*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs étudient l’effet de la colonisation des voies respiratoires supérieures (URT) par Streptococcus pneumoniae sur l’infection par le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) et vice versa chez les enfants et les adultes non âgés dans un cadre familial.
Ici, les chercheurs ont réalisé une étude observationnelle prospective longitudinale dans des ménages des Pays-Bas où un membre a été testé positif pour la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) par un test de transcription inverse-amplification en chaîne par polymérase (RT-PCR) trois jours avant l’inscription à l’étude. . Deux autres membres du ménage ont également consenti à participer à l’étude.
Étude: Dynamique longitudinale du portage de Streptococcus pneumoniae et de l’infection par le SRAS-CoV-2 dans les ménages avec enfants. Crédit d’image : Lotus_studio / Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
Au cours des premières années de la pandémie de COVID-19, l’incidence des maladies invasives à pneumocoque (MPI) dues à Streptococcus pneumoniae a considérablement diminué dans plusieurs pays. Les scientifiques pensent que la mise en œuvre à grande échelle d’interventions non pharmaceutiques (NPI) a limité la transmission du pneumocoque et l’incidence des IIP tout au long de la pandémie.
Cependant, certaines autres études ont démontré que ces déclins étaient dus à une circulation réduite des virus respiratoires saisonniers, plutôt qu’à une transmission réduite des pneumocoques.
Néanmoins, les interactions entre certains virus respiratoires et Streptococcus pneumoniae apparaissent synergiques. Alors que l’inflammation induite par Streptococcus pneumoniae dans l’URT facilite les infections par les virus respiratoires, cette réaction inhibe la réponse immunitaire innée et empêche le microbiote de l’URT de faciliter la colonisation pneumococcique, augmentant ainsi le risque de pneumonie secondaire à pneumocoque.
Il y a peu d’études évaluant les co-infections avec le SRAS-CoV-2 et le pneumocoque ou les interactions virales-bactériennes. De plus, les effets longitudinaux de l’éventuelle interférence entre ces deux agents pathogènes au sein des ménages avec enfants et adultes non âgés de moins de 65 ans restent également largement méconnus.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé des méthodes moléculaires quantitatives pour détecter Streptococcus pneumoniae et le SRAS-CoV-2 dans des échantillons de salive auto-collectés auprès des membres de huit ménages participants entre octobre 2020 et janvier 2021. Cela a permis de caractériser les schémas longitudinaux de l’infection par le SRAS-CoV-2 et du portage pneumococcique.
La population étudiée comprenait 197 adultes de moins de 65 ans, ainsi que 118 enfants. Parmi ceux-ci, 176 adultes et 98 enfants ont fourni dix échantillons de salive auto-prélevés dans les 42 jours suivant leur inscription à cette étude.
Les abondances relatives de pneumocoques ont été calculées en divisant les abondances de pneumocoques par les abondances bactériennes globales (16S), qui ont été comparées à l’aide d’un test de permutation équivalent au test U de Mann-Whitney.
Ensuite, l’équipe a utilisé une modélisation linéaire à effets mixtes pour examiner la corrélation entre l’infection par le SRAS-CoV-2, le statut de portage pneumococcique et l’abondance bactérienne (16S), où les individus à un moment donné étaient classés comme ayant une abondance faible ou élevée de 16S . Une interception aléatoire représentait la variance longitudinale intra- et inter-individuelle.
Des modèles de risques proportionnels de Cox dépendant du temps ont été utilisés pour évaluer la relation entre le SRAS-CoV-2 et le portage, l’abondance et l’abondance bactérienne globale transformée en logarithme (16S). Pour les rapports de risque (HR) stratifiés selon l’âge, deux groupes d’âge, y compris les enfants de moins de 18 ans et les adultes de plus de 18 ans, ont été pris en compte.
Résultats de l’étude
Taux de transport élevés de Streptococcus pneumoniae est resté relativement constant dans les ménages néerlandais tout au long de la période d’étude. Cela était probablement dû à la mise en œuvre à l’échelle nationale des NPI qui ont réduit la circulation des virus respiratoires saisonniers.
Bien que les porteurs de pneumocoques semblaient présenter un risque plus élevé d’infection par le SRAS-CoV-2 et de retard de la clairance virale, les preuves étaient insuffisantes pour montrer un fort impact du SRAS-CoV-2 sur le portage et l’abondance des pneumocoques et vice versa.
Les personnes avec un portage pneumococcique plus élevé et des abondances de 16S avaient également une augmentation des charges virales du SRAS-CoV-2 à plusieurs moments, suggérant ainsi leur influence sur la progression du COVID-19. Cependant, les variations des trajectoires longitudinales de la charge virale parmi ces échantillons étaient insignifiantes, ce qui était probablement dû à la dysbiose du microbiome URT induite par le COVID-19.
Une étude précédente a également décrit des profils distincts de composition du microbiome URT chez les patients hospitalisés COVID-19 par rapport aux individus en bonne santé. Concernant les abondances relatives de pneumocoques, aucune différence significative n’a été observée entre les individus infectés et non infectés par le SRAS-CoV-2, et aucun changement marqué dans la composition des sérotypes de tous les échantillons pendant la durée de l’étude n’a été observé.
Plusieurs études ont documenté que les taux de portage du pneumocoque chez les enfants étaient relativement inchangés pendant la pandémie de COVID-19. Les RR cumulatifs tout au long de cette étude étaient plus élevés pour les enfants que pour les adultes à 2,14 et 0,83, respectivement. Ceci propose que le rapport entre les abondances pneumococciques et l’infection SARS-CoV-2 ait été associé aux enfants.
conclusion
Pris ensemble, les observations de l’étude suggèrent que l’infection par le SRAS-CoV-2 ne semble pas influencer la colonisation par le pneumocoque, ce qui est cohérent avec les études précédentes démontrant que les co-infections par le SRAS-CoV-2 et le pneumocoque sont rares.
Cependant, les porteurs de pneumocoques, en particulier les enfants, couraient un risque accru de contracter la COVID-19. De plus, les résultats de l’étude ont suggéré une corrélation entre les abondances élevées de pneumocoques et de 16S et les charges virales amplifiées, en plus de la clairance retardée de l’infection par le SRAS-CoV-2.
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
