FastUKB est un outil innovant spécialement développé pour rationaliser et améliorer les workflows de recherche en utilisant la biobanque britannique, abordant efficacement les limites clés des plateformes existantes telles que la plate-forme d'analyse de recherche biobanque britannique (RAP). L'une de ses fonctionnalités les plus notables est sa fonctionnalité révolutionnaire d'extraction des données en vrac, qui transforme les tâches de codage traditionnellement complexes en opérations de clics intuitifs. Ceci est rendu possible grâce à une interface conviviale équipée de menus déroulants et d'une structure d'arborescence variable hiérarchique, permettant aux chercheurs de naviguer sans effort et de sélectionner les données dont ils ont besoin. Contrairement au RAP, qui empêche les utilisateurs de sélectionner seulement 30 variables à un temps – un obstacle significatif à l'efficacité analytique-FastukB permet l'extraction d'un nombre illimité de variables en une seule opération. De plus, il prend en charge l'extraction des données sur plusieurs entités, y compris les données des participants (englobant les informations démographiques de base et les phénotypes cliniques), les données de protéomique d'Olink_instance, les données génomiques, les données de neuroimagerie et d'imagerie cardiaque, les données métabolomiques et la surveillance de l'activité physique de l'activité_monitor, entre autres. Par rapport aux outils existants comme UKBrest et UKBtools, FastUKB se démarque en offrant des capacités d'extraction par lots plus larges, une correspondance automatisée sur le terrain et une barrière technique beaucoup plus faible, ce qui le rend accessible à un plus large éventail de chercheurs.
Au-delà de l'extraction des données, FastUKB fonctionne comme un centre complet de traitement et d'analyse de données intelligents, fournissant un support de bout en bout tout au long du processus de recherche, du nettoyage des données à une analyse statistique avancée. Son module de contrôle de la qualité médical intégré est conçu pour gérer les défis uniques des données britanniques biobanques, identifier et traiter automatiquement les valeurs manquantes marquées par des encodages spéciaux tels que -1, -3 et -7, et détecter les valeurs aberrantes basées sur une expertise médicale pour signaler des valeurs physiologiquement déraisonnables. De plus, il convertit le système de codage unique de UK Biobank en classifications standard familières aux chercheurs et valide la cohérence logique entre les variables connexes pour assurer la fiabilité de la fondation analytique. FastUKB simplifie également la tâche souvent longue de générer des tableaux caractéristiques de base qui répondent aux normes des revues médicales de haut niveau. En permettant aux utilisateurs de sélectionner des variables et des méthodes de regroupement, l'outil choisit automatiquement les méthodes statistiques appropriées basées sur le type de données et la distribution, effectue des tests statistiques pertinents pour calculer les valeurs P entre les groupes et génère la table de base de manière transparente. En outre, il offre un large éventail d'outils d'analyse statistique avancés, notamment la régression linéaire, la régression logistique, les modèles de risques proportionnels Cox, l'analyse des sous-groupes, l'analyse d'interaction, la notation des risques polygéniques et l'analyse de sensibilité – tous accessibles grâce à des paramètres simples, éliminant la nécessité d'un codage complexe.
Un autre avantage clé de FastUKB est son téléchargement de variable personnalisé et son système de correspondance intelligent, qui améliore considérablement la flexibilité et l'applicabilité de l'outil. Les chercheurs peuvent télécharger des listes d'ID personnalisées dans les formats CSV, XLSX ou TXT, et le système correspondra et extraitra intelligemment les données de ces échantillons spécifiques, facilitant une sélection d'échantillons précise pour diverses conceptions d'étude épidémiologiques telles que des études de cohorte et de présentation cas-témoins. Par exemple, dans les études de contrôle de cas, les utilisateurs peuvent télécharger des ID de groupe de contrôle appariés, et le système peut même identifier automatiquement les échantillons appariés les plus appropriés au sein de la biobanque britannique sur la base de variables spécifiées comme l'âge, le sexe et le statut socioéconomique. Ce système prend également en charge le téléchargement de variables personnalisées pour l'intégration avec les données brutes biobanques britanniques, y compris les données externes d'autres plateformes, les variables dérivées telles que les scores de risque de maladie, et assure un contrôle clair des versions de données pour distinguer les données originales et téléchargées par l'utilisateur.
FastUKB a déjà prouvé sa valeur dans les applications pratiques. Dans une étude explorant la relation entre les habitudes de sommeil, le risque génétique et la polyarthrite rhumatoïde incidente, l'outil a extrait efficacement les indicateurs de comportement du sommeil de 375 133 participants. De même, dans une étude étudiant les profils de métabolites du plasma liés au régime alimentaire Eat-Lancet et aux maladies inflammatoires de l'intestin, il a facilité le traitement de près de 900 métabolites, permettant aux chercheurs de se concentrer sur les questions scientifiques plutôt que sur les détails techniques. Bien qu'il soit actuellement adapté à la structure de données de Biobank et au système de codage variable de la Royaume-Uni, l'architecture modulaire de FastUKB est conçue pour l'évolutivité, le développement futur étendant potentiellement son cadre pour accueillir d'autres ensembles de données biomédicaux à grande échelle comme Finngen ou tous. En abaissant la barrière à l'accès et à l'analyse de grands ensembles de données biomédicaux, FastUKB démocratise la recherche, accélère le cycle de recherche, améliore la qualité de la recherche et contribue finalement à faire progresser les connaissances médicales et à traduire les résultats en pratique clinique.
