Une souche rare et complexe de grippe aviaire chez un enfant voyageur révèle comment les virus circulant à l'échelle mondiale remodèlent les épidémies locales et met en évidence des lacunes critiques en matière de surveillance en Asie du Sud.
Particules du virus de la grippe A (H5N1/grippe aviaire) (rondes et en forme de bâtonnet ; rouges et jaunes). Composition créative et colorisation/effets par NIAID ; les images de micrographie électronique à transmission sont une gracieuseté du CDC. L'échelle a été modifiée/pas à l'échelle. Crédit : CDC et NIAID.
Une équipe de scientifiques australiens a récemment identifié le clade 2.3.2.1a du virus de la grippe aviaire A(H5N1) hautement pathogène chez un enfant revenu d'Inde en Australie.
Ils ont caractérisé le virus et publié un rapport dans la revue du Center for Disease Control and Prevention (CDC). Maladies infectieuses émergentes.
Sommaire
Arrière-plan
Le clade 2.3.4.4b de la grippe aviaire hautement pathogène (IAHP) A(H5N1) a émergé des virus HPAI H5N1 de la lignée oie/Guangdong après des décennies d'évolution. Ce clade viral circule principalement dans le monde entier et provoque une infection chez les oiseaux et les mammifères sauvages et domestiques.
Malgré la prédominance mondiale du clade 2.3.4.4b, une diversité de clades d'IAHP H5N1 circulent actuellement chez les volailles en Asie. Depuis 2005, plus de 900 infections zoonotiques ont été enregistrées. Le contact avec des volailles infectées est la principale cause de ces infections. Cependant, la transmission interhumaine n’a pas encore été détectée.
Divers clades de l’IAHP H5N1 se sont avérés responsables d’infections humaines en Asie. Onze infections humaines causées par l'IAHP H5N1 clade 2.3.2.1c ont été signalées au Cambodge au cours des deux dernières années. En Chine, 91 infections humaines causées par l'IAHP H5N6 et deux infections causées par le clade 2.3.4.4b H5N1 ont été enregistrées depuis 2014.
Le virus de la grippe aviaire A(H5N1) hautement pathogène, clade 2.3.2.1a, circule de manière persistante en Asie du Sud, notamment en Inde et au Bangladesh. Bien que ce clade infecte rarement les humains, deux cas ont jusqu’à présent été détectés dans ces régions. Cependant, des épidémies de H5N1 liées à la volaille ont été signalées à Ranchi, en Inde, en 2023 et 2024, à environ 400 km de Calcutta, où l'enfant de cette étude s'est rendu.
Dans cette étude, les scientifiques ont caractérisé l’infection par le clade 2.3.2.1a de l’IAHP H5N1 chez un enfant voyageur revenant d’Inde en Australie.
Détails de l'étude
L’étude a porté sur une fillette de 2,5 ans auparavant en bonne santé qui est revenue en Australie après avoir visité Calcutta, en Inde, en février 2024. L’enfant a développé une maladie à Calcutta et a été hospitalisée après son retour en Australie.
Elle a ensuite été admise à l’unité de soins intensifs (USI) pour une insuffisance respiratoire nécessitant une ventilation mécanique. Elle a été traitée avec un traitement d'oseltamivir de 5 jours à partir du troisième jour après son admission. Elle s'est complètement rétablie et a obtenu son congé après 2,5 semaines.
Les échantillons respiratoires prélevés sur le patient ont été testés à l'aide d'un séquençage de routine de nouvelle génération, qui a permis d'identifier le virus H5N1, désigné sous le nom de A/Victoria/149/2024 (H5N1).
Caractérisation du virus
L'analyse phylogénétique du virus identifié a révélé qu'il s'agit d'un virus réassortant constitué de quatre segments similaires aux virus du clade 2.3.2.1a circulant au Bangladesh. Les quatre segments étaient l'hémagglutinine, la neuraminidase, la nucléoprotéine et les segments non structurels.
Une analyse plus approfondie a révélé que le segment matriciel (régulation de la réplication virale) est similaire aux virus HPAI H5N1 clade 2.3.4.4b, qui circulent principalement dans le monde entier et ont été détectés chez des oiseaux en Asie.
Les segments polymérase basique 2, polymérase basique 1 et polymérase acide ont montré une similitude avec le récent clade 2.3.4.4b des virus de la grippe aviaire à faible pathogénicité détectés chez les oiseaux sauvages et la volaille en Asie depuis 2020. Ce réassortiment suggère que les virus du clade 2.3.4.4b, qui se sont propagés à l'échelle mondiale par les oiseaux sauvages, transforment la structure génétique d'autres clades H5N1 endémiques chez la volaille.
Adaptation des mammifères
L'analyse des segments viraux pour l'adaptation, la virulence et la sensibilité aux antiviraux chez les mammifères a indiqué la rétention de la liaison préférentielle aux récepteurs α2-3 aviaires, mais pas aux récepteurs de l'acide sialique α2-6 des mammifères.
Les segments viraux ne présentaient aucun marqueur d’adaptation, de virulence ou de pathogénicité chez les mammifères. Cependant, le virus a montré une sensibilité à l’oseltamivir et au baloxavir marboxil.
Importance de l’étude
L'étude décrit l'identification et la caractérisation du clade 2.3.2.1a du virus de la grippe aviaire A(H5N1) hautement pathogène chez un enfant voyageur australien revenant d'Inde. Le virus est un réassortant non signalé auparavant composé des clades 2.3.2.1a, 2.3.4.4b et de segments génétiques de faible pathogénicité de la grippe aviaire chez les oiseaux sauvages.
Ces résultats nécessitent une surveillance rigoureuse des cas graves de grippe A chez les voyageurs revenant de régions où circulent des virus de la grippe aviaire. Le sous-typage de ces virus graves, voire mortels, en particulier les virus H5N1 et H5N6 qui circulent actuellement en Asie du Sud, est essentiel pour réduire les infections grippales non saisonnières et initier rapidement des traitements antiviraux.
L'étude de cas rapportée ici souligne le manque important de données de surveillance du H5N1 en Inde, avec seulement deux séquences H5 signalées dans le pays depuis 2020. En revanche, 314 séquences ont été enregistrées au Bangladesh au cours de la même période, soulignant encore davantage la nécessité d'efforts de surveillance complets. .
Le génome viral caractérisé dans cette étude est similaire à celui d’un cas mortel survenu à New Delhi en 2021 et génétiquement similaire aux virus H5N1 présents au Bangladesh. Bien que le cas de New Delhi ait été causé par un contact avec de la volaille, le cas australien actuel n'a eu aucun contact confirmé avec de la volaille ou des produits de volaille crus. Cette absence d’exposition confirmée met en évidence la difficulté de déterminer le mode et la voie d’infection, en particulier dans les régions disposant de données limitées sur les virus en circulation.
Les origines complexes de recombinaison génétique du virus identifié révèlent que les virus du clade 2.3.4.4b continuent de jouer un rôle majeur dans l’évolution des autres clades H5N1, soulignant ainsi l’importance d’une surveillance mondiale.
Dans l’ensemble, l’étude met en évidence la nécessité d’une surveillance accrue des infections persistantes par l’IAHP H5Nx en Asie.
