Des chercheurs évaluent les risques de contamination de surface par le SRAS-CoV-2 en milieu hospitalier

L’infectivité élevée et la transmissibilité rapide de l’infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) ont nécessité divers tests. Au début de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), causée par l’infection SRAS-CoV-2, des scientifiques ont été testés partout pour les risques de contamination par des virus vivants – peau, nourriture, eau, poignées de porte, surfaces en cuivre, acier inoxydable, carton et en plastique.

Cependant, il y a encore peu de données concernant la survie et l’infectivité du SRAS-CoV-2 sur des surfaces dans des environnements fermés. En outre, la viabilité environnementale du SRAS-CoV-2 n’est pas encore entièrement comprise.

Alors que les études de qRT-PCR (réaction en chaîne quantitative transcriptase inverse-polymérase) ont montré la présence d’ARN viral à l’intérieur pendant plusieurs semaines, le manque d’ARN viral détecté dans un service d’oncologie hébergeant des patients atteints de COVID-19 est surprenant. Des observations contradictoires sapent l’importance de la présence et de l’infectiosité de ce virus sur les surfaces environnementales.

Dans ce contexte, une équipe interdépartementale de l’Université de Californie à Davis, États-Unis, a analysé les écouvillons de surface pour l’ARN du SRAS-CoV-2 et l’infectivité en milieu hospitalier par qRT-PCR et un test de culture virale. Ils ont également déterminé l’aptitude à l’analyse des séquences et à l’identification phylogénétique de la source du virus.

L’équipe affirme qu’il s’agit du premier rapport sur la récupération de séquences presque complètes du génome du SRAS-CoV-2 directement à partir d’échantillons de surface environnementaux.

Ils ont trouvé une faible probabilité de contamination par le SRAS-CoV-2 sur les surfaces de l’hôpital par un virus infectieux, contestant l’importance des «  fomites  » dans la transmission du COVID-19. De plus, il n’y avait pas de virus infectieux détectable sur les surfaces; ceci est en accord avec les études précédentes.

Cependant, les chercheurs ont trouvé des séquences génomiques presque complètes à partir de deux surfaces, ce qui suggère que certains génomes viraux sont présents même s’ils ne sont pas infectieux. Les chercheurs ont amplifié les séquences virales de plusieurs échantillons, qui semblaient négatives par qRT-PCR. Fait intéressant, cela met en évidence le potentiel d’obtenir des séquences virales dans certains échantillons négatifs à la PCR.

L’analyse phylogénétique a aidé l’équipe à identifier la source des génomes positifs du SRAS-CoV-2 – ils provenaient de patients hospitalisés. Notamment, la contamination environnementale était liée à une seule lignée du virus, très probablement d’un seul patient.

Pour cette étude, l’équipe a collecté les échantillons au cours des deux vagues de COVID-19 à l’Université de Californie, Davis Medical Center, dans les zones de service des patients et de congrégation du personnel du COVID-19. Ils ont collecté le premier ensemble d’échantillons en avril 2020 et le second ensemble entre fin juillet et début août 2020.

Ils ont étudié les échantillons positifs de qRT-PCR dans des cultures de cellules Vero pour les effets cytopathiques, puis ont évalué phylogénétiquement les échantillons par séquençage du génome entier. Le protocole complet utilisé ici est disponible en ligne.

Même si nous avons récupéré des séquences génomiques presque complètes dans certains, aucun des échantillons positifs (11 sur 224 au total) n’a provoqué d’effets cytopathiques dans les cellules cultivées suggérant que cet acide nucléique n’était pas associé à des virions intacts, ou qu’ils étaient présents en nombre insuffisant pour l’infectivité. . »

Dans cette étude, les chercheurs ont découvert que l’amélioration des pratiques de nettoyage et de gestion des patients entre avril et août 2020 était associée à une diminution de la récupération de l’ARN du SRAS-CoV-2 à partir d’échantillons de surface de l’hôpital. Une réduction substantielle de la positivité SRT-PCR du SRAS-CoV-2 (de 11% à 2%) dans les échantillons de surface hospitalière est observée.

Micrographies de cellules Vero E6 cinq jours après l’inoculation. Les cellules ont été soit infectées simulées (en haut à gauche), inoculées avec des échantillons sur écouvillon (représentatifs des cinq échantillons testés, en haut à droite), ou infectées avec un PFU de mNeonGreen SARS-CoV-2 (contraste de phase, en bas à gauche; mNeonGreen en bas à droite) .

La gestion améliorée des sécrétions respiratoires par les patients comprenait une intubation plus précoce, une ventilation à séquence rapide et des changements dans la gestion des canules nasales à haut débit d’O2.

Les chercheurs ont souligné qu’à la mi-août 2020, lorsque la deuxième vague de cas de COVID-19 a été admise, augmentant considérablement le nombre de patients à l’hôpital.

Cependant, les pratiques de nettoyage améliorées et la gestion des patients ont contribué à réduire la présence environnementale des virions.

Ils ont également observé que l’ARN du SRAS-CoV-2 des surfaces hospitalières ne présentait pas de nature infectieuse dans un modèle de culture cellulaire Vero in vitro.

Les chercheurs ont rapporté que la PCR et le séquençage du génome entier permettaient une détection plus efficace du SARS-CoV-2 que la qRT-PCR. Les séquences génomiques isolées à partir d’échantillons négatifs pour qRT-PCR indiquent une sensibilité supérieure de détection virale par séquençage.

À partir de deux chambres de patients différentes (du sol et d’un couvercle de panier à linge sale), ils ont également récupéré deux génomes presque complets.

L’analyse phylogénétique a suggéré que les génomes du SRAS-CoV-2 des échantillons positifs provenaient de patients hospitalisés. Les chercheurs ont noté que les séquences génomiques récupérées provenaient du clade 19B – qui peut provenir d’un seul patient ou de plusieurs patients infectés par des virus similaires.

Dans cette étude, les chercheurs ont rapporté que les 11% des échantillons prélevés au centre médical UC Davis en avril 2020 étaient positifs pour le SRAS-CoV-2, alors qu’une expérience de suivi plus large en août n’a révélé que 2% des écouvillons positifs. Cela est probablement dû à l’amélioration des protocoles de nettoyage et à une meilleure gestion des sécrétions respiratoires des patients. Certains génomes viraux sont présents mais infectieux. Cette étude met en évidence le potentiel d’obtenir des séquences virales dans certains échantillons PCR négatifs.

Dans la lutte permanente contre la pandémie, cette étude met en lumière l’importance des protocoles et des procédures dans les études de recherche. Les résultats des observations uniques aideront les travailleurs de la santé et les chercheurs à adopter de meilleures SOP.

*Avis important

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