Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de prépublication, les chercheurs ont évalué l’émergence et la propagation des variantes préoccupantes (COV) du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) au Canada.
L’épidémiologie basée sur les eaux usées (WBE) peut déterminer la proportion d’ARN viral en appliquant des techniques de réaction en chaîne par polymérase (PCR) ou de séquençage. WBE aide à informer le public et les responsables de la santé sur les épidémies et les tendances de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Ainsi, les données cliniques et de surveillance des eaux usées peuvent être exploitées pour améliorer les estimations de la prévalence des COV.
Sommaire
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé rétrospectivement la dynamique de l’émergence et de la propagation des COV du SRAS-CoV-2 à l’aide de données cliniques et sur les eaux usées au Canada. L’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) enregistre les données cliniques sur les cas de COVID-19. Certaines entrées contiennent des données sur la variante/lignée infectante du SRAS-CoV-2 déterminées par séquençage du génome ou dépistage via un test discriminatoire.
L’ASPC, Statistique Canada et le Laboratoire national de microbiologie (LNM) ont lancé un programme pilote en octobre 2020 pour tester le SRAS-CoV-2 dans des échantillons d’eaux usées prélevés deux ou trois fois par semaine 15 dans des usines de traitement des eaux usées de plusieurs villes, dont Edmonton, Montréal, Vancouver, Halifax et Toronto. De plus, l’échantillonnage des eaux usées a été effectué cinq fois par semaine dans trois usines de Winnipeg.
Des échantillons provenant de ces villes ont été expédiés au LNM pour analyse PCR quantitative (qPCR). De plus, les chercheurs ont inclus des données qPCR sur les eaux usées échantillonnées trois fois par semaine à Saskatoon par l’Université de la Saskatchewan. Le LNM et l’Université de la Saskatchewan ont quantifié la proportion de COV dans les eaux usées. Les auteurs se sont concentrés sur quatre COV du SRAS-CoV-2 (Alpha, Gamma, Delta et Omicron) dans cette étude.
À l’aide des dossiers de l’ASPC, les cas cliniques infectés par des COV ont été identifiés et les intervalles de confiance (IC) pour les proportions de chaque variante ont été calculés. Pour calculer le taux de croissance, les auteurs ont supposé que les proportions dépendant du temps des COV du SRAS-CoV-2 suivaient un modèle de croissance logistique au cours de chaque vague. Un modèle de croissance logistique similaire avec une structure hiérarchique a été appliqué pour agréger les données de surveillance clinique au niveau provincial en estimations nationales.
Les proportions de COV mesurées dans les eaux usées étaient les pourcentages d’allèles variants détectés par les tests. En raison de données limitées, les données sur les eaux usées n’ont pas été utilisées pour dériver des IC ou ajuster des modèles logistiques. Par conséquent, le taux de croissance de chaque variante a été évalué en utilisant uniquement les données cliniques. Néanmoins, les proportions de COV dans les eaux usées ont été comparées à celles de la surveillance clinique pour évaluer les similitudes.
Résultats
Les résultats des provinces suivantes avec des échantillons de grande taille ont été rapportés – Alberta, Colombie-Britannique, Manitoba, Terre-Neuve-et-Labrador, Ontario, Québec et Saskatchewan. Les auteurs ont observé des tendances similaires dans les proportions de COV du SRAS-CoV-2 dans toutes les provinces dans les données cliniques et sur les eaux usées. À l’été 2021, les COV alpha, gamma et delta ont probablement cocirculé en Alberta, en Saskatchewan et en Colombie-Britannique.
Les transitions COV du SARS-CoV-2 sont apparues plus rapidement au Québec et en Ontario. La proportion de COV non identifiés dans les données cliniques de chaque province était inférieure à 80 %, sauf au début de la vague Alpha et après juillet 2021 au Manitoba et au Québec. Les proportions de COV du SARS-CoV-2 dans les eaux usées ont montré des tendances similaires à celles mesurées par la surveillance clinique, en particulier pour la variante Omicron.
Le Gamma VOC n’a circulé de manière significative qu’en Colombie-Britannique, alors que les trois autres COV d’intérêt ont circulé dans toutes les provinces. Le Delta VOC s’est propagé à des vitesses similaires dans toutes les provinces, Terre-Neuve-et-Labrador étant la seule valeur aberrante, probablement en raison de la petite taille de l’échantillon. De même, le COV d’Omicron s’est propagé à un rythme similaire dans les provinces. Le SARS-CoV-2 Delta est devenu prédominant en quatre mois.
À l’opposé, le COV d’Omicron était la principale variante en circulation en un mois. Des estimations a posteriori suggéraient que les COV Alpha, Delta et Omicron étaient répartis dans tout le Canada au début de janvier 2021, juillet 2021 et janvier 2022, respectivement. En revanche, la proportion nationale maximale de la variante Gamma, qui ne s’est pas propagée à travers le Canada, était d’environ 25 %.
conclusion
Pour résumer, l’étude a rapporté la propagation des COV alpha, gamma, delta et Omicron du SRAS-CoV-2 dans sept provinces du Canada à l’aide de données de surveillance des eaux usées et cliniques. Les chercheurs ont observé une synchronisation dans l’introduction des COV du SRAS-CoV-2 dans toutes les juridictions avec des vitesses similaires pour chaque variante. Cela était remarquable, compte tenu des différences entre les provinces dans la mise en œuvre des mesures de santé publique pour la gestion de la COVID-19.
SARS-CoV-2 Gamma et Delta, qui abritent peu de mutations, ont mis quatre mois pour devenir la variante dominante. En revanche, la variante Omicron, qui porte plusieurs nouvelles mutations, est devenue prédominante en moins d’un mois. Dans l’ensemble, la WBE peut compléter la surveillance clinique et servir d’indicateur viable de la circulation des COV du SRAS-CoV-2 dans les communautés.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
