Aucune séquence virale unique trouvée dans le syndrome multisystémique inflammatoire pédiatrique associée temporairement au SRAS-CoV-2

Contrairement aux hypothèses précédentes, des chercheurs de l'University College London et du Great Ormond Street Hospital for Children NHS Foundation Trust n'ont trouvé aucune preuve de séquences virales uniques de patients atteints du syndrome multisystémique inflammatoire pédiatrique associé temporairement au SARS-CoV-2 (PIMS-TS). Leur étude est publiée sur le medRxiv * serveur de préimpression.

Novel Coronavirus SARS-CoV-2 Micrographie électronique à balayage colorisée d'une cellule fortement infectée par des particules de virus SARS-CoV-2 (jaune), isolée d'un échantillon de patient. La zone noire de l'image est l'espace extracellulaire entre les cellules. Image capturée au NIAID Integrated Research Facility (IRF) à Fort Detrick, Maryland. Crédits: NIAID

Depuis l'émergence des premiers cas en décembre 2019, la propagation du syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) a rapidement entraîné une pandémie de coronavirus (COVID-19). Aujourd'hui, nous connaissons bien un large éventail de présentations du SRAS-CoV-2, qui comprennent des manifestations atypiques et des conditions mimétiques possibles.

Bien que constituant une menace importante pour la population âgée, les maladies graves et les décès dus au SRAS-CoV-2 sont rares chez les enfants. Néanmoins, un petit nombre d'enfants souffrant d'inflammation et de choc multisystémiques ont été signalés – soit après un test positif pour le SRAS-CoV-2, soit simplement en confirmant des liens épidémiologiques.

Ce nouveau syndrome a été nommé syndrome multisystémique inflammatoire pédiatrique temporairement associé au SRAS-CoV-2 (PIMS-TS) et partage des caractéristiques avec d'autres affections inflammatoires pédiatriques, notamment la maladie de Kawasaki, la septicémie bactérienne, le syndrome de choc toxique et le syndrome d'activation des macrophages.

Dans une récente série de cas publiée par la principale revue JAMA, les enfants hospitalisés qui répondaient aux critères du PIMS-TS présentaient un large éventail de signes / symptômes et de catégories de gravité de la maladie – allant de la fièvre et de l'inflammation aux lésions myocardiques, aux anévrismes des artères coronaires et au choc. Mais la question demeure: quelle en est la cause?

La pathogenèse de PIMS-TS

La pathogenèse exacte de PIMS-TS est jusqu'à présent insaisissable. Pourtant, il a été proposé qu'une partie de la protéine de pointe virale SARS-CoV-2, qui est essentielle pour la liaison aux cellules, puisse ressembler à un super-antigène (c'est-à-dire une protéine qui utilise un mécanisme efficace de stimulation des lymphocytes T) et conduire ensuite le développement de PIMS-TS.

Plus spécifiquement, des résidus polymorphes dans la protéine de pointe (y compris A831V et D839Y / N / E2) qui peuvent améliorer l'affinité de liaison au récepteur des lymphocytes T ont été observés dans des lignées circulant en Europe et en Amérique du Nord, où se trouve la plupart des PIMS-TS des cas ont été décrits.

De plus, le polymorphisme de la protéine de pointe 614G peut être lié à la transmission virale accrue et à la biologie modifiée du SRAS-CoV-2. Dans le même temps, certaines études ont montré que l'entrée cellulaire de ces types viraux peut se dérouler de manière beaucoup plus fluide.

Afin de trouver des preuves potentielles de séquences uniques associées aux virus de patients PIMS-TS, les chercheurs de l'University College London et du Great Ormond Street Hospital for Children NHS Foundation Trust ont décidé d'analyser les séquences virales de patients pédiatriques COVID-19.

Séquençage de nouvelle génération et comparaison avec le génome de référence

Pour examiner si la variation de la séquence du SRAS-CoV-2 pourrait contribuer de façon significative à la pathogenèse du PIMS-TS, ce groupe de recherche a séquencé des isolats viraux d'enfants hospitalisés pour COVID-19 à Londres entre fin mars et mi-mai 2020.

Sur un total de 61 enfants hospitalisés avec COVID-19, 36 ont reçu un diagnostic de PIMS-TS. Dans ce dernier groupe, 11 enfants étaient positifs pour l'ARN viral du SRAS-CoV-2. Des séquences de génome viral complètes ont été obtenues de 5 enfants avec PIMS-TS et 8 enfants sans syndrome en utilisant le séquençage Illumina, qui est largement adopté dans la technologie de séquençage de nouvelle génération.

La qualité des lectures obtenues a été vérifiée et ensuite mise en correspondance avec le génome de référence SARS-COV-2 de GenBank (c'est-à-dire une collection en libre accès de toutes les séquences nucléotidiques accessibles au public). Les chercheurs ont également construit une phylogénie de probabilité maximale de ces séquences, mais aussi 130 séquences SARS-CoV-2 générées à partir de cas communautaires à travers le nord de Londres.

Représentant d'un SARS-CoV-2 circulant localement

« En utilisant le génome de référence (NC_045512), nous n'avons observé aucun polymorphisme nucléotidique unique (SNP) propre au PIMS-TS ou aux autres cas infantiles et aucune différence dans la distribution des polymorphismes nucléotidiques uniques entre PIMS-TS, non-PIMS-TS et cas communautaires « , disent les auteurs de l'étude.

Plus précisément, tous les cas infantiles étaient caractérisés par des mutations A831 et D839, de même que tous les échantillons circulant localement. De plus, la majorité de tous les virus séquencés étaient positifs au 614G.

« Il n'y avait pas de regroupement de séquences virales de patients PIMS-TS ou de patients non-PIMS-TS par rapport à d'autres séquences locales », expliquent les auteurs de l'étude. medRxiv papier.

En un mot, les données globales suggèrent que les virus causant PIMS-TS dans cette cohorte d'enfants sont en effet représentatifs des souches SARS-CoV-2 circulant localement. En d'autres termes, aucune preuve d'une association de PIMS-TS avec des polymorphismes de séquence nouveaux ou inhabituels n'a été trouvée.

Par conséquent, d'autres études sont certainement justifiées pour toute conclusion ferme; dans l'intervalle, un suivi à long terme sera essentiel et une vigilance cardiaque sera nécessaire dans les cohortes de patients pédiatriques, jusqu'à ce que cette condition soit mieux comprise.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.