Une étude récente publiée sur Place de la recherche* serveur de préimpression et actuellement à l’étude au Journal de virologie ont étudié et comparé la transmissibilité des variantes préoccupantes du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère-2 (SRAS-CoV-2).
Le SRAS-CoV-2, l’agent étiologique de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), a infecté plus de 423 millions de personnes dans le monde. Depuis le début de la pandémie de COVID-19, le SRAS-CoV-2 ancestral ou de type sauvage a acquis différentes mutations évoluant et émergeant sous forme de nouvelles variantes. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) les a classés en variants préoccupants (VOC), variants d’intérêt (VoI) et variants sous surveillance (VuM). Jusqu’à présent, cinq COV ont été détectés, à savoir les variantes Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron. Ces virus mutants présentent des caractéristiques plus récentes en plus d’améliorer leur pathogénicité et leur infectiosité.
Sommaire
L’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué la transmissibilité des COV, en calculant le nombre de reproduction de base (R0), le nombre de reproduction variable dans le temps ou effectif (R) et le taux de croissance. R0 est une mesure représentant le nombre d’infections secondaires causées par un cas infecté dans une population sensible et estimée généralement au début de toute épidémie infectieuse. R désigne le nombre moyen de cas secondaires par un sujet infectieux à un moment précis tout au long de la période de contagiosité.
Les données sur les séquences du SRAS-CoV-2 ont été extraites de référentiels accessibles au public comme l’initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID) et les bases de données CoVariants (covariants.org). Le filtrage des données brutes a supprimé les séquences non COV et l’ensemble de données final contenait les séquences de 10 pays signalant le plus grand nombre de séquences pour chaque COV. Les courbes épidémiques ont été obtenues selon les COV en utilisant des modèles de régression locaux. R0 pour chacun des cinq COV a été calculé comme R0 = 1/[M(-r)] avec r étant le taux de croissance et M, la fonction génératrice de moment de l’infection.
Résultats
Les auteurs ont noté que le R le plus élevé0 la valeur était pour la variante Omicron avec un taux de croissance de 0,195 en Afrique du Sud. L’analyse des COV a révélé que le R le plus élevé0 les valeurs des COV alpha, bêta, gamma et delta étaient de 1,22, 1,19, 1,21 et 1,38 signalées respectivement au Japon, en Belgique, aux États-Unis (É.-U.) et en France. Le taux de croissance pour les variantes Alpha et Gamma était de 0,06 ; 0,05 et 0,09 pour les variantes Beta et Delta.
Le taux de croissance moyen était le plus élevé pour les COV Omicron (0,13), suivis des COV Delta (0,046), Alpha (0,038), Gamma (0,03) et Beta (0,027). De même, la moyenne R0 les valeurs suivaient le même schéma avec la variante Omicron estimée avoir un R moyen0 de 1.559. Le R moyen0 les valeurs pour les autres variantes se sont avérées être de 1,17 (Delta), 1,14 (Alpha), 1,11 (Gamma) et 1,1 (Beta).
conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que le COV SARS-CoV-2 Omicron présente la transmissibilité la plus élevée parmi tous les COV SARS-CoV-2. Le R le plus élevé0 les valeurs dans neuf pays étaient dues à la variante Omicron, et la seule exception était la France, avec Delta VOC étant le plus transmissible (R0 = 1,38). Conformément à d’autres études, les données présentées dans l’étude soutiennent que la variante Omicron est la variante la plus transmissible du SRAS-CoV-2 connue à ce jour. Notamment, l’étude n’a analysé qu’une petite proportion des infections en fonction de la disponibilité des séquences génomiques et pourrait donc ne pas être représentative des mesures en temps réel.
*Avis important
Research Square publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.