intestin ainsi que les bactéries qu'ils sont censés détruire pour éliminer les infections.

Cependant, d’autres médicaments agissent de différentes manières, comme l’explique Firoozi :

« Au sens large, les médicaments tels que les antidépresseurs, les bêtabloquants et les benzodiazépines peuvent affecter la motilité intestinale, ce qui à son tour a probablement un effet sur les bactéries intestinales en ralentissant leur transit dans le tractus intestinal. Les inhibiteurs de la pompe à protons sont depuis longtemps associés à un effet sur le microbiote intestinal, principalement en éliminant une défense clé contre la croissance bactérienne, à savoir l'acide gastrique. »

Il a suggéré que les benzodiazépines pourraient également avoir un impact sur le microbiome intestinal d'une personne en modifiant ses habitudes alimentaires, et que l'alimentation est étroitement liée à la santé du microbiome.

Comment minimiser les effets négatifs des médicaments sur ordonnance ?

Tout en soulignant que les gens doivent suivre les instructions de leur médecin, Firoozi recommande de prendre les médicaments uniquement tels que prescrits et aussi longtemps que nécessaire.

« En particulier avec les benzodiazépines, l'utilisation à long terme doit être fortement déconseillée, car elle conduit facilement à une dépendance et est liée au déclin cognitif. Pour les médicaments IPP, la nécessité de continuer le traitement doit être discutée au moins tous les 2 mois, en s'efforçant d'essayer de sevrer du médicament », a-t-il conseillé.

Il a également recommandé de suivre un régime riche en fibres et faible en gras, de minimiser les viandes rouges et transformées, de manger moins d'aliments transformés et de faire de l'exercice régulièrement pour favoriser la santé intestinale globale.

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Dr Stéphane Cohen

Dr Stéphane Cohen

Le Dr Cohen écrit depuis 30 ans et est un expert de renommée mondiale dans le domaine de la médecine et du bien-être. Conférencier acclamé, le Dr Stéphane Cohen a donné plus de 100 conférences en Europe ainsi que de nombreuses conférences à l'étranger à divers publics, y compris aux États-Unis.

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