Si le virus intègre des segments génétiques de l’hôte dans son génome, l’infection peut devenir chronique.
Pourquoi l’hépatite E devient-elle chronique chez certains patients et pourquoi les médicaments ne fonctionnent-ils pas ? Pour le savoir, une équipe de recherche internationale dirigée par des scientifiques de Bochum a observé pendant un an un patient atteint d’une infection chronique par l’hépatite E. Un séquençage répété de l'ARN du virus a montré que le virus incorporait diverses parties de l'ARN messager de l'hôte dans son génome. Cela a abouti à un avantage de réplication, ce qui peut avoir contribué à rendre l’infection chronique.
La soi-disant insertion de l’ARN de l’hôte peut éventuellement prédire la transition d’une infection aiguë vers une maladie chronique. »
Dr Daniel Todt, chef du groupe de recherche en virologie computationnelle, département de virologie médicale et moléculaire, Université de la Ruhr à Bochum, Allemagne
Les chercheurs rapportent dans la revue Nature Communications le 6 juin 2024.
Séquençage de la population virale
Environ 20 millions de personnes dans le monde contractent l’hépatite E chaque année. Normalement, l’infection guérit sans conséquences, mais elle peut mettre la vie en danger pour les femmes enceintes ou les personnes dont le système immunitaire est affaibli. Dans certains cas, cela devient chronique. Il n’existe pas de médicaments spécifiques efficaces. Le médicament antiviral à large spectre Ribavirine est également utilisé contre l’hépatite E, mais il ne fonctionne pas toujours.
Comment le virus peut-il échapper au système immunitaire ? Pourquoi l’infection devient-elle chronique et ne guérit-elle pas ? Les chercheurs ont voulu découvrir et analyser pour la première fois toutes les populations virales d'un patient infecté de manière chronique sur une période de plus d'un an. Ils ont examiné en détail plus de 180 séquences individuelles provenant d’échantillons de sang.
La réplication en culture cellulaire bénéficie de l’ARN de l’hôte
« Le virus de l'hépatite E possède dans son information génétique une région dite hypervariable, dans laquelle il peut incorporer diverses séquences d'ARN provenant de cellules hôtes », décrit Daniel Todt. Son équipe a pu montrer que la composition de cette région a énormément changé au cours de la période d’observation. De plus, de nombreuses compositions différentes se sont produites simultanément. Dans des expériences de culture cellulaire, il a été démontré que l’incorporation de l’ARN de l’hôte offrait un avantage de réplication : les virus modifiés pouvaient mieux se répliquer que d’autres. « Nous supposons que cela est en partie responsable du fait que l'infection devient chronique et que le traitement échoue », explique Daniel Todt.
Les chercheurs ont examiné la composition de l’ARN hôte incorporé au virus pour déterminer s’il existait des caractéristiques communes caractérisant les segments génétiques. « Cependant, nous n'avons pu détecter aucune similitude significative », explique Todt. Les séquences génétiques incorporées sont principalement celles qui sont très courantes dans les cellules hôtes, ce qui indique une sélection aléatoire.
« Il est possible que lors d'une infection par l'hépatite E, une course entre le virus et le système immunitaire se produise dans le corps », spécule Daniel Todt. Si le virus parvient à incorporer l’ARN de l’hôte avant que le système immunitaire ne combatte avec succès l’infection, cela peut conduire à une évolution chronique. « L'ARN hôte du génome viral pourrait, dans tous les cas, servir de biomarqueur dans la phase aiguë d'une infection, indiquant très tôt qu'elle est susceptible de devenir chronique. »
Les chercheurs prévoient d’étendre leurs études à de plus grandes cohortes de patients.
Financement
Les travaux ont été financés par le ministère fédéral de l'Éducation et de la Recherche dans le cadre du groupe de recherche junior « VirBio » et par la Fondation allemande pour la recherche. Un financement supplémentaire est venu du ministère fédéral de la Santé, du Centre allemand de recherche sur les infections et des Instituts nationaux de la santé.
