Dans une étude récente publiée dans le Communication Nature Journal, les chercheurs ont examiné la diffusion internationale de l’éclosion de médicaments ultrarésistants Shigella sonnei (S. sonnei) souche transmise par les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) au Royaume-Uni (UK).
Étude: L’évolution et la propagation internationale de Shigella sonnei largement résistante aux médicaments. Crédit d’image : Tatiana Shepeleva/Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
S. sonneil’agent causal de la shigellose, une infection gastro-intestinale (GI), a présenté une multirésistance aux médicaments (MDR) dans les années 1960.
Puisqu’elle entraîne des niveaux élevés de morbidité et de mortalité dans les pays à revenu faible à intermédiaire (PRFI), l’Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande la ciprofloxacine (un antibiotique) pour le traitement empirique de la shigellose.
Après S. sonnei a acquis une résistance à la ciprofloxacine, l’OMS a soulevé l’urgence de nouveaux antibiotiques contre ce microbe.
XDR S. sonnei les souches résistent à tous les antibiotiques empiriques et alternatifs couramment recommandés, p. Ce sous-type provoquait auparavant des épidémies périodiques dans certains pays, mais ne s’est pas propagé largement comme ses prédécesseurs MDR.
De 2015 à 2019, lorsque la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a commencé, S. sonnei était résistante à la fois à l’azithromycine et à la ciprofloxacine transmises par le MSM au Royaume-Uni. Pendant la pandémie, son nombre de cas a considérablement diminué. Cependant, S. sonnei a refait surface fin 2021 pour provoquer une épidémie qui a probablement impliqué plusieurs pays.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé l’épidémiologie génomique pour étudier la trajectoire évolutive de S. sonnei et la base de son génotype XDR.
En outre, ils ont exploré l’étendue de la diffusion des représentants de tous S. sonnei sous-clades, y compris celles auxquelles une adresse de polymorphisme nucléotidique unique (SNP) a été attribuée par l’Agence de sécurité sanitaire du Royaume-Uni (UKHSA), au Royaume-Uni, en France, en Belgique, en Australie et aux États-Unis d’Amérique (États-Unis).
La lignée avec l’adresse SNP 1.1.1.1.377 est devenue XDR, et les chercheurs ont examiné l’épidémie au seuil 10-SNP. Par souci de cohérence avec le rapport précédent, ils ont fait référence au cluster de liaison SNP 1.1.1.1.377 en tant que t10.377.
Résultats
Les chercheurs ont analysé 3 304 isolats de cinq pays et leurs analyses épidémiologiques génomiques ont révélé un lien mondial avec la récente épidémie de XDR au Royaume-Uni.
L’analyse de huit isolats du Royaume-Uni a révélé que tous portaient un plasmide identique avec le blaCTX-M-27 gène appelé p893816. Des isolats de France et d’Australie correspondaient également à ce plasmide du Royaume-Uni.
Récemment, une étude a montré que ce plasmide inhibait la réponse SOS de l’hôte à de très faibles concentrations inhibitrices de ciprofloxacine. Alors que p893816 était présent dans la plupart des isolats BAPS 5, son ancêtre 2018 portant un plasmide de résistance à faible coût de fitness a été trouvé précédemment dans un S. flexneri 3a isolat d’Australie.
Il semble probable que ce plasmide continuera à se propager par transfert horizontal de gènes (HGT) à d’autres espèces microbiennes et Shigelle sérotypes chez les HSH.
Sur les 2 895 S. sonnei isolats analysés dans cette étude, le cluster t10.377 constituait 483 S. sonnei isole. L’équipe a analysé ces 483 isolats aux côtés de 475 isolats CipR.MSM5 provenant de France, d’Australie, des États-Unis et de Belgique. Ils ont construit une phylogénie basée sur les SNP et ont ensuite divisé cette population en grappes BAPS.
Cette analyse a favorisé l’idée que le modèle d’évolution des MSM liés S. sonnei était structuré temporellement (et non géographiquement). En outre, il a révélé que le génotype CipR.MSM5 et le cluster BAPS 5 sont probablement apparus en 2014 et 2018, respectivement.
Une lignée monophylétique de S. sonnei portant le blaCTX-M-27 Le gène circulait de manière intercontinentale dans des régions historiquement considérées comme à faible risque de shigellose. De plus, ces isolats étaient en corrélation avec la résistance phénotypique à la ceftriaxone.
conclusion
MDR et XDR Shigelle les souches ont évolué pour devenir problématiques au sein de la communauté HSH, probablement en raison de l’utilisation excessive d’antibiotiques pour traiter les maladies sexuellement transmissibles (MST).
Par exemple, les HSH ont utilisé l’azithromycine pour le traitement des MST, ce qui a conduit les HSH à Shigelle acquérir mi/h(A) et euh(B) gènes de résistance aux antimicrobiens (RAM).
Dans la communauté HSH à haut risque, les souches de Shigella acquièrent des gènes par transfert horizontal de gènes (HGT) à partir du microbiote intestinal commensal pour affiner leur répertoire AMR.
En conséquence, le MDR S. sonnei, par exemple, la lignée BAPS5, provoque des épidémies dans la communauté mondiale des HSH. Il s’agit d’un problème de santé publique mondial, qui augmente le risque d’échec thérapeutique et l’apparition de maladies panrésistantes. S. sonnei souches.
Les résultats de l’étude ont mis en évidence la menace de transfert horizontal des gènes de la RAM et des infections entériques sexuellement transmissibles (STEI) chez les HSH et au-delà. Ainsi, il est essentiel de partager en permanence les données de surveillance génomique pertinentes à travers le monde.
