Depuis le début de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), plusieurs variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) sont apparues et ont systématiquement remplacé la variante dominante précédente. Comprendre les changements associés à l’infection par les nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 est considéré comme important du point de vue de la santé publique, de la clinique et de la science fondamentale.
Étude: Des directions incohérentes de changement dans la gravité des cas à travers les vagues successives de variantes du SRAS-CoV-2 suggèrent un avenir imprévisible. Crédit d’image : CROCOTHERIE / Shutterstock.com
Sommaire
Contexte
Les variants préoccupants (COV) du SRAS-CoV-2 sont associés à une transmissibilité accrue, à la gravité des cas et/ou à des différences antigéniques. Les trois COV qui ont eu le plus d’impact sur la pandémie de COVID-19 sont les variantes SARS-CoV-2 Alpha (B.1.1.7), Delta (B.1.617.2) et Omicron (B.1.1.529).
Avant l’émergence de la variante Omicron, la sous-lignée Delta AY.4.2 a remplacé les autres lignées Delta et était supposée devenir la souche dominante au Royaume-Uni au début de 2022. Cependant, sa propagation a été arrêtée par l’émergence ultérieure de la variante Omicron.
La sévérité d’une maladie provoquée par un agent pathogène lors de l’entrée dans une nouvelle espèce hôte à partir d’un réservoir zoonotique est généralement assez éloignée de ses optimums évolutifs. Pour le SRAS-CoV-2, les individus plus jeunes sont associés à une virulence plus faible, tandis que des maladies graves ont été signalées à un degré plus élevé dans les groupes d’âge plus âgés et ceux présentant des comorbidités. Par conséquent, les facteurs déterminant la transmission et l’évasion immunitaire sont très probablement considérés comme déterminant la direction de l’évolution plutôt que l’évolution de la virulence.
Une nouvelle étude publiée sur le serveur de prépublication medRxiv* visait à déterminer comment la gravité des variantes successivement dominantes du SRAS-CoV-2 a changé depuis le début de la pandémie.
À propos de l’étude
L’étude actuelle impliquait la génération de séquences génomiques à l’aide du protocole ARTIC Network pour différentes variantes à différentes périodes. Pour l’analyse Alpha, tous les génomes séquencés avec des métadonnées complètes entre le 1er novembre 2020 et le 30 janvier 2021 ont été inclus, tandis que l’analyse Alpha/Delta comprenait tous les échantillons séquencés avec des métadonnées complètes entre le 1er avril 2021 et le 30 juin 2021. .
Pour l’analyse Delta / AY.4.2, tous les échantillons séquencés avec des métadonnées complètes entre le 1er juillet 2021 et le 31 octobre 2021 ont été étudiés, tandis que l’analyse Delta / Omicron non-AY.4.2 comprenait tous les échantillons séquencés avec des métadonnées complètes entre décembre 1, 2021, et 31 décembre 2021. Toutes les séquences ont été obtenues à partir d’individus de moins de 18 ans, les patients hospitalisés atteints de COVID-19 étant exclus de l’étude.
Les chercheurs ont également collecté d’autres données liées telles que les informations sur l’admission à l’hôpital, la date d’admission, la date de sortie de l’hôpital, le sexe, l’âge au moment du diagnostic, le nombre de doses de vaccin, la réinfection et le nombre de comorbidités. La sévérité de l’infection pour les différentes variantes a également été évaluée.
Résultats de l’étude
Les cas Alpha confirmés étaient associés à une plus grande gravité par rapport à la lignée dominante non COV précédente (B.1.177), 37,2 % des infections Alpha analysées ayant des conséquences graves ou étant hospitalisées.
Une augmentation de la gravité des cas a été observée avec les infections Delta par rapport à Alpha, 6,7 % des cas ayant des résultats graves ou étant hospitalisés pour des infections Delta. En outre, les infections causées par la lignée AY.4.2 se sont avérées avoir une gravité similaire à celle des autres infections de la sous-lignée Delta. Les infections causées par Omicron se sont révélées moins graves que les variantes précédentes.
Comparaison de la gravité des cas selon l’âge entre les paires de lignées SARS-CoV-2 co-circulantes. La gravité clinique a été mesurée sur une échelle ordinale à quatre niveaux basée sur les résultats observés dans les 28 jours suivant un test positif : pas d’hospitalisation, hospitalisation, admission à l’ICE/HDU, décès. La première ligne compare B.1.177 et Alpha entre le 1er novembre 2020 et le 30 janvier 2021. La deuxième ligne compare Alpha et Delta entre le 1er avril 2021 et le 30 juin 2021. La troisième ligne compare les lignées Delta à AY.4.2 entre le 1er juillet 2021 et le 30 Septembre 2021. La quatrième ligne compare Delta et Omicron non-AY.4.2 entre le 1er décembre 2021 et le 31 décembre 2021.
conclusion
L’étude actuelle démontre que les variantes successives du SRAS-CoV-2 étaient associées à des différences incohérentes dans la gravité de la maladie. Par conséquent, les tendances historiques de la gravité ne peuvent pas être utilisées pour prédire la gravité des variantes futures. Cependant, le séquençage du génome peut aider à estimer la probabilité d’évasion immunitaire et la méthode d’entrée dans les cellules pour les nouvelles variantes.
Limites
Les échantillons avec seulement un génome séquencé sont inclus dans l’étude ; par conséquent, les échantillons incluent principalement des cas avec un Ct inférieur. Une deuxième limite de l’étude actuelle était la petite taille de l’échantillon.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
