La variante delta du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est diversifiée, avec plus de 120 sous-lignées au sein des lignées Pango. Avec plus de 157 millions de doses du vaccin anti-SRAS-CoV-2 administrées et environ 124 millions de personnes entièrement vaccinées, le Brésil est l’un des pays les plus vaccinés au monde.
Étude : la surveillance génomique du SARS-CoV-2 dans l’État de São Paulo dévoile de nouvelles sous-lignées de la souche AY.43. Crédit d’image : PHOTOCREO Michal Bednarek/Shutterstock
Ce taux de vaccination élevé peut également aider à la sélection de nouvelles lignées et sous-lignées SARS-CoV-2 en raison de l’accumulation de mutations virales qui conduisent à une aptitude virale. Bien que la variante gamma préexistante préoccupante (VOC) ait été entièrement remplacée par le delta VOC au Brésil, aucune croissance exponentielle des nouvelles infections n’a été observée, probablement en raison du bon taux de vaccination.
L’étude
Dans une étude publiée dans le medRxiv* serveur de préimpression, les auteurs ont caractérisé les deux nouvelles sous-lignées AY.43 de la variante delta du SRAS-CoV-2 d’origine brésilienne probable. Cela a été attribué au regroupement spécifique observé et au profil de mutation spécifique dans l’arbre phylogénétique généré par Nextstrain. Les données de séquence brutes ont été soumises à une analyse de contrôle qualité à l’aide du logiciel FastaQC et rognées à l’aide de Trimmomatic pour sélectionner les séquences de meilleure qualité. Les séquences découpées ont été mappées par rapport à la référence SARS-CoV-2 à l’aide du logiciel BWA et de samtools pour la lecture de l’indexation.
Pilon a été utilisé pour affiner les fichiers mappés et obtenir les indels et les insertions corrects et bcftools ont été utilisés pour l’appel de variantes et seqtk pour assembler les génomes consensus du SARS-CoV-2. La phylogénie des sous-lignées hypothétiques AY.43 a été reconstruite à l’aide de 1 616 séquences SARS-CoV-2 générées à partir du réseau Butantan pour l’alerte pandémique des variantes du SARS-CoV-2.
Les auteurs ont trouvé AY.43.1 et AY.43.2 comme les deux nouvelles sous-lignées brésiliennes appartenant à la lignée AY.43. Les deux nouvelles sous-lignées ont été définies par les mutations non synonymes caractéristiques suivantes -ORF1ab:A4133V et ORF3a:T14I pour AY.43.1 et ORF1ab:G1155C pour AY.43.2. La majorité des séquences analysées des deux lignées provenaient de la ville de São Paulo.
Discussion
L’étude a montré l’importance cruciale de la surveillance génomique du SARS-CoV-2 pour identifier les lignées émergentes. Ces lignées émergentes du SRAS-CoV-2 peuvent avoir un impact significatif sur les systèmes de santé publique en raison d’une infectiosité et d’une transmission accrues. La mutation T14I dans l’ORF3a montre des effets délétères sur les protéines virales. Une mutation non synonyme dans une protéine conservée ORF3a, impliquée dans la réplication et la libération virale, peut affecter les fonctions virales en plus de la constellation mutationnelle définie pour la variante SARS-CoV-2 Delta.
D’autres études pourraient explorer la raison de la diffusion des deux sous-lignées dans l’État de São Paulo et au Brésil et leur impact potentiel sur le processus de vaccination en cours. En conclusion, la surveillance moléculaire des variants du SARS-CoV-2 joue un rôle important dans la caractérisation rapide du virus et l’accumulation de mutations pouvant altérer les fonctions virales en termes d’infectiosité et de transmissibilité et aider à mettre en place des stratégies pour prévenir leur dissémination.
En conclusion, nous montrons que la surveillance du génome du SARS-CoV-2 est cruciale pour la caractérisation rapide des nouvelles lignées et sous-lignées du SARS-CoV-2. »
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
