Impact de la propagation rapide du variant SARS-CoV-2 Omicron en Afrique australe

L’émergence et la propagation rapide d’un nouveau coronavirus, à savoir le coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), ont entraîné la pandémie de la maladie à coronavirus-2019 (COVID-19).

Depuis son apparition en 2019, ce virus n’a cessé d’évoluer via des mutations et a entraîné l’émergence de nombreuses variantes. Ces variantes sont différentes de la souche originale, qui a été signalée pour la première fois à Wuhan, en Chine, en termes de virulence, de transmission, d’évasion des réponses immunitaires et d’autres aspects.

Ces variantes ont été classées en variantes préoccupantes (VOC) et variantes intéressantes (VOI).

Fond

Les tout premiers COV étaient les variantes Alpha, Beta et Gamma qui ont augmenté le nombre d’infections au SRAS-CoV-2 dans le monde. Ces COV ont été remplacés par la variante Delta qui a été signalée comme plus virulente que les COV précédents. Les scientifiques ont découvert que la variante Delta évoluait dans plusieurs sous-lignées et que certaines des mutations étaient très spécifiques à un certain emplacement. Ces observations ont renforcé la croyance que les prochaines variantes seraient dérivées de la variante Delta. Bien que la variante Delta continuait de dominer dans l’hémisphère nord, on a signalé qu’elle diminuait en Afrique australe. Cependant, les scientifiques ont signalé l’émergence simultanée d’une variante, nommée Omicron, qui a été considérée comme le cinquième COV du SRAS-CoV-2 par l’Organisation mondiale de la santé.

Les scientifiques travaillent intensivement pour caractériser cette nouvelle variante et élucider sa trajectoire de transmission. Une nouvelle étude, publiée le medRxiv* serveur de préimpression, s’est concentré sur le profil génomique et la dynamique de transmission précoce d’Omicron. Cette étude a révélé la dominance de la variante Omicron dans les régions avec des niveaux élevés d’immunité de la population.

L’étude

Dans le cadre de la surveillance génomique hebdomadaire, quatre échantillons ont été collectés à Gaborone, au Botswana, et séquencés le 11 novembre 2021. Le 22 novembre 2021, le ministère de la Santé et du Bien-être du Botswana a été informé de la séquence inhabituelle, et ces séquences ont ensuite été téléchargé sur GISAID. Une épidémie de lignée similaire a également été signalée en Afrique du Sud. D’autres études génomiques ont confirmé l’émergence d’un nouveau COV, nommé Omicron. Fin novembre, l’Afrique du Sud et le Botswana ont connu une forte augmentation des cas de SRAS-CoV-2 dans toutes les provinces.

Pour comprendre quand et où cette variante est originaire, les auteurs ont analysé tous les génomes Omicron disponibles présents dans GISAID et la séquence génomique de la souche originale qui a émergé en 2019 a été utilisée comme séquence de référence. Des études préliminaires ont montré que les séquences BA.1/Omicron étaient un clade monophylétique enraciné dans la lignée B.1.1 (Nextstrain clade 20B) sans ancêtre basal clair. Le groupe de cette variante s’est avéré être phylogénétiquement distinct des autres COV ou VOI existants. Récemment, deux lignées apparentées ont émergé qui ont été désignées comme BA.2 et BA.3. Il est intéressant de noter que ces deux lignées partagent de nombreuses mutations caractéristiques, mais pas toutes, et possèdent elles-mêmes de nombreuses mutations uniques.

Cette étude s’est principalement concentrée sur BA.,1 car cette lignée se propage rapidement dans de nombreux pays et a été désignée sous le nom de COV Omicron. L’analyse phylogénétique bayésienne calibrée dans le temps a montré que le génome BA.1 d’Afrique australe a très probablement prévalu à partir du 9 octobre 2021 avec un taux de croissance exponentiel de 0,136, reflétant un temps de doublement de 5,1 jours. L’analyse phylogéographique spatio-temporelle a suggéré que la variante Omicron s’était transmise de la province de Gauteng en Afrique du Sud à sept des huit autres provinces et à deux régions du Botswana, à partir de fin octobre.

Par rapport à la souche de référence, Omicron porte quinze mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la région du pic. Cinq des mutations, à savoir G339D, N440K, S477N, T478K, N501Y, sont associées à une augmentation de la liaison au récepteur ACE2 de l’hôte. Sept des mutations du RBD sont associées à des impacts modérés à forts sur la liaison des anticorps neutralisants ciblés sur le RBD (NAb).

Les auteurs n’ont trouvé aucune preuve, basée sur des études phylogénétiques ou statistiques, sur les ancêtres des lignées BA.1 ou BA.2 ayant été dérivés par recombinaison. Les scientifiques ont révélé que la branche séparant BA.1/Omicron, de son ancêtre le plus récent B.1.1, soutenait fortement l’hypothèse selon laquelle l’évolution adaptative jouait un rôle central dans la divergence mutationnelle d’Omicron par rapport aux autres lignées B.1.1 SARS-CoV-2. De plus, en ce qui concerne l’intensité de la sélection, cette étude montre que trois gènes se sont peut-être intensifiés dans la lignée ancestrale Omicron. Ce sont le gène S, l’exonucléase et nsp6. Les scientifiques ont indiqué que ces modèles sélectifs montrent qu’au cours de sa propagation exponentielle actuelle, il y a de fortes chances que la variante Omicron évolue et modifie son profil de neutralisation. Cette étude estime que l’évasion partielle de la protection immunitaire est la raison de la propagation rapide de cette variante.

Conclusion

Cette étude présente certaines limites. L’estimation de la réplication d’Omicron a été basée sur les premières données de séquence et ces données pourraient être biaisées en raison d’effets stochastiques dans un contexte de faible incidence. De plus, en raison du manque de données fiables sur le niveau de protection immunitaire contre la variante Delta, les chercheurs n’ont pas pu estimer la transmissibilité ou l’évasion immunitaire d’Omicron. Les scientifiques ont suggéré qu’une surveillance étroite de la transmission de cette variante dans d’autres pays pourrait aider à établir le schéma de transmission de cette variante.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.