Aventa Genomics et l’avenir des tests génomiques

Dans cette interview, Chris Roberts d’Aventa Genomics met en avant le test révolutionnaire Aventa FusionPlus, détaillant sa capacité supérieure à détecter les fusions de gènes dans le diagnostic du cancer et son rôle central dans l’avancement des traitements oncologiques personnalisés.

Pourriez-vous nous donner un bref aperçu d’Aventa Genomics, y compris sa vision fondatrice et sa mission principale dans le domaine de la génomique ?

De nombreux patients atteints de cancer subissent des tests visant à identifier des variantes génomiques pouvant être ciblées par des médicaments anticancéreux personnalisés. Malheureusement, les tests traditionnels de nouvelle génération basés sur le séquençage et les tests FISH négligent souvent les fusions et les réarrangements génétiques présents dans le cancer qui peuvent a) résoudre des dilemmes diagnostiques ou b) être ciblés par des thérapies disponibles sur le marché ou dans le cadre d’essais cliniques. Aventa Genomics a été fondée pour développer et commercialiser des tests basés sur la génomique 3D afin d’améliorer les méthodes conventionnelles.

Aventa Genomics est une coentreprise entre Arima Genomics et Protean BioDiagnostics. Quelles synergies entre ces deux sociétés ont conduit à la création d’Aventa Genomics, et comment ces synergies stimulent-elles l’innovation et la recherche de l’entreprise ?

Les deux sociétés ont des compétences complémentaires. Arima Genomics est fondamentalement une entreprise technologique et Protean BioDiagnostics est une société de tests en laboratoire clinique.

Comment Aventa Genomics vise-t-elle à transformer les soins aux patients en oncologie ? Quelles lacunes spécifiques du système de santé actuel Aventa comble-t-elle avec ses technologies ?

Aventa Genomics a commercialisé le test Aventa FusionPlus, qui permet à tout oncologue ou pathologiste, que ce soit dans un centre de cancérologie hautement spécialisé ou dans un hôpital communautaire, d’offrir aux patients l’accès à un test génomique capable d’identifier les fusions de gènes et autres réarrangements qui pourraient manquer tests NGS et FISH conventionnels.

Aventa FusionPlus est un test à l’échelle du génome et des filtres bioinformatiques pour signaler les variantes de 361 gènes potentiellement exploitables dans les tumeurs solides.

Pouvez-vous décrire en quoi le test Aventa FusionPlus diffère des méthodes traditionnelles de séquençage de gènes telles que le séquençage FISH et ARN, en particulier dans son approche de détection des fusions, translocations et réarrangements de gènes ?

Les méthodes de séquençage d’ARN et FISH peuvent être utilisées pour la détection des fusions et des réarrangements de gènes, mais chaque méthode a ses limites. Le séquençage de l’ARN se limite à l’identification des fusions et des réarrangements de gènes qui produisent une transcription de fusion. Cependant, dans de nombreux cas, le point d’arrêt d’une variante potentiellement exploitable se trouve dans une région non codante et, par conséquent, aucune transcription de fusion n’est produite. Une autre limite de l’ARN, en tant que molécule, est qu’il est labile et souvent dégradé dans les échantillons cliniques, ce qui peut entraîner une quantité insuffisante pour le séquençage.

Les tests FISH n’identifient généralement qu’un seul réarrangement génétique à la fois, et il n’est pas pratique, du point de vue de la disponibilité des tissus, ni économique, d’effectuer plus de trois ou quatre tests FISH sur un seul échantillon.

D’après notre expérience, lorsque le séquençage d’ARN ou FISH détecte une fusion ou un réarrangement génétique, nous le trouvons également. La puissance du test Aventa réside dans le fait qu’il identifie également les fusions et réarrangements de gènes que le séquençage de l’ARN ou le FISH n’ont pas ou ne peuvent pas détecter.

Le test Aventa FusionPlus utilise la technologie génomique 3D. Pourriez-vous expliquer l’importance de préserver la proximité spatiale des gènes fusionnés et réarrangés et comment cela contribue à l’amplification du signal de 100 à 1 000 fois dans la détection des variantes génétiques ?

Le test Aventa FusionPlus fonctionne en réticulant d’abord l’ADN dans des noyaux intacts, puis partout où deux brins d’ADN se trouvent à proximité l’un de l’autre, en les ligaturant ensemble, créant ainsi une molécule contenant l’ADN de chacun des deux brins. Lorsque deux gènes sont réorganisés, nous voyons des centaines, voire des milliers de points de contact où les gènes sont très proches dans l’espace. Contrairement aux méthodes de séquençage conventionnelles, qui voient uniquement le point d’arrêt, nous voyons le point d’arrêt ainsi que ces signaux informatifs supplémentaires qui permettent d’identifier une fusion.

Dans des échantillons de tumeurs précédemment caractérisés sans pilote exploitable connu, le test Aventa FusionPlus a détecté des variantes potentiellement exploitables dans la moitié des cas. Comment cette augmentation du rendement diagnostique se traduit-elle en bénéfices cliniques pour les patients ?

Les patients dont les résultats des tests indiquent des variantes potentiellement exploitables peuvent accéder à des thérapies ciblées ou être inscrits à des essais cliniques que leurs oncologues n’auraient peut-être pas pu identifier sans ces tests.

Comment le test Aventa FusionPlus améliore-t-il les limites des méthodes de tests génomiques existantes ? Existe-t-il des types spécifiques de cancers ou des stades où ce test est particulièrement bénéfique ?

Les médecins utilisent le test Aventa FusionPlus pour a) résoudre les dilemmes diagnostiques dans les cancers induits par la translocation comme le sarcome et b) identifier les fusions ciblables dans des gènes comme NTRK et ALK. La majorité des cas que nous voyons sont des cancers avancés.

Quel sera selon vous le rôle futur de la génomique 3D dans le diagnostic des patients et la sélection thérapeutique ?

Nous espérons que les tests génomiques 3D feront partie intégrante du bilan de santé standard des patients atteints de cancers avancés.

Dans quelle mesure le test Aventa FusionPlus est-il accessible aux médecins et aux patients ? Y a-t-il des limitations géographiques ou logistiques dans sa disponibilité ?

Les oncologues et les pathologistes peuvent commander le test Aventa FusionPlus. Nous cherchons à obtenir un remboursement aux États-Unis via Medicare et les assurances commerciales, à l’instar d’autres tests de cancer génomiques. Les formulaires de demande de test sont disponibles sur www.aventagenomics.com.

Comment voyez-vous le test Aventa FusionPlus contribuer au domaine de la médecine personnalisée et améliorer les résultats pour les patients ?

Nous pensons que le test permettra d’identifier de nouveaux biomarqueurs de réponse, ainsi que de résistance, aux produits thérapeutiques disponibles sur le marché. Nous considérons également ce test comme un mécanisme permettant d’accélérer le recrutement pour les essais cliniques en raison du rendement diagnostique supplémentaire des fusions et des réarrangements de gènes.

Quels sont les objectifs futurs d’Aventa Genomics et pouvons-nous nous attendre à de nouveaux tests ou technologies dans un avenir proche ?

Le test Aventa FusionPlus est indiqué pour les tumeurs solides. Nous sommes en train de développer un test pour les hémopathies malignes.

Où les lecteurs peuvent-ils trouver plus d’informations ?

À propos de Chris Roberts

Chris Roberts est le directeur exécutif d’Aventa Genomics, où il est responsable de la gestion de l’organisation. Il est également vice-président directeur de la stratégie d’entreprise pour Arima Genomics, qui est l’une des sociétés mères d’Aventa Genomics (avec Protean BioDiagnostics).

Avant ce poste, Chris a occupé des postes de direction chez Decipher Biosciences (acquis par Veracyte), HTG Molecular, Caris Life Sciences et Ventana Medical Systems (acquis par Roche).