Une étude publiée dans la revue Maladies infectieuses émergentes fournit un aperçu complet de l’évolution des virus H3 de la grippe aviaire en Chine.
Étude : Évolution du virus de la grippe aviaire (H3) avec propagation aux humains, Chine. Crédit d’image : Susan Hodgson/Shutterstock
Sommaire
Arrière-plan
Une forte prévalence du sous-type H3 du virus de la grippe aviaire (VIA) a été observée chez les oiseaux aquatiques à l’échelle mondiale. Il provoque une infection asymptomatique ou légèrement symptomatique chez les oiseaux. De plus, une forte capacité de transmission entre espèces fait du virus une source potentielle pour l’origine d’autres virus de la grippe animale.
Le premier cas humain d’infection par le virus AIV (H3N8) a été détecté en Chine en avril 2022. Le patient présentait une fièvre récurrente et une pneumonie sévère. Le deuxième cas avec des symptômes de grippe bénins a été détecté en mai 2022. Ces cas ont soulevé une inquiétude mondiale quant à la possibilité d’une menace importante pour la santé publique par les AIV H3N8.
En Chine, une forte circulation des VIA H3 a été observée chez les volailles et les oiseaux sauvages. De nombreuses études ont rapporté des combinaisons de H3 avec plusieurs sous-types de neuraminidase (NA), en particulier H3N2 et H3N8. Ces virus appartiennent à la lignée eurasienne, très répandue parmi les oiseaux sauvages d’Eurasie. Les événements d’échange génétique (réassortiments) entre différents AIV se produisent principalement sur les marchés de volailles vivantes.
Dans la présente étude, les scientifiques ont mené une surveillance du VIA au niveau national dans les environnements associés à la volaille de 2009 à 2022 et effectué une analyse génétique à grande échelle pour fournir un aperçu complet de l’évolution des VIA H3 en Chine.
Répartition spatiale et temporelle du sous-type H3 du virus de la grippe aviaire isolé dans des environnements associés à la volaille, Chine, 2009-2022. A) Distribution spatiale des virus environnementaux de sous-type H3. Un isolat H3 sans sous-type neuraminidase (NA) a été désigné H3Nx. Les provinces où des infections humaines par le H3N8 ont été signalées sont notées. B) Nombre d’isolats environnementaux de sous-type H3 par an. Ce chiffre comprend tous les isolats H3 séquencés par le Centre national chinois de la grippe.
Étudier le design
Au cours de la période d’étude, les scientifiques ont collecté des échantillons d’environnements liés à la volaille dans 31 provinces chinoises. Ils ont suivi les directives de surveillance AIV du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies pour le prélèvement d’échantillons.
A partir de ces échantillons, ils ont isolé et séquencé 188 AIV H3 et déposé les séquences dans la base de données GISAID EpiFlu. En alignant les séquences avec les séquences disponibles de la base de données GISAID EpiFlu, ils ont reconstruit les phylogénies à vraisemblance maximale de tous les segments viraux.
Ils ont en outre classé les arbres phylogénétiques en lignées ou sous-lignées divergentes. En outre, ils ont estimé le temps jusqu’à l’ancêtre commun le plus récent (tMRCA) des virus humains H3N8.
Observations importantes
L’analyse de séquençage à grande échelle menée dans le cadre de l’étude a identifié quatre sous-lignées (Chine-1, Chine-2, Chine-3 et Chine-4) des AIV H3 chez les canards domestiques en Chine. Les gènes de l’hémagglutinine (HA) de ces sous-lignées ont évolué à partir de la lignée eurasienne. Ces virus ont été établis dans des volailles chinoises via de multiples introductions d’oiseaux sauvages d’Eurasie.
Les données de surveillance ont révélé que les VIA H3 appartenant aux sous-lignées Chine-1 et Chine-2 co-circulent actuellement chez les volailles. Parmi ces sous-lignées, China-1 prédomine. De plus, les données ont révélé que le H3N2 prédominait parmi les virus H3 dans les environnements liés à la volaille entre 2009 et 2022.
L’analyse phylogénétique a révélé un échange génétique intense entre les VIA H3, conduisant à la génération de plusieurs génotypes. Un total de 126 génotypes ont été identifiés à partir de 284 AIV H3 entre 2009 et 2022. Une analyse plus approfondie a révélé que 73 génotypes (G1–G73) ont émergé de 212 génomes H3N2, 11 génotypes (G1–G11) de 14 H3N3, 17 génotypes (G1–G17 ) de 25 H3N6 et 25 génotypes (G1–G25) de 33 H3N8.
Bien que la plupart des génotypes soient transitoires, H3N2 G23 semble s’être stabilisé récemment et circule principalement dans le sud de la Chine. H3N8 G25, qui a montré une transmission inter-espèces de la liaison à l’homme, s’est avéré acquérir des gènes HA de la sous-lignée China-1, des gènes NA de la lignée nord-américaine N8 et les 6 gènes internes de la sous-lignée H9N2 ZJ-HJ/07 de la volaille virus.
L’estimation du tMRCA des 8 segments a révélé que les virus H3N8 G25 ont été générés par des réassortiments entre H3N2 G23, H3N8 d’oiseau sauvage et H9N2 de volaille avant février 2021. De plus, les résultats ont révélé que les virus H3N8 G25 acquièrent des mutations adaptées à l’homme, telles que 228G/S dans le gène HA et E627K/V dans le gène PB2, après avoir infecté des humains. Ces observations mettent en évidence le potentiel des VIA H3N8 nouvellement apparus dans la création de futures pandémies.
Importance de l’étude
L’étude donne un aperçu détaillé de l’évolution des AIV H3 en Chine. Selon les résultats de l’étude, les virus H3N8 G25, qui ont une capacité accrue à se lier aux récepteurs humains et une faible immunité de la population, ont soulevé des inquiétudes mondiales quant à la possibilité de futures pandémies.
Étant donné que les mutations adaptées aux mammifères et de résistance aux médicaments se produisent rarement dans les AIV H3, les scientifiques soulignent la nécessité de stocks de vaccins et de médicaments pour la préparation potentielle à une pandémie. De plus, ils recommandent une surveillance continue des AIV H3 et une évaluation des risques pour une éventuelle préparation à une pandémie.
