Selon l’OMS, la résistance aux antibiotiques est l’une des plus grandes menaces pour la santé publique. Les chercheurs du DTU ont créé un nouvel outil dans la lutte contre les bactéries résistantes qui, basé sur 214 000 échantillons de microbiome, peut créer une vue d’ensemble du problème à travers les pays, les personnes et les environnements.
À l’avenir, même une petite infection peut devenir mortelle pour les personnes si les bactéries pathogènes deviennent résistantes au traitement traditionnel avec des antibiotiques.
Sur la base de 214 000 échantillons de microbiome, les chercheurs du DTU ont créé une plateforme librement accessible qui montre où se trouvent dans le monde différents types de bactéries résistantes et en quelles quantités.
Pour comprendre comment la résistance aux antibiotiques se propage dans le monde, il est important de savoir où, lesquels et combien de gènes de résistance se trouvent dans tous les environnements qui nous entourent. Les gènes qui fournissent la résistance peuvent se propager entre les animaux, les humains et l’environnement.
Les données peuvent être utilisées pour adapter les directives
Aujourd’hui, il existe une grande quantité de données disponibles dans divers référentiels en ligne et un certain nombre d’ensembles de données limités sur la présence de bactéries résistantes dans, par exemple, les eaux usées, le sol, les animaux ou les humains. Mais les données ne sont pas activement utilisées, car il était jusqu’à présent difficile d’accéder, de gérer et, surtout, d’utiliser ces grands ensembles de données en raison de la puissance de calcul nécessaire.
Ces grandes quantités de données sont intéressantes car nous pouvons trouver de nouveaux modèles et liens entre les micro-organismes pathogènes et la résistance aux antibiotiques. Par exemple, nous pouvons voir que certains types de résistance aux antibiotiques ont des prévalences très différentes dans différentes parties du monde. Nous pouvons utiliser ces connaissances pour élaborer des directives sur la manière de combattre la résistance dans différents endroits du monde. »
Hannah-Marie Martiny, DTU Institut national de l’alimentation
Hannah-Marie Martiny est l’une des forces motrices derrière la nouvelle base de données.
Liens entre bactéries et résistance
Des chercheurs du DTU National Food Institute ont analysé 214 000 échantillons provenant, entre autres, d’animaux, d’humains et de sol, et les ont organisés de manière à permettre à d’autres de les utiliser. L’objectif est de créer un catalogue de bactéries résistantes couvrant les pays, les personnes et les environnements.
« Vous pouvez le comparer à une grande encyclopédie, comme Wikipédia, qui collecte des connaissances provenant de nombreuses sources différentes et les organise de manière à ce que tout le monde puisse y accéder. De la même manière, nous collectons des données sur la résistance aux antibiotiques chez les bactéries et les partageons avec tout le monde », dit-elle.
Les 214 000 échantillons occupent ensemble près de 300 téraoctets et il faut des mois pour les analyser sur un ordinateur haute performance
« En réalisant les premières analyses très gourmandes en ressources et en les mettant à la disposition de tous, nous donnons aux chercheurs du monde entier de meilleures opportunités pour trouver de nouvelles solutions qui peuvent aider à réduire l’incidence de la résistance aux antibiotiques. Ceci est conforme aux principes de rendre les données utiles dans Open Science et FAIR », explique Frank Møller Aarestrup, professeur à l’Institut national de l’alimentation DTU, qui est l’un des pionniers de la surveillance de la résistance.
Surveillance globale en temps réel
Le développement de types bactériens résistants varie considérablement d’un pays à l’autre. Mais une bactérie résistante, par exemple en Égypte, peut se propager rapidement dans le monde entier et provoquer des infections chez les patients danois par des bactéries résistantes aux traitements traditionnels.
« Les expériences de la pandémie de Covid19 nous ont montré la valeur des données de surveillance mondiale, par exemple pour lutter contre les maladies lorsqu’elles menacent de se propager au-delà des frontières d’un pays », déclare Frank Møller Aarestrup.
