Une équipe de scientifiques internationaux a récemment exploré la dynamique de transmission de variantes actuellement en circulation du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans un pays d’Afrique australe. En analysant les séquences génomiques de ces variants, ils ont identifié un nouveau variant du SRAS-CoV-2 avec de multiples mutations en pointe. Ils ont temporairement désigné la variante A.VOI.V2. Une description détaillée de la surveillance génomique qu’ils ont menée est actuellement disponible sur le medRxiv* serveur de pré-impression.
Sommaire
Contexte
Depuis son émergence en décembre 2019, le SRAS-CoV-2, l’agent pathogène causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), a subi plus de 12000 mutations. La majorité de ces mutations se trouvent dans la protéine de pointe virale, qui est une glycoprotéine sur l’enveloppe virale nécessaire pour établir une infection par le SRAS-CoV-2. En raison de l’immunogénicité robuste, la protéine de pointe est considérée comme la cible la plus puissante pour le développement d’anticorps thérapeutiques et de vaccins. Une fréquence accrue de mutations de pointe dans les variantes nouvellement émergentes a soulevé la question de savoir si ces mutations pourraient potentiellement altérer la fonctionnalité des anticorps monoclonaux et des vaccins conçus spécifiquement contre les variantes virales précédemment en circulation.
Certaines variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 (COV) récemment apparues, telles que les variantes du Royaume-Uni, de l’Afrique du Sud et du Brésil, ont montré une transmissibilité significativement plus élevée que les variantes précédemment en circulation. De plus, un pool croissant d’études préliminaires a suggéré que ces variantes pourraient être associées à une virulence accrue. Les mutations trouvées dans ces variants se sont avérées augmenter l’affinité de liaison entre le domaine de liaison au récepteur de pointe (RBD) et le récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) de l’hôte. En outre, il existe des preuves indiquant que certaines des mutations de pointe de RBD facilitent le virus pour échapper à la neutralisation médiée par les anticorps. Ces observations expliquent la raison de l’augmentation de l’infectiosité et de la virulence des COV.
Dans la présente étude, les scientifiques ont mené une surveillance génomique approfondie des variantes du SRAS-CoV-2 à travers l’Angola, un pays situé sur la côte ouest de l’Afrique australe. L’étude a été menée par le Réseau pour la surveillance génomique en Afrique du Sud (NGS-SA) en association avec les Centres africains pour le contrôle et la prévention des maladies et la Société africaine de médecine de laboratoire.
Étudier le design
Peu de temps après son émergence à la fin de 2020, la variante sud-africaine du SRAS-CoV-2 (lignée B.1.351) s’est répandue rapidement dans plus de 50 pays dans le monde et est devenue la souche principalement en circulation en Afrique australe. L’étude actuelle a été lancée pour caractériser rapidement la dynamique de transmission de cette variante et d’autres COV en Afrique. Le premier rapport sur les données de surveillance génomique du SRAS-CoV-2 en Angola a été présenté ici.
Observations importantes
Les scientifiques ont analysé un total de 118 échantillons de nasopharynx collectés entre juin 2020 et février 2021. En utilisant ces échantillons, ils ont généré 73 génomes de SRAS-CoV-2 de haute qualité; dont 14 provenaient des lignées B.1.351, B.1.1.7 et B.1.525; 44 étaient de la lignée C.16 du Portugal; et 12 d’autres lignées. En outre, ils ont identifié une nouvelle variante chez trois passagers aériens en provenance de Tanzanie. Fait intéressant, trois génomes viraux isolés de ces passagers ont présenté une séquence presque identique. Ils ont temporairement désigné la nouvelle variante A.VOI.V2.
Avec une analyse plus approfondie, ils ont observé que le nouveau variant a un total de 31 mutations de substitution d’acides aminés et 3 mutations de délétion. Parmi ces mutations, 11 des 31 mutations de substitution et toutes les mutations de délétion ont été trouvées dans la protéine de pointe. En analysant spécifiquement les mutations de pointe, ils ont identifié 3 substitutions dans la RBD de pointe, 2 substitutions à proximité du site de clivage S1 / S2, et 5 substitutions et 3 délétions dans le domaine N-terminal de pointe (NTD). De plus, ils ont observé que certaines des mutations NTD sont présentes dans le supersite antigénique.
A) Arbre phylogénétique d’un sous-ensemble de séquences de la lignée A (n = 319) comprenant cinq séquences de cas avec histoire de voyage en Tanzanie, dont trois sont les A.VOI.V2 échantillonnés en Angola (pointes représentées par un triangle); B) Régression des distances génétiques de la racine à la pointe en fonction des dates d’échantillonnage, pour les séquences appartenant à la lignée A, montrant le roman A.VOI.V2 (rouge), le VOI A.23.1 connu (bleu clair), d’autres séquences de la lignée A (bleu foncé), dont deux sont documentés comme ayant des antécédents de voyage depuis la Tanzanie (contour rouge); C) Graphique en violon montrant le nombre de mutations d’acides aminés dans tout le génome et la glycoprotéine de pointe dans un sous-ensemble de génomes de cinq variantes connues par rapport au nouveau A.VOI.V2; D) Carte du génome montrant la position des 31 substitutions d’acides aminés et trois délétions (pic de couleur, NTD = domaine Nterminal, RBD = domaine de liaison au récepteur, RBM = motif de liaison au récepteur, S1 / S2 = site de clivage S1 / S2, et le reste du génome en gris).
Importance de l’étude
L’étude identifie un nouveau variant du SRAS-CoV-2 avec de multiples mutations de pointe. La majorité de ces mutations sont également présentes dans d’autres COV et sont connues pour augmenter l’infectivité virale et la résistance aux anticorps. Ces observations indiquent qu’en réponse à certaines pressions sélectives, ces mutations évoluent progressivement sous sélection positive et améliorent la capacité virale.
Bien que la nouvelle variante ne soit identifiée que chez trois passagers en provenance de Tanzanie, les scientifiques estiment que d’autres enquêtes sont nécessaires de toute urgence pour contrôler sa transmission à l’intérieur et à l’extérieur du pays d’origine.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
