Lorsque la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est apparue pour la première fois et s’est propagée à travers le monde, de nombreux gouvernements ont été contraints de prendre des mesures coûteuses et restrictives pour réduire la transmission de la maladie. Ces mesures comprenaient des directives de distanciation sociale, des fermetures d’entreprises, d’espaces publics et même des fermetures complètes et des ordonnances de séjour à domicile. Alors que les programmes de vaccination de masse dans les pays développés commençaient à porter leurs fruits, ces mesures ont été pour la plupart démantelées. Cependant, avec la montée en puissance des variantes préoccupantes (VoCs) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), telles que Delta et Omicron, plusieurs pays européens les ont réintroduites. Ces VoC présentent différents traits qui les rendent menaçants, y compris, mais sans s’y limiter, l’évasion de l’immunité induite par le vaccin et l’infection, des taux de transmission plus élevés et une liaison ACE2 plus forte.
Dans de nouvelles recherches, des scientifiques d’Adaptive Biotechnologies ont étudié l’impact des mutations de la protéine de pointe sur l’efficacité du vaccin pour la variante Omicron. L’étude est actuellement disponible sur le medRxiv* serveur de préimpression en attendant l’examen par les pairs.
Étude : L’immunoséquençage et la cartographie des épitopes révèlent une préservation substantielle de la réponse immunitaire des lymphocytes T à Omicron générée par les vaccins contre le SRAS-CoV-2. Crédit d’image: NIAID
Sommaire
Fond
La protéine de pointe est la clé de la pathogénicité du SRAS-CoV-2. Il est formé de deux sous-unités qui doivent être clivées par une protéine hôte – S1 et S2. S1 contient un domaine de liaison au récepteur (RBD) qui peut se lier à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), permettant l’entrée des cellules virales, tandis que S2 est responsable de la médiation de la fusion membranaire. La plupart des variantes préoccupantes présentent des mutations dans le RBD, qui est la cible de la plupart des vaccins et peut entraîner des changements dans l’efficacité du vaccin.
L’étude
Les chercheurs ont cartographié la résolution de 199 épitopes HLA de classe I à travers la protéine de pointe, dans le but d’obtenir une résolution de n-mers exacts ou de courts tronçons qui se chevauchent. Ils ont également obtenu la résolution de l’ensemble complet des épitopes HLA de classe II à environ 50 fenêtres d’acides aminés. La combinaison de ces données avec les données obtenues à partir de l’immunoséquençage des répertoires de TCR de plus de 5 000 individus après une infection ou une vaccination par le SRAS-CoV-2 leur a permis de déterminer la fraction relative de cellules T induite par chaque antigène ainsi que l’association HLA des clones de cellules T.
Ces données ont été utilisées pour examiner l’effet des mutations sur la réponse immunitaire cellulaire. Les chercheurs ont supposé que les mutations n’avaient pas été sélectionnées pour éviter la réponse immunitaire cellulaire ; la confiance dans cette hypothèse est soutenue par la diversité des molécules HLA qui présentent les épitopes.
Représentant la taille de la réponse des lymphocytes T de classe I (a) et de classe II (b) à chaque plage d’épitopes à travers la protéine de pointe dans notre carte antigénique (ligne noire), avec les positions des mutations Omicron marquées en rouge. La ligne bleue estime la quantité de réponse immunitaire cellulaire qui est hors cible dans chaque fenêtre d’épitope lorsqu’elle est provoquée avec Omicron.
Pour tester cette hypothèse, ils ont examiné les données pour essayer de trouver tout enrichissement des HLA de classe I ou II pour les variantes antérieures ou Omicron, en examinant toutes les mutations antigéniques. Aucun enrichissement statistiquement significatif des variantes Delta ou Omicron n’a été observé dans le pic, mais l’association HLA de classe II (DQA1*05:05+DQB1*03:01 s’est avérée se connecter à la mutation de l’antigène phosphoprotéique de la nucléocapside R203M dans Delta, et R203K /G204R dans Omicron.Ceci a été identifié à partir d’analyses axées à la fois sur le répertoire et sur l’antigène.
La deuxième hypothèse formulée par les scientifiques concernait la probabilité d’une mutation dans un épitope ou les séquences flanquantes d’épitopes empêchant la présentation de l’épitope ou affectant autrement la liaison. Cela ferait apparaître les TCR induits par le vaccin/l’infection comme hors cible. Ils ont décidé qu’une hypothèse prudente permettrait à toute mutation codante couvrant un seul épitope d’affecter négativement la liaison de tous les TCR à cet épitope unique.
Tenant compte de ces hypothèses, ils ont déterminé que les mutations de la variante Omicron pourraient affecter jusqu’à 21 % de la réponse immunitaire cellulaire restreinte à la classe I et 33 % de la réponse immunitaire cellulaire restreinte à la classe II qui est déclenchée par les vaccins contre le SRAS-CoV-2. Toutes les mutations ne seront pas impactées par la présentation de l’antigène, tout comme toutes les mutations ne seront pas impactées par la reconnaissance par des TCR spécifiques. Pourtant, les auteurs présentent le score d’évaluation comme une limite supérieure de l’impact que ces mutations peuvent avoir. Lors de l’examen des réponses des lymphocytes T ciblées sur des régions sans pointe, si elles sont induites par une infection naturelle, l’impact sur les variantes Omicron est inférieur à 5 % car les mutations sont concentrées dans le gène de pointe et relativement rares dans le reste du génome.
Conclusion
Les auteurs soulignent que leur étude a montré que plus des deux tiers de la réponse immunitaire cellulaire seront préservés, ce qui indique probablement une réduction similaire de l’immunité cellulaire spécifique aux pointes. Heureusement, il semble que la réponse des lymphocytes T soit moins affectée, bien qu’il n’y ait aucune conclusion sur l’efficacité de la réponse des lymphocytes T contre la maladie. Il semble probable que la réponse des lymphocytes T ne peut pas empêcher l’infection mais peut combattre la maladie une fois établie. Ces informations pourraient être essentielles pour les fabricants de vaccins et les travailleurs de la santé et contribuer à éclairer les futures politiques de santé publique.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
