La pandémie mondiale de coronavirus COVID-19 ravage le monde, touchant 185 pays et territoires et infectant 2,4 millions de personnes. Aujourd'hui, une équipe de scientifiques vise à faire la lumière sur les variantes des nouvelles souches de coronavirus en Inde, en montrant comment les changements correspondent à sa transmission et comment elle provoque la maladie. La recherche est publiée sur le serveur de pré-impression bioRxiv.
Le nouveau coronavirus, officiellement appelé coronavirus respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2), est apparu pour la première fois sur un marché de fruits de mer à Wuhan City, dans la province du Hubei en Chine en décembre 2019. À partir de février, le virus a fait des ravages en Corée du Sud, en Iran, Italie et Espagne. De là, il s'est répandu à travers l'Europe et aux États-Unis. Les États-Unis sont désormais l'épicentre du virus, avec plus de 759 000 cas signalés et plus de 40 000 décès. L'Espagne, l'Allemagne, la France et le Royaume-Uni ont tous signalé une augmentation des cas, car de nombreux pays sont désormais en lock-out pour empêcher la propagation du virus.
Nouveau coronavirus SARS-CoV-2 Micrographie électronique à transmission d'une particule de virus SARS-CoV-2, isolée d'un patient. Image capturée et améliorée en couleurs au NIAID Integrated Research Facility (IRF) de Fort Detrick, Maryland. Crédits: NIAID
Variantes du nouveau coronavirus
Connaître les variantes du virus peut aider les scientifiques à déterminer le comportement du virus et comment il affecte les populations. De cette façon, les gouvernements peuvent imposer des mesures sanitaires efficaces pour endiguer la propagation du virus, y compris des mesures de distanciation sociale.
Pour l'instant, il n'y a pas de vaccins et de médicaments approuvés pour le SRAS-CoV-2, le virus qui cause COVID-19, et leur développement est un défi important. Le SARS-CoV-2 a de l'ARN comme matériel génétique et il est fréquemment muté. Comprendre la nature de la mutation peut aider à développer un médicament potentiel. En outre, cela peut donner des indications pour comprendre le prochain cycle de mutation dans le génome viral. Par conséquent, il est essentiel de comprendre la nature de la variation dans différentes souches du nouveau virus.
L'étude
Les chercheurs du Département des biosciences et du Bioengineering Indian Institute of Technology en Inde ont publié leurs résultats de l'analyse de la séquence du génome entier des séquences du génome viral soumises en Inde. Les données consistent en 440 séquences génomiques collectives de génomes, qui provenaient des projets SRA, GISAID et GenBank du monde entier. Vingt-huit souches différentes ont été identifiées dans le rapport.
L'équipe a étudié l'alignement des séquences des séquences du génome et a découvert qu'il y avait une nouvelle mutation dans le gène NSP3 des souches indiennes du SRAS-CoV-2. Il y a également des changements réguliers et fréquents du monde entier. Les changements remontent à mars, alors qu'ils n'étaient pas présents dans les échantillons prélevés en janvier dans la ville de Wuhan, ce qui suggère que la souche virale a muté.
L'Inde compte plus de 17 000 cas confirmés de coronavirus, avec 559 décès. Cependant, le pays est soupçonné d'avoir plus de cas que ce qui est signalé car les tests sont limités. Avec le nombre croissant de cas, le virus pourrait avoir changé pour améliorer sa transmission et sa virulence, ce qui décrit la gravité de l'infection virale.
L'observation de l'équipe montre que deux des premiers échantillons prélevés auprès de patients ayant des antécédents de voyage en Chine ont subi un échantillonnage avec un intervalle de trois jours. Le deuxième échantillon d'un patient a présenté une modification du gène, ce qui suggère que le patient peut avoir été infecté à la fois par le type S et le type L de la souche virale.
La souche de type L est jugée plus agressive, tandis que la type S est celle qui s'est répandue en Chine. La prévalence du type L a diminué après début janvier, et le type S plus courant est plus fréquent aujourd'hui, grâce à des mesures de quarantaine qui peuvent avoir réduit la capacité du type agressif à se propager.
Analyser les séquences du génome
L'étude des séquences du génome et des éventuelles souches virales peut guider les scientifiques dans le développement de vaccins et de traitements contre l'infection par le SRAS-CoV-2. Dans la population indienne, la nouvelle incorporation d'une ou plusieurs mutations peut être liée à sa transmission. Les changements observés peuvent être ajoutés à un groupe de changements dans le virus dans le pays.
Cette information est cruciale pour le gouvernement afin de planifier une série de mesures pour freiner la propagation du virus dans les pays peuplés, l'Inde étant le deuxième pays le plus peuplé au monde. Les scientifiques du monde entier craignent que si le virus se propage rapidement dans le pays, il submergera considérablement son système de santé.
« Il y a un besoin émergent de partager davantage de données publiques de la communauté indienne pour suivre les nouveaux sous-types du virus, l'impact des changements qu'il intègre et où se situe le hotspot pour la thérapeutique. L'Inde observe l'augmentation rapide du nombre de malgré le verrouillage des pays, il analyse les souches virales plus cruciales « , a conclu l'équipe.
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