Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), le virus responsable de la maladie à coronavirus 19 (COVID-19), est apparu pour la première fois à Wuhan, en Chine, fin décembre 2019, avant de se propager au reste du monde.
De nombreux gouvernements ont été contraints d’adopter des mesures coûteuses et restrictives pour tenter de réduire la transmission rapide du SRAS-CoV-2, des masques faciaux obligatoires et des restrictions de distanciation sociale aux fermetures complètes et aux ordonnances de maintien à domicile. Alors que les programmes de vaccination de masse ont permis à de nombreux pays développés de lever ces restrictions, la pandémie de COVID-19 continue de toucher des millions de personnes.
Dans une étude récente publiée sur le serveur de préimpression medRxiv*, les chercheurs étudient l’association entre les changements saisonniers de la grippe et l’expression des gènes pour déterminer le concept d’immunité « intra-hôte », dans l’espoir que leurs découvertes auront des ramifications pour comprendre le COVID-19.
Étude: Trajectoires d’expression des gènes, grippe saisonnière et immunité saisonnière intra-hôte : valeur de transfert au covid-19. Crédit d’image : Gorodenkoff / Shutterstock.com
Sommaire
À propos de l’étude
Les données d’expression des puces à ADN ont été recueillies à partir de l’étude norvégienne sur les femmes et le cancer (NOWAC). La population étudiée était composée de femmes sélectionnées au hasard dans la population norvégienne.
Au total, 172 000 invitations et questionnaires ont été envoyés, et ceux qui ont accepté et participé ont été suivis grâce à des liens avec les registres nationaux du cancer et des décès. Des questionnaires supplémentaires ont été envoyés tous les quatre à six ans. Un sous-ensemble de ces personnes a ensuite été invité à aider à établir une biobanque pour les analyses de génomique fonctionnelle, qui comprenait un questionnaire et une collecte d’échantillons sanguins.
Ensemble, environ 50 000 femmes ont participé à NOWAC. Dans la présente étude, 425 femmes qui n’avaient pas reçu de diagnostic de cancer ont été utilisées comme témoins dans la population de découverte, et 432 femmes qui avaient été des témoins dans une étude examinant les changements dans l’expression des gènes suite à un diagnostic de cancer du sein ont été incluses dans la population de réplication. .
Résultats de l’étude
Le modèle A a été créé avec un terme saisonnier singulier et appliqué à l’ensemble de données de découverte. À cette fin, 2 942 des 6 118 gènes possibles étaient significatifs, dont 416 ont montré un changement de pli logarithmique supérieur à 0,2. Des effets saisonniers clairs ont été observés en hiver et en été.
Jusqu’à 5 % de tous les congés de maladie étaient dus à des syndromes grippaux (SG), la valeur maximale variant d’une année à l’autre mais atteignant souvent un pic pendant les mois les plus froids.
Nombre de décès dus à ou avec le covid-19 pour chaque semaine pendant la pandémie 2020-2022. Source Rapport hebdomadaire FHI 2022
Le modèle B a montré que la plupart des mêmes gènes, 1 983 au total, présentaient un terme saisonnier ou grippal significatif lorsque le modèle ne comprenait qu’une seule de ces variables. De plus, 959 gènes n’ont qu’un terme saisonnier significatif, tandis que 611 n’ont qu’un terme grippal. Ces termes décrivent principalement la même variabilité, le terme saisonnier montrant la flexibilité de définir une expression génique maximale pour toutes les données de l’année.
Un total de 1 051 gènes étaient associés à la fois à un terme saisonnier et grippal, les gènes réduits pendant la saison grippale étant plus susceptibles de montrer un terme saisonnier positif, et l’inverse restant vrai pour les gènes qui ont augmenté pendant les saisons grippales. Six gènes ont été sélectionnés avec les effets saisonniers et grippaux les plus significatifs, dont trois ont montré une expression réduite pendant la saison grippale, tandis que les trois autres ont été associés à une expression accrue. Les trois gènes avec une expression accrue ont montré une tendance saisonnière maximale pendant l’été, l’expression réduite montrant une tendance minimale pendant l’été.
Le modèle C avait à la fois un terme saisonnier et grippal, qui a été utilisé pour déplacer la tendance des intensités grippales au fil des jours afin de déterminer si les changements dans l’expression des gènes se sont produits avant, pendant ou après les changements d’intensité grippale. À cette fin, le nombre de gènes avec des termes saisonniers significatifs et sans terme grippal était le plus bas lorsque le terme grippal était cinq jours plus tard que les données réelles, indiquant ainsi que le principal changement se produit avant l’augmentation des arrêts maladie grippaux. Ceci est en outre étayé par des résultats montrant que les gènes les plus régulés à la baisse ont atteint leur poids négatif minimum vers -20 jours.
Une analyse de réplication a été effectuée pour réduire le bruit dans les données avant l’interprétation. Un total de 87 gènes de l’ensemble de données de découverte n’a pas pu être trouvé ; cependant, les 658 gènes restants avaient soit une saison significative, soit un terme grippal, alors que 369 avaient les deux. Encore une fois, une saisonnalité claire a été découverte.
Suite à la suppression des gènes avec une fonction inconnue, l’analyse de corrélation a identifié 22 autres gènes avec plus d’une saison de différence dans le mois estimé du maximum, qui a également été exclu. Cela a entraîné une augmentation du coefficient de corrélation de Pearson de 0,83 à 0,92.
conclusion
Les auteurs de l’étude actuelle soulignent qu’ils ont découvert une nouvelle covariation entre la grippe saisonnière et les changements annuels de l’expression génique pour un ensemble spécifique de gènes dans les cellules immunitaires. Bien que cela puisse être attendu, l’expression des gènes changeant naturellement dans les cellules immunitaires au cours de l’infection, ces résultats appuient d’autres recherches sur l’immunité saisonnière intra-hôte, car ce concept est actuellement sous-développé et sous-étudié.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies
