Des scientifiques des National Institutes of Health (NIH) ont développé une nouvelle méthode de préparation d’échantillons pour détecter le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. La méthode contourne l’extraction du matériel d’ARN génétique du virus, simplifiant la purification des échantillons et réduisant potentiellement le temps et le coût des tests. La méthode est le résultat d’une collaboration entre des chercheurs du National Eye Institute (NEI), du NIH Clinical Center (CC) et du National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR).
Les tests de diagnostic restent un outil crucial dans la lutte contre la pandémie de COVID-19. Les tests standard de détection du SRAS-CoV-2 consistent à amplifier l’ARN viral à des niveaux détectables à l’aide d’une technique appelée PCR quantitative de transcription inverse (RT-qPCR). Mais d’abord, l’ARN doit être extrait de l’échantillon. Les fabricants de kits d’extraction d’ARN ont eu du mal à répondre à la demande pendant la pandémie de COVID-19, entravant la capacité de test dans le monde entier. Avec l’émergence de nouvelles variantes virales, le besoin de tests meilleurs et plus rapides est plus grand que jamais.
Une équipe dirigée par Robert B. Hufnagel, MD, Ph.D., chef de l’unité de génétique médicale et de génomique ophtalmique du NEI, et Bin Guan, Ph.D., membre du laboratoire de génomique ophtalmique du NEI, a utilisé un agent chélateur fabriqué par la société de fournitures de laboratoire Bio-Rad appelé résine Chelex 100 pour préserver l’ARN du SRAS-CoV-2 dans les échantillons pour la détection par RT-qPCR.
« Nous avons utilisé des échantillons de nasopharynx et de salive avec diverses concentrations de virions pour évaluer s’ils pouvaient être utilisés pour la détection directe d’ARN », a déclaré Guan, l’auteur principal d’un rapport sur la technique, publié cette semaine dans iScience. « La réponse était oui, avec une sensibilité nettement élevée. De plus, cette préparation a inactivé le virus, ce qui permet au personnel de laboratoire de manipuler des échantillons positifs en toute sécurité. »
L’équipe de Hufnagel a fait sa découverte en testant une variété de produits chimiques à l’aide d’échantillons synthétiques et humains pour identifier ceux qui pourraient préserver l’ARN dans des échantillons avec une dégradation minimale tout en permettant la détection directe du virus par RT-qPCR.
Pour valider le test, Blake M. Warner, DDS, Ph.D., MPH du NIDCR, et son équipe ont collecté des échantillons de patients (sur le protocole de recherche NIH IRB 20-D-0094) et les ont stockés dans un support de transport viral ou dans le nouveau développé un tampon de résine chélateur au NIH Symptomatique Testing Facility.
Les échantillons dans les milieux de transport viral ont été testés par l’équipe de test COVID-19 du centre clinique du NIH, dirigée par Karen M. Frank, MD, Ph.D., à l’aide d’une extraction d’ARN conventionnelle et de tests RT-qPCR. Les échantillons dans le tampon de résine chélatante ont été chauffés et l’ARN viral a ensuite été testé par RT-qPCR. La nouvelle préparation a considérablement augmenté le rendement d’ARN disponible pour les tests, par rapport à la méthode standard.
Nous pensons que cette nouvelle méthodologie présente des avantages évidents en termes d’augmentation de la sensibilité, des coûts et des économies de temps pour les tests. La méthode stabilise l’ARN à température ambiante pour un transport, un stockage et une manipulation plus faciles en milieu clinique. »
Robert B. Hufnagel, MD, Ph.D., chef de l’unité de génétique médicale et de génomique ophtalmique du NEI
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