En découvrant les maladies génétiques qui altèrent la vie avant l’apparition des symptômes, le dépistage génomique pourrait redéfinir les soins aux nouveau-nés si les systèmes de santé parviennent à faire évoluer la technologie de manière responsable.
Étude : Faisabilité, acceptabilité et résultats cliniques de l’étude de dépistage génomique néonatal BabyScreen+. Crédit d'image : Sergueï Drozd/Shutterstock
Dans un article récent de la revue Médecine naturelleles chercheurs ont étudié la faisabilité d'incorporer WGS dans NBS pour 1 000 nourrissons australiens. Alors que le dépistage standard identifiait biochimiquement l'hypothyroïdie chez un nourrisson, l'incorporation du WGS a clarifié la cause génétique dans ce cas et a augmenté ce nombre à 16 résultats à haut risque, permettant aux parents et aux prestataires de soins de santé de modifier les soins en conséquence. Les parents ont également trouvé la procédure acceptable et ne semblent pas regretter d'avoir consenti au dépistage.
Sommaire
Arrière-plan
NBS constitue depuis longtemps une intervention de santé publique efficace, permettant la détection et le traitement précoces de maladies rares et graves. Cependant, le NBS traditionnel repose sur des marqueurs biochimiques, qui limitent l’éventail des troubles détectables et sont souvent en retard sur les progrès de la médecine de précision.
Les capacités croissantes du séquençage génomique offrent le potentiel d’étendre considérablement le NBS en identifiant des centaines de conditions génétiques, y compris celles sans indicateurs biochimiques, et de permettre la réutilisation des données tout au long de la vie à des fins de diagnostic et de recherche.
Malgré ses promesses, le dépistage génomique néonatal (gNBS) soulève plusieurs défis de mise en œuvre, tels que la détermination des conditions à inclure, comment et quand obtenir le consentement, la méthode de test optimale et la manière de gérer les implications pour le système de santé. À l’échelle internationale, peu d’études prospectives ont fourni des preuves concrètes pour orienter les politiques.
Des programmes récemment lancés tels que GUARDIAN (États-Unis) et BabyDetect (Belgique) explorent la faisabilité à grande échelle. À Victoria, en Australie, l'étude BabyScreen+ a été conçue pour combler les principales lacunes dans les connaissances en testant l'aspect pratique, la valeur clinique et l'impact psychosocial de l'offre de dépistage néonatal basé sur le WGS pour 605 gènes liés à des maladies génétiques précoces et traitables dans un établissement de santé publique, parallèlement au NBS biochimique standard.
À propos de l'étude
L'étude BabyScreen+ était un projet de cohorte prospectif mené à Victoria, en Australie, pour tester la faisabilité et l'acceptabilité parentale du gNBS à l'aide du WGS. Les chercheurs ont recruté 1 000 nouveau-nés dont les parents ont donné leur consentement éclairé pour le dépistage standard et génomique. Le recrutement a eu lieu en fin de grossesse ou dans les deux semaines suivant la naissance dans les hôpitaux publics et privés. Les informations ont été fournies via des professionnels de la santé, les réseaux sociaux et un outil numérique d’aide à la décision.
Le matériel génétique a été extrait de gouttes de sang séché (DBS) après la norme NBS (NBS standard), et séquençage à une profondeur de couverture moyenne de 30×. Les données ont été analysées en se concentrant sur 605 gènes liés à des troubles précoces et traitables. Seules les variantes pathogènes ou probablement pathogènes compatibles avec les modèles de transmission ont été signalées ; les variantes porteuses ou incertaines ont été exclues. Les résultats ont été classés comme à haute chance ou à faible chance, en utilisant des critères stricts pour éviter les faux positifs, avec un conseil génétique fourni pour les premiers.
Surtout, le retraitement des échantillons de DBS a été entrepris lorsque cela était nécessaire, une étape qui a permis d'éviter deux diagnostics manqués, dont un trouble immunitaire UNC13D potentiellement mortel. Les parents ont également répondu à des enquêtes et à des entretiens facultatifs pour évaluer leurs attitudes, leur anxiété et leurs regrets décisionnels. Les données quantitatives ont été analysées à l'aide de méthodes statistiques standards, tandis que les entretiens qualitatifs ont été codés et analysés thématiquement.
Principales conclusions
Sur 1 288 parents ayant exprimé leur intérêt, 1 000 nouveau-nés ont été inscrits à l’étude, avec une participation légèrement plus élevée parmi les parents plus âgés, urbains et bien instruits. Le recrutement par l'intermédiaire de professionnels de santé a donné les meilleurs taux de réussite, tandis que les médias sociaux se sont révélés une méthode complémentaire utile.
Le séquençage à partir des cartes DBS s'est avéré réalisable : bien que 3,2 % des échantillons aient dû être retraités en raison de problèmes liés aux échantillons, les améliorations procédurales ont porté le rapport à temps à 81 % en réduisant les échecs de séquençage. Les auteurs ont souligné que le choix de ne pas retraiter aurait entraîné l’absence de résultats exploitables, soulignant la nécessité d’une manipulation rigoureuse des échantillons dans le gNBS.
Sur les 1 000 nouveau-nés testés, 16 (1,6 %) présentaient des résultats génétiques à haut risque, tous confirmés par des tests de suivi. Ces résultats ont conduit à diverses actions cliniques, depuis les soins préventifs et la surveillance jusqu'aux interventions thérapeutiques immédiates, telles que la gestion du risque métabolique pendant une intervention chirurgicale ou une transplantation précoce de moelle osseuse pour des troubles immunitaires.
Il est important de noter que le NBS standard n’a détecté qu’un seul de ces 16 cas, soulignant la valeur ajoutée du dépistage génomique. Les tests effectués sur les membres de la famille ont identifié 20 diagnostics supplémentaires grâce aux tests en cascade, élargissant ainsi les bénéfices cliniques au-delà des nouveau-nés.
Les commentaires des parents ont indiqué une grande satisfaction : la plupart des parents ont trouvé la prise de décision facile, ont signalé peu d'anxiété et de regret, avec un score médian de regret de décision de 0, et ont fortement soutenu l'expansion du gNBS. Plus de 99 % pensent qu’il devrait être accessible à toutes les familles et 97 % soutiennent un financement public, démontrant une large acceptation et la faisabilité de l’intégration du dépistage génomique dans les soins de routine du nouveau-né.
Conclusions
L'étude BabyScreen+ a démontré que le gNBS peut identifier efficacement un plus large éventail de maladies infantiles graves et traitables que le stdNBS, en détectant 1,6 % des nourrissons présentant des variantes génétiques exploitables. Le programme s'est avéré réalisable et acceptable, intégrant le séquençage génomique dans les systèmes de santé existants avec un retour rapide des résultats et un minimum de perturbations. Les parents ont massivement soutenu le gNBS, montrant peu d’anxiété et de regret décisionnel.
Les points forts de l'étude comprennent son séquençage cliniquement accrédité, l'utilisation du DBS, une automatisation efficace et une évaluation multidisciplinaire, qui contribuent toutes à des résultats fiables et opportuns. Cependant, les auteurs ont noté que plus de la moitié des cas nécessitaient encore un examen manuel par des experts, ce qui signifie que le flux de travail actuel n'est pas encore entièrement évolutif et nécessitera une automatisation plus poussée sans compromettre la précision.
Les limites comprenaient la petite taille de la cohorte, la courte durée de l'étude et la surreprésentation des participants très instruits, ce qui peut limiter la généralisabilité. L'extension du programme à l'échelle nationale nécessiterait des investissements importants dans les infrastructures et la main-d'œuvre, ainsi qu'une évaluation de l'équité et de l'accès au sein de diverses populations.
Dans l’ensemble, BabyScreen+ fournit des preuves solides que le gNBS est réalisable, acceptable et cliniquement utile, mais d’autres études à grande échelle et à long terme sont nécessaires pour évaluer l’équité, la rentabilité et la durabilité.
