Il n'existe aucune preuve scientifique que le microbiome intestinal soit à l'origine de l'autisme, affirme un groupe de scientifiques dans un article d'opinion publié le 13 novembre dans la revue Cell Press. Neurone. Ils soulignent le fait que les conclusions de recherches antérieures qui soutenaient cette hypothèse, notamment des études observationnelles, des modèles murins d'autisme et des essais cliniques sur des humains, sont minées par des hypothèses erronées, des échantillons de petite taille et des méthodes statistiques inappropriées.
Malgré ce que vous avez entendu, lu ou regardé sur Netflix, rien ne prouve que le microbiome contribue de manière causale à l'autisme. Je ne pense pas qu'il soit justifié de consacrer davantage de temps et de financement à ce sujet. Nous savons que l'autisme est une maladie fortement génétique, et il y a encore beaucoup de choses à résoudre. »
Kevin Mitchell, premier auteur et neurobiologiste du développement, Trinity College Dublin
L’hypothèse selon laquelle l’autisme serait causé, au moins en partie, par le microbiome intestinal découle du fait que de nombreuses personnes autistes souffrent de symptômes gastro-intestinaux. En outre, la récente augmentation des diagnostics d'autisme a conduit certains à croire que des changements environnementaux ou comportementaux sont à l'origine d'une augmentation de l'autisme, bien que les auteurs notent qu'il existe des preuves solides que l'augmentation des diagnostics d'autisme reflète une prise de conscience accrue et des critères de diagnostic élargis plutôt qu'un mécanisme biologique.
Néanmoins, les chercheurs ont approfondi l’hypothèse microbiome-autisme en comparant les microbiomes intestinaux de personnes autistes et non autistes, en étudiant des modèles murins d’autisme et en menant des essais cliniques impliquant des personnes autistes. Les auteurs affirment que dans toutes ces études, les résultats sont erronés et peu convaincants.
« Il existe une variabilité dans ces trois domaines, et les études ne forment tout simplement pas une histoire cohérente du tout », déclare Dorothy Bishop, auteure principale et neuropsychologue du développement de l'Université d'Oxford.
Dans les études les plus citées comparant les microbiomes intestinaux de personnes autistes et non autistes, les chercheurs ont utilisé des tailles d’échantillon allant de 7 à 43 individus par groupe, alors que les recommandations statistiques appellent à des tailles d’échantillon de plusieurs milliers.
« L'autisme n'est pas rare, il n'y a donc aucune raison de mener des études avec seulement 20, 30 ou 40 participants », déclare Darren Dahly, co-auteur et biostatisticien de l'University College Cork.
Ces études ont également utilisé diverses méthodes pour caractériser la composition du microbiome, ce qui rend leurs résultats difficiles à comparer. Et bien que certaines études aient constaté des différences entre les microbiomes des personnes autistes et des témoins, ces différences étaient souvent contradictoires : par exemple, certaines études ont constaté une plus faible diversité microbienne dans les intestins des personnes autistes, tandis que d'autres ont constaté le contraire. Ces différences disparaissaient également lorsque les études prenaient en compte d’autres variables, telles que l’alimentation, ou lorsqu’elles comparaient les microbiomes d’enfants autistes avec ceux de leurs frères et sœurs neurotypiques.
« Au contraire, il existe des preuves plus solides d'un effet causal inverse, dans la mesure où l'autisme peut affecter le régime alimentaire d'une personne, ce qui peut affecter son microbiome », explique Mitchell.
Les modèles murins d'autisme qui prétendent montrer un lien entre le microbiome intestinal et l'autisme ne sont pas non plus convaincants, affirment les chercheurs, en raison des différences comportementales, cognitives et physiologiques entre les humains et les souris.
« Il n'y a aucune preuve que les comportements 'de type autistique' chez les modèles de souris soient pertinents pour l'autisme, et les expériences elles-mêmes présentaient des défauts méthodologiques et statistiques qui minent leurs affirmations », explique Mitchell.
Plusieurs essais cliniques humains ont testé l’hypothèse microbiome-autisme en réalisant des transplantations fécales ou en administrant des thérapies probiotiques à des personnes autistes, puis en surveillant l’évolution de leurs caractéristiques. Encore une fois, les chercheurs affirment que la plupart de ces études ont utilisé des tailles d'échantillon inadéquates et des méthodes statistiques inappropriées qui minent leurs résultats, et que beaucoup n'ont pas utilisé de groupe témoin ou de randomisation.
« Le consensus parmi les études que nous avons interrogées est que lorsque vous effectuez les essais correctement, vous ne voyez rien », explique Dahly.
Face au manque de preuves convaincantes et au manque de progrès dans le domaine, les chercheurs affirment que l’hypothèse selon laquelle le microbiome serait à l’origine de l’autisme est dans une impasse.
« Si vous acceptez notre message, vous pouvez procéder de deux manières. La première consiste simplement à arrêter de travailler dans ce domaine, ce que nous serions très heureux de voir », déclare Bishop. « Mais étant donné qu'en réalité, les gens ne vont pas s'arrêter, ils doivent au moins commencer à faire ces études d'une manière beaucoup plus rigoureuse. »
