La maladie à coronavirus (COVID-19), causée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), continue de se propager à travers le monde. À ce jour, plus de 95 millions de cas d’infection par le SRAS-CoV-2 ont été signalés dans le monde. Au cours des derniers mois, de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 sont apparues, plus virulentes.
Une nouvelle variante préoccupante du SRAS-CoV-2, appelée 202012/01, a commencé à se propager en Angleterre fin octobre. Une nouvelle étude publiée sur le serveur de pré-impression medRxiv * a constaté que 60% des cas quotidiens de COVID-19 examinés par les laboratoires du phare d’Alderley Park étaient liés à 202012/01, également connu sous le nom de lignée B.1.1.7 ou 20B / 501Y.V1. Cela suggère une propagation rapide de la nouvelle variante à travers le pays.
Sommaire
La nouvelle variante
Le 14 décembre 2020, les autorités sanitaires du Royaume-Uni et d’Irlande du Nord ont signalé le Variant of Concern 202012/01 à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) après l’avoir identifié par séquençage génomique viral. La nouvelle variante a par la suite été identifiée dans d’autres pays
Bien que 202012/01 soit considéré comme à propagation rapide et facilement transmissible, il ne provoque pas de symptômes plus graves.
Les scientifiques craignent que les nouveaux vaccins contre le SRAS-CoV-2, dont certains sont déjà utilisés, ne protègent pas contre 202012/01.
La variante 202012/01 contient 14 mutations qui entraînent des changements d’acides aminés et trois délétions. L’une des mutations, appelée N501Y, modifie un acide aminé dans les six résidus clés du domaine de liaison au récepteur (RBD), ce qui le rend plus étroitement lié aux récepteurs cellulaires. Cela signifie qu’il peut infecter plus facilement les gens.
Test TaqPath ™ COVID 19, détection du gène S par rapport à ORF1ab et N-gène.
Rien qu’au Royaume-Uni, plus de 1 100 cas de la nouvelle variante ont été détectés au 13 décembre 2020. À ce jour, 202012/01 a été signalé dans au moins 31 pays, dont l’Australie, le Danemark, le Canada, les Philippines, la France, l’Italie, les Pays-Bas, Hong Kong, le Japon, Singapour et le Nigéria, entre autres.
L’étude
L’étude, dirigée par des scientifiques de la Medicines Discovery Catapult, Lighthouse Labs, Alderley Park au Royaume-Uni, a rapporté qu’à la fin du mois de décembre 2020, 60% des résultats de tests positifs quotidiens en laboratoire étaient liés à la nouvelle variante à l’étude.
L’Alderley Park (AP) Lighthouse Lab (LHL) teste la présence de l’ARN du SARS-CoV-2 en utilisant le test ThermoFisher TagPath COVID-19 pour la détection en temps réel de la réaction en chaîne par transcription inverse-polymérase SRAS-CoV-2 dans les prélèvements nasaux et de la gorge.
Lorsque l’équipe a rassemblé et étudié les tests qu’elle a traités au cours des derniers mois, l’impact de la nouvelle variante sur les tests de diagnostic a augmenté rapidement en décembre 2020, passant à plus de 70% des résultats de tests positifs forts détectés au début de janvier 2021.
Carte de l’échec de la détection du gène S, associée au nouveau variant SARS-CoV-2. Données collectées à Alderley Park, Lighthouse Labs, du 1er au 21 décembre 2020.
Le laboratoire a également noté que des mutations de la protéine Spike, généralement observées dans le VOC 202012/01, étaient présentes dans les cas d’échec de détection de la cible du gène S. L’échec de la détection de la cible du gène S est lié à l’émergence de la nouvelle variante préoccupante. En outre, certaines régions où le nouveau variant a été détecté sont illustrées par l’absence de détection du gène S dans le test TagPath utilisé dans l’étude. Cela correspond aux domaines qui signalent maintenant des niveaux en flèche d’hospitalisation des patients.
«Une surveillance moléculaire continue sera nécessaire pour garantir qu’aucune nouvelle variante du gène S ne co-émerge avec VOC 202012/01», notent les chercheurs dans l’article.
Variante à diffusion rapide
L’émergence et la propagation actuelles de la nouvelle variante du SRAS-CoV-2 soulignent la nécessité de renforcer les mesures de contrôle des infections. Certains pays ont imposé des verrouillages pour empêcher la propagation virale. Les pays avec une augmentation des cas de COVID-19 liés à la nouvelle variante devraient également renforcer le respect des protocoles de santé, y compris le lavage régulier des mains, la distanciation sociale et éviter les endroits surpeuplés.
À ce jour, il y a plus de 2 millions de décès liés à la pandémie dans le monde. Les États-Unis signalent le plus grand nombre de cas, atteignant plus de 24 millions.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
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