La Clinical Genome Resource (ClinGen), une ressource financée par les National Institutes of Health (NIH) qui vise à définir la pertinence clinique des gènes et des variantes, a publié des données sur plus de 2 700 gènes sélectionnés pour leur pertinence pour les maladies génétiques, notamment le cancer, les maladies cardiovasculaires. maladies et troubles du développement neurologique. Une nouvelle publication dans la revue La génétique en médecineun journal officiel de l'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG), décrit les méthodes de conservation génomique et le développement de logiciels et d'infrastructures nécessaires pour soutenir le consortium mondial ClinGen capable d'effectuer une conservation fondée sur des preuves à grande échelle.
Le consortium ClinGen, créé pour la première fois en 2013 par l'Institut national de recherche sur le génome humain, compte désormais plus de 2 500 membres experts représentant 69 pays et territoires. Ces experts forment plus de 100 panels spécifiques à une maladie qui travaillent à identifier quels gènes sont valablement impliqués dans la maladie, quelles variantes de ces gènes sont à l'origine de la maladie et quand des actions médicales sont indiquées. L'objectif du consortium est de normaliser l'évaluation et la conservation des informations génomiques destinées à être utilisées dans la pratique médicale et la recherche.
Les résultats de ces efforts sont accessibles au public sur www.clinicalgenome.org, toutes les variantes conservées sont également partagées dans la base de données ClinVar et le référentiel de preuves ClinGen, et tous les gènes conservés sont partagés avec la base de données GenCC. Comme décrit dans l'article, en janvier 2024, les experts de ClinGen ont identifié et validé 2 420 relations gène-maladie, 1 557 gènes pour la sensibilité au dosage et les évaluations de l'actionnabilité pour 447 paires gène-condition dans les milieux pédiatriques et adultes. De plus, les chercheurs ont classé 5 161 variantes pathogènes uniques, et ces chiffres continuent de croître.
La ressource ClinGen crée une plate-forme robuste et en libre accès pour prendre en charge l'interprétation génomique dans les cliniques et les laboratoires de recherche du monde entier. Les connaissances génomiques produites par notre consortium peuvent être utilisées pour créer des panels de tests génétiques fondés sur des preuves, résoudre les divergences dans la classification des variantes et guider la divulgation des résultats génomiques aux patients.
Dr Sharon Plon, auteur correspondant, co-chercheur principal du projet Baylor ClinGen et professeur de génétique moléculaire et humaine et de pédiatrie – hématologie et oncologie à Baylor
Les travaux de Baylor se concentrent sur le développement d'une infrastructure logicielle et d'approches informatiques pour permettre aux chercheurs d'intensifier les travaux en cours, d'augmenter le nombre de gènes dans la ressource et de faciliter l'intégration dans la prestation des soins de santé. Baylor dirige également des recherches sur les gènes des maladies héréditaires du cancer.
« L'équipe d'ingénierie logicielle du Baylor Bioinformatics Research Laboratory a développé une infrastructure informatique clé pour le projet, notamment le registre des allèles Clingen, le registre des spécifications des critères et le hub de données lié. Ces microservices centrés sur l'interface de programmation d'applications innovent dans le développement de logiciels universitaires et rendre les connaissances ClinGen trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables », a déclaré le Dr Aleksandar Milosavljevic, co-chercheur principal du projet Baylor ClinGen, directeur du laboratoire de recherche en bioinformatique et professeur Henry et Emma Meyer en génétique moléculaire à Baylor.
Plon est titulaire de la chaire Dan L Duncan Comprehensive Cancer Center à Baylor. Elle est également co-responsable du programme de lutte contre le cancer pédiatrique au Duncan Cancer Center et directrice du programme de génétique et de génomique du cancer au Texas Children's Hospital. Milosavljevic est directeur du programme de biosciences quantitatives et computationnelles, codirecteur du centre de recherche biomédicale computationnelle et intégrative et membre du Dan L Duncan Comprehensive Cancer Center de Baylor.
Ce travail est principalement soutenu par l’Institut national de recherche sur le génome humain et l’Institut national du cancer (U24HG006834 et U24HG009650 et U24HG009649) et par le programme de recherche intra-muros du NIH.
