Les scientifiques de l’Institut Van Andel ont identifié plus de 1 000 protéines jusqu’alors non détectées dans des échantillons de métabolites courants, qui persistent malgré les méthodes d’extraction conçues pour les éliminer.
Les résultats, publiés dans Nature Communicationsoffrent aux scientifiques de nouvelles perspectives et de nouveaux outils pour améliorer les futures expériences de métabolomique, notamment un nouveau protocole pour éliminer ces protéines lors du processus d'extraction. L'étude n'invalide pas les résultats antérieurs, mais renforce plutôt l'importance de contrôles et de validations appropriés dans la conception et l'analyse expérimentales.
Les avancées scientifiques sont souvent le fruit d'une combinaison de hasard et d'observation attentive. Dans ce cas, nous avons remarqué un résultat étrange au cours d'une expérience, nous avons creusé et découvert ce vaste paysage de protéines qui échappaient aux extractions de métabolites standard. Ces protéines peuvent obscurcir les résultats et potentiellement contribuer à des faux positifs et négatifs. Nous espérons que nos découvertes permettront de mieux faire connaître ces clandestins protéomiques et de renforcer davantage le domaine de la métabolomique.
Ryan Sheldon, Ph.D., directeur du centre de spectrométrie de masse du VAI et auteur correspondant de l'étude
On a longtemps pensé que les produits chimiques utilisés pour extraire les métabolites détruisaient les protéines présentes dans les échantillons, les empêchant ainsi d'interférer avec l'analyse finale. L'étude démontre que certaines protéines persistent, ce qui peut modifier le phénotype souhaité de l'échantillon extrait et altérer les résultats.
Pour éliminer ces protéines potentiellement problématiques, Sheldon et ses collègues ont ajouté une étape de filtration à leur processus d’extraction standard qui élimine les protéines supérieures à 3 kilodaltons – un seuil qui englobe la plupart des protéines.
« En fin de compte, nous pouvons disposer des meilleurs instruments au monde, mais si des problèmes surviennent lors de la préparation des échantillons, la technologie ne peut pas nous mener bien loin », a déclaré Sheldon. « Il est essentiel de s'assurer que nos phénotypes sont exempts de toute protéine confondante pour obtenir des résultats précis. Nos découvertes nous aident à y parvenir. »
