Des scientifiques découvrent une efficacité réduite du vaccin contre Omicron en Afrique du Sud et dans 50 autres pays

Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de pré-impression, une équipe de chercheurs a évalué l’impact de la variante Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) sur la prévalence des infections par le SRAS-CoV-2 parmi les populations non vaccinées et vaccinées d’Afrique du Sud et de 50 autres des pays.

L’Université du Maryland Global COVID-19 Trends and Impact Surveys (UMD Global CTIS) a recueilli plus de 100 000 réponses du monde entier, liées aux symptômes, aux habitudes, aux tests et au statut vaccinal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19).

À propos de l’étude

Pour la présente étude, les chercheurs ont accédé aux données de l’UMD Global CTIS et aux données de séquençage du génome du SRAS-CoV-2 de l’initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID).

Ils ont supprimé les réponses anormales des participants qui ont déclaré avoir tous les symptômes du COVID-19 ou signalé des valeurs inhabituelles (supérieures à 100) dans les questions quantitatives de l’enquête.

Pour suivre de près l’évolution des cas actifs de COVID-19, ils ont dérivé un proxy pour les cas actifs de COVID-19 à l’aide d’un classificateur Random Forest. Les résultats correspondants ou les estimations indirectes ont été étiquetés Random Forest, UMD COVID-like disease (CLI), Stringent CLI, Classic CLI et Broad CLI. Ils ont comparé chaque estimation par procuration avec l’estimation des cas actifs de COVID-19, comme décrit par Alvarez et al., où chaque nouveau cas était supposé rester actif pendant 10 jours. Ces dernières estimations ont été appelées Confirmé, et à la fois Confirmé et les estimations utilisant les différents proxys ont conduit à des séries chronologiques avec une valeur estimée de l’efficacité du vaccin (EV) par jour.

Le classificateur Random Forest était polyvalent et adaptatif, les chercheurs ont donc pu créer plusieurs modèles par pays avec ce modèle, permettant de capturer et de s’adapter à des aspects qui variaient dans le temps, comme le niveau de vaccination et l’apparition de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2.

Pour obtenir les taux officiels de positivité des tests (TPR) à l’aide de l’ensemble de données Our World in Data (OWID TPR) du 18 juin 2021 au 31 décembre 2021, les chercheurs ont sélectionné 20 pays qui avaient le plus grand nombre de réponses disponibles dans l’UMD Global CTIS. ensemble de données avec l’Afrique du Sud.

En Afrique du Sud, la baisse de la VE a été évaluée de mi-juin 2021 à fin 2021, plus précisément, en trois périodes d’un mois chacune i) du 18 juin au 18 juillet 2021 ; ii) du 9 août au 6 septembre 2021 ; et du 1er au 31 décembre 2021 (dominé par Omicron). Les chercheurs ont étudié séparément la province de Gauteng en Afrique du Sud, car elle était parmi les plus gravement touchées par Omicron.

Au total, les chercheurs ont étudié 50 pays pour lesquels l’UMD Global CTIS disposait de la plus grande quantité de données et ont calculé l’EV pour deux mois – octobre et décembre 2021. Pendant cette période, les estimations de l’EV ont été comparées à l’aide de l’identifiant Random Forest parmi les trois groupes de vaccination à l’aide d’une analyse de corrélation.

Seules les valeurs VE non négatives dans un échantillon d’au moins 1000 échantillons, qui ont montré des prévalences P_V et P_tu d’au moins 0,01, ont été pris en compte.

Résultats

Les résultats ont confirmé la présence d’une baisse mesurable de l’efficacité du vaccin de 0,62 dans la période Delta à 0,24 dans la période Omicron en Afrique du Sud. De plus, ces résultats ont confirmé que le fait d’avoir deux doses de vaccin conférait une meilleure protection qu’une dose, sur les deux périodes, dominées par Delta (0,81 contre 0,51) et Omicron (0,30 contre 0,09). Cependant, les résultats n’ont pas indiqué le statut des répondants par rapport à une dose de rappel.

Au 7 janvier 2022, un nombre limité de pays présentaient une prévalence élevée d’Omicron avec un niveau élevé de données de séquençage à l’appui. Néanmoins, après avoir étendu l’analyse de l’étude à d’autres pays où Omicron a été détecté, la comparaison de la situation en octobre (avant l’émergence d’Omicron) avec celle de décembre 2021 a montré une baisse moyenne de l’efficacité du vaccin de 0,53 à 0,45 parmi les personnes vaccinées avec deux doses. De plus, une corrélation négative significative (Pearson) ~0,6 entre la prévalence mesurée d’Omicron et l’EV a été observée.

De tous les cinq proxys, le proxy Random Forest était le plus prometteur, car il présentait les valeurs de corrélation les plus élevées pour la plupart des pays. Sur les 21 pays pour lesquels les valeurs de TPR ont été estimées, 17 pays affichaient de faibles valeurs de TPR ≤ 0,1 dans les TPR officiels ou basés sur des enquêtes, et 11 présentaient de faibles valeurs pour les deux, 7 ayant des valeurs inférieures à 0,053. Ces résultats suggèrent que ces pays ont maintenu le nombre de cas de COVID-19 relativement sous contrôle et ont correctement communiqué les données.

conclusion

Pour résumer, la présente étude a remarquablement suivi la prévalence des infections au COVID-19 à l’aide de données de surveillance participative quotidienne des symptômes, en particulier celles disposant de systèmes de surveillance plus solides et de TPR cohérents.

Les auteurs ont averti que la réduction observée de VE dans la période d’Omicron est vers l’infection COVID-19 et effectue la boîte de vitesses d’Omicron mais n’implique pas une réduction de VE par rapport à la gravité, à l’hospitalisation, et à la mort COVID-19. D’autres études devraient confirmer ces résultats une fois qu’Omicron deviendra dominant dans d’autres pays.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.