*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont évalué l’impact de la convergence évolutive des séquences de pointe de la lignée A du coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère (Clade 19B) sur la réplication virale de la lignée B.
En février 2023, la transmission mondiale de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a entraîné plus de 2000 nouvelles affectations phylogénétiques de lignées d’épidémies mondiales nommées (PANGO) et 30 clades Nextstrain distincts. Un minimum de deux événements zoonotiques a très probablement déclenché la division en deux lignées virales racinaires qui étaient prédominantes au cours des trois premiers mois de la pandémie – les lignées B les plus éloignées mais reconnues plus tôt (Clade 19A) ainsi que les lignées plus étroitement associées mais plus tardives. trouvé des lignées A (Clade 19B) (Clade 19B). Bien qu’il existe une plus grande fidélité de la réplication du génome du SRAS-CoV-2 en raison de l’action de l’exoribonucléase, des mutations à travers le génome ont conduit à l’émergence des lignées B.1 (Clade 20A) avec la sélection de son altération caractéristique D614G dans le Gène de pointe SARS-CoV-2.
Sommaire
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont caractérisé une variante A.3 de la lignée A précoce du SRAS-CoV-2 ainsi que trois isolats A.2.5 avec des mutations distinctes pour déterminer leur impact sur l’évolution des variantes A.2.5 avec des virus de la lignée B dans le gène de pointe virale.
Entre le début et le milieu de 2021, l’équipe a trouvé des variantes de lignée A.2.5 ainsi qu’une variante A.23.1 correspondant au moment du rebond mondial de la lignée A à l’hôpital Johns Hopkins. La capacité du premier isolat de la lignée A.3 et du dernier isolat de la lignée A.2.5 à échapper aux réponses d’anticorps neutralisants a été étudiée. Des tests de neutralisation par réduction de plaque (PRNT) ont été effectués sur 10 échantillons de plasma de convalescence (CCP) COVID-19 obtenus de mai 2020 à mars 2021 contre les quatre isolats. Les cellules VeroE6 ont été soumises à des essais sur plaque à 33°C ainsi qu’à 37°C.
Des essais de plaque ont été effectués sur des monocouches de cellules surexprimées VeroE6-TMPRSS2 pour étudier les impacts de l’expression élevée de la sérine protéase transmembranaire 2 (TMPRSS2), qui est une protéase responsable du traitement et de la fusogénicité de la protéine de pointe.
Résultats
Les premières variantes de la lignée A, notamment A, A.1, A.2.2 et A.3, étaient facilement détectables jusqu’à la mi-2020. Les lignées A n’ont été trouvées qu’en 2021, lorsque des variantes A.2.5 sont apparues. Une souche A.3 appelée HP00076 et trois souches A.2.5 appelées HP05922, VRLC091 et HP02153 ont été isolées pour révéler que les virus A.2.5 avaient accumulé des mutations dans leurs génomes par rapport à A.3, chacun de ces isolats codant pour un profil de mutation distinct. Les isolats A.2.5 présentaient un minimum de cinq mutations de pointe conservées, dont D215A, 141-143, L452R, D614G et ins215AGY. Notamment, VRLC091 présentait trois substitutions de W152R, A263S et T240I. Ces mutations, qui étaient également présentes dans d’autres COV, ont indiqué une évolution convergente entre les variations A.2.5 et les séquences de pointe des variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 (VOC).
Les trois virus de la lignée A.2.5 ont présenté une diminution de 2,5 à 5 fois de la moyenne géométrique du titre de concentration inhibitrice demi-maximale (GMT) par rapport aux isolats A.3, indiquant une plus grande capacité à échapper à la neutralisation. Cela suggère que les isolats A.2.5 se sont adaptés pour échapper largement à l’activité neutralisante développée contre les virus qui étaient en circulation au cours de la même période.
A 96 heures post-infection (hpi) à 37°C et 120hpi à 33°C, les quatre isolats ont produit des plaques opaques dénombrables. L’évaluation et la comparaison des surfaces de plaque à 37 °C ont démontré que les trois isolats A.2.5 produisaient des plaques avec des diamètres moyens plus petits que l’isolat A.3 HP00076. De plus, les surfaces moyennes des plaques des isolats A.2.5 étaient de 1,5 à 2,6 fois inférieures à celles de A.3, VLRC091 produisant les plus grandes plaques parmi les isolats A.2.5. En revanche, à 33°C, tous les isolats A.2.5 ont produit des plaques significativement plus petites que HP00076, et entre 2,2 et 3,5 fois plus petites que A3.
Contrairement aux plaques opaques observées sur les cellules VeroE6, à 48 hpi à 37 °C et 72 hpi à 33 °C, tous les isolats ont développé des plaques transparentes et distinctement reconnaissables. Les plaques se sont formées plus rapidement sur les cellules VeroE6-TMPRSS2 que sur les cellules VeroE6 de type sauvage, cependant, aux deux températures, les isolats A.2.5 ont formé des plaques plus petites que les isolats A.3. Les plaques des isolats A.2.5 étaient 2,6 à 3 fois plus petites que celles de A.3 à 37°C. A 33°C, les plages des isolats A.2.5 étaient 2,3 à 4,4 fois plus petites que les plages A.3.
À 37 °C, une différence de croissance distincte a été notée, les isolats A.2.5 se développant plus rapidement que A.3 et générant des titres de pointe environ 10 fois plus élevés, bien qu’ils culminent à peu près au même moment pour tous les isolats. Le titre maximal moyen de HP00076 était inférieur à celui de HP02153, HP05922 et VRLC091. Tous les isolats A.2.5 ont généré plus de virus infectieux totaux que les isolats A.3, parmi lesquels HP00076 affichait l’ASC la plus élevée par rapport à HP05922, VRLC091 et HP02153.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que les technologies de clonage infectieux pouvaient être utilisées pour découvrir les mutations responsables des changements dans les caractéristiques virales telles que la prolifération dans les cellules épithéliales nasales humaines primaires, la formation de syncytia et l’échappement de neutralisation probablement causés par des mutations de pointe. Cependant, les observations de neutralisation A.2.5 échappent à l’immunité circulante préexistante et les capacités de réplication globales accrues dans les cultures de cellules épithéliales nasales humaines suggèrent la réémergence de variants de la lignée A du SRAS-CoV-2.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
