Jeremy Edwards, directeur du laboratoire Computational Genomics and Technology (CGaT) à l’Université du Nouveau-Mexique, et ses collègues de Centrillion Technologies à Palo Alto, Californie et à l’Université de Virginie occidentale, ont développé une puce qui fournit une méthode plus simple et plus rapide. du séquençage du génome pour des virus comme COVID-19.
Leur recherche, intitulée « Highly Accurate Chip-Based Resequencing of SARS-CoV-2 Clinical Samples » a été publiée récemment dans l’American Chemical Society. Langmuir. Dans le cadre de la recherche, les scientifiques ont créé un tableau de génomes en mosaïque qu’ils ont développé pour un reséquençage complet du génome viral rapide et peu coûteux et ont appliqué leur tableau de mosaïque de génome spécifique au SRAS-CoV-2 pour reséquencer rapidement et précisément le génome viral à partir de huit échantillons cliniques acquis auprès de patients. dans le Wyoming qui a été testé positif pour le SRAS-CoV-2. En fin de compte, ils ont pu séquencer 95% du génome de chaque échantillon avec une précision supérieure à 99,9%.
Cette nouvelle technologie permet un traçage plus rapide et plus précis du COVID et d’autres virus respiratoires, y compris l’apparition de nouvelles variantes. Grâce à cette procédure de test simple et rapide, les scientifiques pourront suivre plus précisément la progression et mieux prévenir le déclenchement de la prochaine pandémie. «
Jeremy Edwards, professeur, Département de chimie et de biologie chimique de l’UNM
Avec plus de 142 millions de personnes dans le monde ayant contracté le virus, des tests vigilants et la recherche des contacts sont les moyens les plus efficaces de ralentir la propagation du COVID-19. Les méthodes traditionnelles d’essais cliniques produisent souvent de faux positifs ou négatifs, et les méthodes traditionnelles de séquençage sont longues et coûteuses. Cette nouvelle technologie éliminera pratiquement tous ces obstacles.
« Depuis la soumission du document, la technologie a encore évolué avec une précision et une sensibilité améliorées », a déclaré Edwards. « La technologie des puces est la meilleure technologie disponible pour la surveillance du génome viral à grande échelle et le suivi des variantes virales. Cette technologie pourrait non seulement aider à contrôler cette pandémie et également prévenir de futures pandémies. »
La mission du Laboratoire de Génomique et Technologie Computationnelle (CGaT) est de dispenser une formation à la recherche en bio-informatique pour les étudiants de premier cycle, de maîtrise et de doctorat. les étudiants, ainsi que les boursiers postdoctoraux; fournir des interactions de recherche collaborative pour utiliser des outils de calcul bioinformatique pour les chercheurs de l’UNM, et pour mener des recherches de pointe et innovantes en bioinformatique et en génomique au sein du centre.
La source:
Référence du journal:
Hoff, K., et coll. (2021) Reséquençage hautement précis à base de puce d’échantillons cliniques du SRAS-CoV-2. Langmuir. doi.org/10.1021/acs.langmuir.0c02927.
