Les humains sont constamment exposés à divers microbes, qui peuvent avoir des effets positifs et négatifs sur la santé. Une exposition considérable à ces micro-organismes se produit à l’intérieur, la colonisation bactérienne la plus élevée étant signalée dans la cuisine. À ce jour, aucune étude n’a comparé les communautés microbiennes dans les ménages de différents pays, ce qui est nécessaire pour déterminer s’il existe un microbiote de base dans la cuisine.
Étude: La cartographie du microbiote de cuisine dans cinq pays européens révèle un ensemble de bactéries principales dans les pays, les surfaces de cuisine et les ustensiles de nettoyage. Crédit d’image : Africa Studio / Shutterstock.com
À propos de l’étude
Une étude récente publiée dans la revue Microbiologie appliquée et environnementale a cartographié le microbiote sur les surfaces de cuisine et les ustensiles de nettoyage pour déterminer toute association entre le microbiote, les objets ménagers et le pays.
Des échantillons de surfaces de cuisine et d’ustensiles de nettoyage ont été collectés auprès de 74 ménages en Hongrie, en France, au Portugal, en Roumanie et en Norvège. Des échantillons de surface de différents objets de cuisine ont été obtenus avant la préparation du dîner.
Des échantillons d’éponges et de chiffons de nettoyage ont été obtenus après la préparation des aliments, puis soumis à une extraction de l’acide désoxyribonucléique (ADN) et au séquençage du gène de l’acide ribonucléique ribosomal (ARNr) 16S. La diversité alpha a été analysée à l’aide de l’indice de Shannon, des caractéristiques observées et de la diversité phylogénétique de Faith.
Des modèles mixtes linéaires ont été utilisés pour tester les différences de diversité alpha entre les types d’échantillons et les pays. Une analyse de la diversité bêta a également été effectuée à l’aide d’UniFrac, Jaccard et Bray-Curtis non pondérés et pondérés. Des analyses univariées et multivariées ont examiné les différences entre les comtés et les types d’échantillons.
Résultats de l’étude
Au total, 305 échantillons ont été analysés et 3 487 unités taxonomiques sous-opérationnelles (sOTU) ont été détectées à partir de plus de 18,8 millions de séquences. Une moyenne de 61 960 séquences ont été obtenues pour chaque échantillon, avec 5 420 séquences isolées pour chaque sOTU.
Le microbiote de cuisine comprenait des membres de 793 genres de 297 familles. Les séquences les plus fréquentes provenaient du Protéobactéries phylum, suivi de Firmicutes, Bacteroidota, et Actinobactéries phyla.
Les genres et familles les plus abondants étaient Acinetobacter, Pseudomonas, Enhydrobacter, Enterobacteriaceae, et Yersiniacées. Quarante-cinq sOTU ont été identifiées dans le Acinetobacter genre, avec A. johnsonii étant le plus fréquent Acinetobacter espèces.
Soixante-quatre sOTU représentaient Pseudomonas genre. Dix-neuf sOTU ont été identifiées au sein de la famille des Enterobacteriaceae.
Il y avait 41, 12, 67 et 16 sOTU au sein de la Bacille, Staphylocoque, Chryséobactérie, et Kocuria genres, respectivement. Seize échantillons étaient positifs pour Listeriaun a été testé positif pour Campylobacteret aucun n’avait Salmonelle.
Notamment, les sOTU liées à S. entérique et Shigelle/Escherichia ont été détectés dans des échantillons provenant des cinq pays, alors que C.jejuni était présent dans les échantillons roumains, français et portugais. La plupart de ces agents pathogènes étaient relativement moins abondants.
La diversité alpha différait significativement entre les types d’échantillons et entre les pays. Par exemple, les échantillons du Portugal avaient moins de sOTU observés que ceux de la Norvège et de la France, tandis que les échantillons de la Norvège, de la Hongrie et de la France avaient des niveaux similaires de diversité Alpha.
Des résultats similaires ont été observés avec la diversité phylogénétique de Faith. Les différences entre les pays étaient moins évidentes lorsque les analyses étaient limitées aux échantillons d’ustensiles de nettoyage, mais restaient significatives lorsque seuls les échantillons de surface étaient pris en compte.
Les poignées avaient la diversité Alpha la plus élevée sur la base des caractéristiques observées, tandis que les éponges avaient la plus faible. L’analyse en composantes principales (ACP) a montré la tendance au regroupement du microbiote par type d’échantillon et par pays. Bien que le microbiote des chiffons de nettoyage et des éponges soit similaire, leur similitude était plus grande entre les pays qu’entre les chiffons et les éponges.
Les échantillons de surface ont été regroupés par pays, ce qui implique que le microbiote était plus similaire dans les échantillons de surface d’un pays que dans un échantillon de surface spécifique entre les pays. Cependant, quelques exceptions à ce constat ont été observées. Par exemple, le microbiote sur les poignées françaises était plus similaire à celui des poignées hongroises que dans d’autres échantillons de surface français.
Certaines bactéries dans les éponges et les tissus avec des abondances relatives significativement différentes ont été observées entre les pays par rapport aux échantillons de surface. Les échantillons d’évier avaient les bactéries les plus élevées avec une abondance relative significativement différente entre les pays.
Huit genres/familles ont été identifiés comme le microbiote de base, dont inclus Acinetobacter, Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Psychrobacter, Bacillus, Staphylococcus, Enhydrobacter, et Chryséobactérie. Parmi ceux-ci, Pseudomonas, Enhydrobacter, et Acinetobacter étaient les seuls taxons présents dans tous les échantillons, qui présentaient également les abondances relatives moyennes les plus élevées.
Enhydrobacter, Pseudomonas, et Entérobactéries ont été identifiés comme les sOTU de base. Le microbiote de base variait en abondance relative entre les types d’échantillons et les pays. Parmi le microbiote de base, les abondances relatives de Psychrobacter, Chryseobacterium, Enterobacteriaceae, Pseudomonas, et Enhydrobacter différaient sensiblement entre les pays.
Il y avait des différences significatives dans Acinetobacter et Staphylocoque entre les types d’échantillons, avec les abondances les plus élevées dans les échantillons humides obtenus à partir d’éviers, de chiffons et d’éponges, ainsi que de poignées, respectivement. De même, Bacille présentaient des différences significatives entre les types d’échantillons, l’abondance la plus faible étant présente dans les échantillons humides.
conclusion
Malgré les différences considérables dans les normes de cuisine, les habitudes alimentaires et les pratiques de préparation des aliments, un microbiote central de la cuisine comprenant huit taxons au niveau du genre/famille a été identifié, avec trois bactéries centrales observées au niveau sOTU.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude élargissent la base de connaissances sur le microbiote de la cuisine. Les études futures devraient corréler ces résultats avec les comportements en matière de sécurité alimentaire et leur impact sur la santé humaine.
