Dans une récente étude publiée dans la revue Communication Natureles chercheurs explorent les caractéristiques virologiques de la variante XBB du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère.
Étude: Caractéristiques virologiques de la variante SARS-CoV-2 XBB dérivée de la recombinaison de deux sous-variantes d’Omicron. Crédit d’image : Kichigin / Shutterstock.com
Sommaire
Qu’est-ce que la variante XBB ?
En décembre 2022, les sous-variants SARS-CoV-2 Omicron connaissaient une évolution convergente, avec des substitutions se produisant au niveau des mêmes résidus de protéine de pointe (S). XBB, une nouvelle variante recombinante, a depuis émergé parallèlement à la diversification et à l’évolution convergente de nouvelles sous-variantes d’Omicron, telles que BQ.1.1.
On pense que la variante Omicron XBB est issue de la combinaison de deux descendants de BA.2, BJ.1 et BM.1.1.1, un descendant de BA.2.75. Des études antérieures ont décrit les caractéristiques virologiques de BQ.1 ; cependant, les caractéristiques de XBB restent floues.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs étudient les caractéristiques virologiques de la sous-variante SARS-CoV-2 Omicron XBB, en mettant l’accent sur sa transmissibilité, son affinité de liaison à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) et sa résistance immunitaire.
Des sérums convalescents ont été obtenus à partir d’individus entièrement vaccinés qui avaient contracté des infections par le SRAS-CoV-2 BA.2 et BA.5. De plus, des sérums vaccinaux à quatre doses ont été obtenus à partir d’individus qui avaient reçu le vaccin bivalent BA.1, le vaccin monovalent et le vaccin bivalent BA.5. Les séquences virales ont été confirmées par analyse de séquençage de l’acide ribonucléique (ARN) viral.
Environ 100 séquences aléatoires ont été extraites de chacune des sous-variantes Omicron BA.1, BA.2, BA.4 et BA.5, ainsi que 20 séquences aléatoires de BQ.1.1, BA.2.75, BJ.1 et BM .1.1.1, pour déterminer la parenté globale de BJ.1 et BM.1.1.1, les lignées parentes XBB, avec d’autres variantes d’Omicron. Ces séquences ont été comparées au génome de référence SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 et converties en un alignement à séquences multiples.
La dynamique épidémique associée aux lignées virales a été analysée à l’aide des données de surveillance génomique virale de la base de données de la Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). De plus, les chercheurs ont estimé le nombre effectif relatif de reproduction (Re) pour les lignées liées à XBB en Inde, fréquences épidémiques de XBB et BQ.1 dans chaque pays, et R spécifiques au pays et au niveau mondiale valeurs des lignées BQ.1 et XBB dans les pays où ces variants étaient les souches dominantes en circulation.
Résultats
Un seul point d’arrêt de recombinaison à la position génomique 22 920 a été identifié grâce à une évaluation robuste de la recombinaison de l’ensemble aligné de séquences, qui était unique à toutes les séquences XBB et correspondait au génome de référence Wuhan-Hu-1. L’ensemble de données n’a révélé aucune recombinaison dans les séquences BJ.1 et BM.1.
L’ancêtre commun le plus récent (tMRCA) du clade XBB était présent en juillet 2022.; cependant, le tMRCA des lignées BJ.1 et XBB était daté de début juin 2022. Ainsi, XBB est probablement né à l’été 2022 lorsque BM.1.1.1 et BJ.1 se sont recombinés.
XBB.1 présentait une résistance de 30 fois contre les sérums d’infection percée BA.2. De même, les substitutions V83A, Q183E, Y144del, L368I, R346T, F486S, V445P et F490S étaient significativement résistantes aux sérums d’infection BA.2.
Alors que les substitutions individuelles ont un impact mineur sur la résistance immunitaire, plusieurs substitutions au sein de la protéine XBB.1 S agissent ensemble pour fournir une résistance contre l’immunité humorale causée par une infection percée par BA.2. BA.2.75 présentait une résistance significative contre les sérums d’infection BA.5 par rapport à BA.2. De plus, XBB.1 était associé à une résistance significative contre les sérums d’infection percée BA.5.
Le domaine de liaison au récepteur XBB.1 S (RBD) avait une affinité de liaison inférieure au récepteur ACE2 humain par rapport au BA.2 S RBD ancestral. La substitution R346T dans XBB.1 et BQ.1.1 a amélioré l’affinité de liaison de BA.2 S RBD à ACE2. L’affinité obligatoire améliorée de XBB.1 S RBD au-dessus de BA.2 S RBD était due à trois substitutions spécifiques dans le RBD, qui incluent L368I, R346T, et N460K.
Le pseudovirus XBB.1 était 7,6 fois plus infectieux que le pseudovirus BA.2, car ce RBD viral a connu une augmentation notable de l’infectivité du pseudovirus en raison de deux substitutions de R346T et L368I.
Y144del et G252V, qui sont tous deux des substitutions dans le domaine N-terminal (NTD), ont considérablement réduit l’infectivité des pseudovirus. Comparativement, les substitutions V83A dans le NTD ont augmenté de manière significative l’infectivité des pseudovirus.
conclusion
XBB présente une forme physique supérieure et résiste à l’immunité humorale antivirale déclenchée par des infections percées des variantes précédentes d’Omicron. Ainsi, les variantes locales du SARS-CoV-2 avec une forme physique plus élevée se propageront probablement à l’échelle mondiale, comme cela a été observé avec XBB. Ces résultats soulignent l’importance de la surveillance génomique virale continue pour évaluer en continu le risque de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2.
