Une chose est devenue évidente dans la pandémie actuelle de COVID-19. Le diagnostic et le traitement précoces, si nécessaire, sont essentiels pour empêcher la progression de la maladie vers des stades critiques et potentiellement mortels où le taux de mortalité est beaucoup plus élevé qu'autrement. Un diagnostic rapide est également essentiel pour contenir les épidémies en permettant une recherche efficace des contacts dans les hôpitaux ainsi que dans les communautés.
Une nouvelle étude sur le serveur de préimpression medRxiv* en mai 2020 compare la fiabilité des résultats des tests obtenus à partir d'écouvillons salivaires vs nasopharyngés (NPS), suggérant la faisabilité de s'appuyer sur les premiers comme un moyen plus rapide et plus facile d'obtenir des échantillons d'essai avec un risque d'exposition plus faible et moins de besoin de formation et équipement protecteur.
La justification de l'utilisation d'échantillons de NPS pour le diagnostic de COVID-19 par RT-PCR est l'abondance des récepteurs de l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) dans les voies respiratoires supérieures.
Cependant, l'ACE2 se trouve également à des niveaux élevés sur la langue, ce qui explique pourquoi la bouche est un site privilégié pour l'infection par le virus, comment la salive peut transmettre l'infection avant même l'apparition des symptômes et la survenue d'une ageusie. Cela indique la forte possibilité d'utiliser la salive pour le diagnostic de COVID-19, avec une sensibilité encore meilleure que le NPS.
La présente étude vise à explorer la valeur diagnostique des deux types d'échantillons de manière prospective.
Sommaire
Comparaison des échantillons de NPS et de salive appariés
Les chercheurs ont collecté des paires d'échantillons, un NPS et une salive, de tous les cas suspects de COVID-19 ainsi que de patients référés avec le diagnostic de COVID-19, et testés par RT-PCR.
Il y avait 33 patients, 9 avec une maladie confirmée et 24 cas suspects. La plupart des anciens sous-groupes présentaient des symptômes légers ou modérés. L'âge médian était de 70 ans.
Le jour médian de prélèvement des échantillons pour les patients confirmés était de 10 jours après le début des symptômes. Tous les échantillons de NPS dans ce groupe de 9 étaient positifs pour le virus, et dans 90% des cas, également dans la salive. Le seul échantillon de salive négatif est survenu 19 jours après l'apparition des symptômes.
La charge virale moyenne était de 6,1 et 4,2 dans le NPS et la salive, respectivement. Cela était dû à la dernière période de collecte chez de nombreux patients. À des moments antérieurs, la charge virale était équivalente dans les deux groupes.
Tous les patients ont été mis sous favipiravir et une PCR a été effectuée après soulagement des symptômes pour évaluer la date possible de sortie. Tous les échantillons (11/27) dans les deux semaines suivant l'apparition des symptômes étaient positifs dans les deux types d'échantillons, mais pas dans tous les cas après ce point. Il semblerait que la salive perd la positivité virale plus tôt que les échantillons NPS.
Qu'est-ce que l'étude a révélé?
Sur 27 échantillons de NPS et de salive prélevés sur 24 patients suspects, les deux types d'échantillons se sont révélés négatifs pour le virus dans tous les cas.
Les chercheurs citent des taux tout aussi impressionnants de positivité virale dans des échantillons de salive, dans des études provenant de différentes parties du monde, y compris Hong Kong, Italie, New Haven et Australie. Ils commentent: «Pris ensemble, ces résultats soutiennent systématiquement l'utilisation de la salive comme une alternative efficace aux tampons nasopharyngés pour le diagnostic et le dépistage de COVID-19. »
Il est connu que la charge virale dans la salive est la plus élevée au début des symptômes, en particulier au cours de la première semaine. Elle descend ensuite avec le temps. L'étude actuelle confirme ces résultats, le virus étant détectable dans tous les échantillons de salive prélevés dans les deux semaines suivant le premier symptôme.
Évaluation de la clairance virale à l'aide de tests de salive
En utilisant la PCR, les virus vivants et morts ne peuvent pas être distingués. Des études en Corée du Sud suggèrent que la persistance de particules virales mortes dans le nasopharynx pourrait entraîner des faux positifs.
D'un autre côté, l'étude actuelle suggère que les résultats de la PCR deviennent négatifs dans la salive plus tôt que dans le NPS, ce qui pourrait signifier que la salive élimine les particules virales mortes de la bouche plus efficacement. Cela pourrait faire des tests de salive un meilleur moyen d'examiner la clairance du virus du corps dans les cas de COVID-19.
Deux autres études faisant la même comparaison ont trouvé des résultats contradictoires. Alors que l'un a déclaré une charge virale plus élevée dans la salive par rapport au NPS, l'autre a déterminé que la sensibilité de détection était plus faible pour la salive, en utilisant la TDM comme référence.
Sensibilité de la salive par rapport au NPS
L'étude actuelle souligne que le moment de la collecte des échantillons est un facteur déterminant la positivité du test. À des moments antérieurs, à la fois la salive et le NPS montrent des taux de résultats positifs équivalents, mais cela change à mesure que le temps s'écoule depuis l'apparition des symptômes.
Certaines raisons pourraient inclure la différence dans le moment de l'échantillonnage, car aucun échantillon n'a été prélevé au cours de la première semaine suivant l'apparition des symptômes lorsque la charge virale salivaire est la plus élevée. Des variations dans la méthode d'échantillonnage pourraient également être un facteur dans les différences observées de sensibilité de l'échantillon.
Par exemple, l'étude actuelle a utilisé 1 ml de salive par rapport à un tiers d'une tasse dans une autre étude. La méthodologie de collecte du NPS est cependant restée hautement reproductible et fiable dans la présente étude, contrairement à certaines autres. L'utilisation du favipiravir peut également avoir joué un rôle dans la clairance virale rapide de la cavité buccale.
Les enquêteurs résument: «Étant donné les avantages importants de la collecte de salive qui ne nécessite pas de spécialistes des agents de santé et d'équipement de protection, nos résultats ainsi que des études récentes soutiennent l'utilisation de la salive comme alternative non invasive aux écouvillonnages nasopharyngés pour faciliter grandement les tests de PCR généralisés.»
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
