La surveillance génomique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu (SRAS-CoV-2) a varié d’un pays à l’autre. L’augmentation du séquençage des coronavirus en Angleterre l’a aidée à découvrir la variante B.1.1.7 l’automne dernier. En revanche, des pays comme les États-Unis ont communiqué peu de données de séquençage.
Avec un nombre croissant de variantes apparaissant dans divers pays, mettre fin à la pandémie nécessite une collaboration mondiale pour comprendre les mutations variantes.
Il a été démontré que des mutations dans des variantes trouvées au Royaume-Uni, en Afrique du Sud, au Brésil et en Californie augmentent la survie du SRAS-CoV-2 en augmentant le taux de transmission virale ou en résistant aux anticorps neutralisants.
Un navigateur public gratuit appelé COVID-19 CoV Genetics (COVID-19 CG) a été développé pour aider les scientifiques à suivre et à analyser les mutations virales par emplacement. Ceci est possible grâce à la collecte de données virales disponibles via la base de données GISAID. Cela permet au COVID-19 CG de suivre la variation, la lignée et les clades mononucléotidiques du SRAS-CoV-2.
Une recherche menée par Benjamin E Deverman du Stanley Center for Psychiatric Research du Broad Institute of MIT et de Harvard a fourni des preuves de l’efficacité du COVID-19 CG dans le suivi des mutations du SRAS-CoV-2 par emplacement.
Il est nécessaire de comprendre les changements mutationnels du virus pour ajuster la réponse à la pandémie et développer des traitements efficaces.
Les auteurs écrivent:
<< La collecte de données génomiques virales est particulièrement pertinente pour les régions qui connaissent une augmentation des cas de COVID-19. Si seules des données génomiques clairsemées sont échantillonnées, nous risquons la détection tardive des variants du SRAS CoV-2 qui présentent une transmissibilité, une virulence ou une résistance accrues contre les agents thérapeutiques ou programmes de vaccination dans ces points chauds de la pandémie. "
L’étude «COVID-19 CG permet la mutation du SRAS-CoV-2 et le suivi de la lignée par lieux et dates d’intérêt», a été récemment publiée dans eLife.
Sommaire
Détection de la variation d’un seul nucléotide dans la protéine de pointe
Les variations mononucléotidiques du SRAS-CoV-2 peuvent changer avec le temps. Dans une étude de cas, les chercheurs ont découvert qu’une mutation S477N dans le domaine de liaison au récepteur de la protéine de pointe était la variante dominante du coronavirus en Australie en décembre 2020. Cependant, cette variante ne représentait que 6% des génotypes du SRAS-CoV-2 dans le monde.
Avant juillet 2020, la mutation RBD N439K n’était pas détectée en Irlande mais représentait 42% du génome viral de la mi-juillet à août avant de décliner.
La mutation S477N trouvée dans le domaine de liaison au récepteur a été détectée dans 1% des séquences australiennes avant juin 2020. Cependant, elle comprenait 84% des séquences génétiques du SRAS-CoV-2 de juin à décembre.
Une nouvelle mutation SARS-CoV-2 peut modifier les méthodes de diagnostic
L’équipe a découvert plusieurs variations de nucléotides uniques qui pourraient potentiellement affecter la précision des amorces de diagnostic COVID. Ils ont trouvé plusieurs variantes dans le monde contenant différentes mutations C29144T à l’extrémité 3 ‘de la même amorce diagnostique NIID_2019-nCoV_N_F2 qui pourraient changer sa sensibilité.
D’autres variations de nucléotides uniques à proximité des extrémités 3 ‘des amorces se sont également avérées modifier potentiellement 10 autres paires d’amorces de diagnostic utilisées dans plusieurs autres pays.
COVID-19 CG détecte une nouvelle variante trouvée en Australie
Le variant B.1.125 avec la mutation S477N a pris le relais en tant que souche dominante en Australie entre juin et septembre 2020. Cependant, les variations de nucléotides uniques associées à la mutation S477N en Australie diffèrent de celles des États-Unis.
Cependant, cette différence peut être due aux données limitées de surveillance génomique disponibles dans la base de données GISAID. Les chercheurs suggèrent également la possibilité d’une erreur de séquençage lorsqu’il existe une variante singulière et sporadique.
Pour les raisons ci-dessus, il est trop tôt pour exclure que la variante provienne d’une transmission locale.
Mises à jour prévues pour la base de données COVID-19 CG
Avec des variantes telles que B.1.1.7 devenant la souche dominante en Angleterre et bientôt aux États-Unis, les développeurs de COVID-19 CG prévoient de mettre à niveau le système avec de meilleures fonctionnalités de détection. Les mises à niveau aideront les scientifiques à trouver plus facilement des mutations et des variantes préoccupantes circulant dans les populations locales.
Étant donné que des mutations émergent, disparaissent et réapparaissent potentiellement avec le temps, l’équipe de recherche conclut que les pays doivent continuellement mettre à jour leurs données de surveillance génomique.
<< Lorsque chaque pays contribue activement à la base de données des génomes du SRAS-CoV-2, cela protège contre les biais d'échantillonnage qui peuvent avoir une incidence sur la capacité d'effectuer des analyses phylogénétiques et d'interpréter les données mondiales sur le SRAS-CoV-2. Pour atteindre cet objectif qui affecte toute l'humanité, nous plaidons pour un séquençage accru des isolats de SRAS-CoV-2 provenant de patients (et d'animaux infectés) dans le monde entier, et pour que ces données soient partagées aussi rapidement que possible. "
Cela aidera les développeurs de vaccins à mettre à jour la conception et les tests de leurs vaccins, anticorps ou autres traitements expérimentaux contre les coronavirus. Les scientifiques peuvent utiliser ces données pour créer des hypothèses et tester l’impact des variantes voisines sur l’interface d’interaction ou l’antigène spécifique au produit.
